Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/macaque/05335d335445f7f61286864bacaa2e31e0d212e8content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for macaque from library 05335d335445f7f61286864bacaa2e31e0d212e8
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: 05335d335445f7f61286864bacaa2e31e0d212e8
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: 942_B05
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAGGAGGTTCAAGCA-1, GTGAGGAGTGTCCAAA-1, ATTGGCTAGGAGCAAC-1, CACTTAAAGAGAGGAG-1, CAAGCTAGTCATGAGC-1 (top 5 of 3527 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
136,137,745
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 136137745
NC_005943.1 132
NC_027914.1 800
NC_041754.1 12285093
NC_041755.1 8527532
NC_041756.1 8669829
NC_041757.1 7429814
NC_041758.1 6408790
NC_041759.1 7176185
NC_041760.1 9105161
NC_041761.1 6043631
NC_041762.1 6370000
NC_041763.1 6693959
NC_041764.1 6712292
NC_041765.1 5186685
NC_041766.1 5181815
NC_041767.1 7281986
NC_041768.1 5494530
NC_041769.1 6225394
NC_041770.1 3616053
NC_041771.1 2961096
NC_041772.1 5300891
NC_041773.1 5665470
NC_041774.1 3454843
NW_021160097.1 14
NW_021160098.1 76
NW_021160099.1 38
NW_021160102.1 177
NW_021160105.1 96
NW_021160106.1 512
NW_021160107.1 77
NW_021160109.1 995
NW_021160110.1 3486
NW_021160111.1 551
NW_021160113.1 10099
NW_021160114.1 1385
NW_021160116.1 39
NW_021160121.1 259
NW_021160122.1 265
NW_021160123.1 289
NW_021160125.1 6
NW_021160136.1 260
NW_021160140.1 342
NW_021160141.1 527
NW_021160142.1 2036
NW_021160144.1 5285
NW_021160145.1 74
NW_021160147.1 92
NW_021160148.1 489
NW_021160150.1 1439
NW_021160155.1 220
NW_021160158.1 194
NW_021160159.1 504
NW_021160161.1 6637
NW_021160167.1 37
NW_021160168.1 29
NW_021160175.1 3425
NW_021160179.1 152
NW_021160182.1 1073
NW_021160184.1 100
NW_021160185.1 346
NW_021160186.1 657
NW_021160187.1 85
NW_021160188.1 338
NW_021160189.1 149
NW_021160190.1 197
NW_021160191.1 162
NW_021160193.1 20
NW_021160196.1 782
NW_021160197.1 288
NW_021160199.1 148
NW_021160200.1 100
NW_021160201.1 731
NW_021160202.1 480
NW_021160203.1 337
NW_021160204.1 325
NW_021160205.1 65
NW_021160206.1 332
NW_021160207.1 216
NW_021160209.1 1777
NW_021160211.1 520
NW_021160220.1 1420
NW_021160221.1 230
NW_021160222.1 81
NW_021160223.1 2420
NW_021160225.1 768
NW_021160226.1 380
NW_021160228.1 137
NW_021160229.1 266
NW_021160231.1 237
NW_021160233.1 480
NW_021160234.1 4036
NW_021160236.1 346
NW_021160237.1 1375
NW_021160238.1 1930
NW_021160239.1 104
NW_021160242.1 202
NW_021160243.1 25
NW_021160244.1 6005
NW_021160245.1 56
NW_021160248.1 86
NW_021160249.1 377
NW_021160250.1 72
NW_021160251.1 459
NW_021160252.1 1263
NW_021160255.1 177
NW_021160263.1 96
NW_021160266.1 70
NW_021160268.1 101
NW_021160270.1 375
NW_021160271.1 183
NW_021160272.1 744
NW_021160273.1 88
NW_021160277.1 65
NW_021160278.1 270
NW_021160279.1 481
NW_021160282.1 1807
NW_021160284.1 175
NW_021160285.1 140
NW_021160291.1 30
NW_021160293.1 1151
NW_021160294.1 565
NW_021160295.1 238
NW_021160297.1 392
NW_021160298.1 226
NW_021160300.1 895
NW_021160305.1 67
NW_021160306.1 140
NW_021160307.1 285
NW_021160308.1 170
NW_021160310.1 3593
NW_021160311.1 1059
NW_021160312.1 1203
NW_021160313.1 676
NW_021160319.1 171
NW_021160320.1 417
NW_021160324.1 739
NW_021160325.1 339
NW_021160326.1 152
NW_021160327.1 542
NW_021160328.1 2987
NW_021160329.1 310
NW_021160338.1 67
NW_021160339.1 34
NW_021160341.1 128
NW_021160347.1 843
NW_021160353.1 302
NW_021160354.1 74
NW_021160355.1 258
NW_021160356.1 264
NW_021160357.1 53
NW_021160358.1 247
NW_021160359.1 631
NW_021160361.1 37
NW_021160362.1 92
NW_021160363.1 320
NW_021160364.1 540
NW_021160365.1 465
NW_021160366.1 502
NW_021160367.1 1833
NW_021160368.1 64
NW_021160369.1 54
NW_021160370.1 917
NW_021160371.1 245
NW_021160372.1 1839
NW_021160373.1 910
NW_021160374.1 562
NW_021160375.1 2176
NW_021160376.1 4396
NW_021160381.1 53
NW_021160383.1 1471
NW_021160384.1 101
NW_021160401.1 29
NW_021160410.1 2364
NW_021160417.1 130
NW_021160452.1 78
NW_021160482.1 14
NW_021160484.1 139
NW_021160495.1 5456
NW_021160514.1 33
NW_021160523.1 95
NW_021160525.1 68
NW_021160535.1 113
NW_021160549.1 416
NW_021160573.1 796
NW_021160589.1 2
NW_021160606.1 5726
NW_021160623.1 41
NW_021160625.1 3
NW_021160629.1 14
NW_021160635.1 12
NW_021160655.1 86
NW_021160656.1 129
NW_021160682.1 1087
NW_021160688.1 476
NW_021160701.1 776
NW_021160725.1 30
NW_021160726.1 12722
NW_021160734.1 14
NW_021160757.1 1
NW_021160770.1 14332
NW_021160772.1 101
NW_021160805.1 337
NW_021160821.1 10
NW_021160827.1 8811
NW_021160832.1 6
NW_021160834.1 64
NW_021160835.1 1
NW_021160848.1 4
NW_021160868.1 4
NW_021160890.1 50
NW_021160903.1 286
NW_021160919.1 106
NW_021160925.1 17
NW_021160946.1 541
NW_021160955.1 125
NW_021160961.1 41
NW_021160976.1 201
NW_021160983.1 15
NW_021160986.1 1
NW_021161026.1 4
NW_021161033.1 4
NW_021161038.1 139
NW_021161041.1 84
NW_021161043.1 6
NW_021161046.1 399
NW_021161062.1 9
NW_021161066.1 437
NW_021161106.1 140
NW_021161107.1 43
NW_021161113.1 239
NW_021161114.1 215
NW_021161131.1 1
NW_021161133.1 174
NW_021161138.1 15
NW_021161152.1 122
NW_021161164.1 216
NW_021161166.1 127
NW_021161184.1 109
NW_021161201.1 107
NW_021161211.1 52
NW_021161213.1 10
NW_021161224.1 665
NW_021161226.1 351
NW_021161241.1 6
NW_021161247.1 6
NW_021161253.1 50
NW_021161261.1 14
NW_021161269.1 358
NW_021161274.1 4
NW_021161282.1 2263
NW_021161303.1 35
NW_021161305.1 8
NW_021161307.1 39
NW_021161312.1 38
NW_021161320.1 356
NW_021161336.1 173
NW_021161338.1 36
NW_021161340.1 98
NW_021161348.1 117
NW_021161355.1 217
NW_021161360.1 112
NW_021161364.1 175
NW_021161377.1 1313
NW_021161379.1 4
NW_021161380.1 1
NW_021161385.1 25
NW_021161392.1 3201
NW_021161394.1 181
NW_021161396.1 14
NW_021161399.1 172
NW_021161404.1 10
NW_021161413.1 23
NW_021161421.1 33
NW_021161422.1 142
NW_021161427.1 162
NW_021161433.1 9
NW_021161437.1 27
NW_021161446.1 25
NW_021161463.1 1
NW_021161468.1 65
NW_021161470.1 26
NW_021161483.1 1
NW_021161486.1 181
NW_021161494.1 9
NW_021161497.1 16
NW_021161505.1 314
NW_021161507.1 203
NW_021161508.1 543
NW_021161519.1 170
NW_021161520.1 909
NW_021161523.1 175
NW_021161525.1 607
NW_021161526.1 543
NW_021161532.1 24
NW_021161535.1 16
NW_021161537.1 3401
NW_021161545.1 8765
NW_021161552.1 76
NW_021161554.1 237
NW_021161561.1 311
NW_021161562.1 978
NW_021161567.1 107
NW_021161570.1 52
NW_021161582.1 757
NW_021161585.1 1448
NW_021161590.1 1801
NW_021161593.1 1887
NW_021161596.1 5586
NW_021161601.1 483
NW_021161608.1 115
NW_021161609.1 41
NW_021161614.1 54
NW_021161616.1 6247
NW_021161617.1 4
NW_021161627.1 261
NW_021161633.1 876
NW_021161642.1 186
NW_021161648.1 3937
NW_021161679.1 179
NW_021161680.1 148
NW_021161686.1 3006
NW_021161694.1 149
NW_021161695.1 149
NW_021161696.1 83
NW_021161699.1 888
NW_021161700.1 10
NW_021161713.1 33
NW_021161715.1 20
NW_021161718.1 422
NW_021161725.1 53
NW_021161737.1 386
NW_021161743.1 271
NW_021161747.1 18
NW_021161754.1 1959
NW_021161759.1 18
NW_021161767.1 112
NW_021161769.1 136
NW_021161772.1 137
NW_021161784.1 66
NW_021161790.1 993
NW_021161794.1 74
NW_021161796.1 38
NW_021161798.1 245
NW_021161830.1 203
NW_021161832.1 86
NW_021161839.1 297
NW_021161842.1 85
NW_021161843.1 158
NW_021161845.1 1409
NW_021161850.1 75347
NW_021161853.1 583
NW_021161857.1 95
NW_021161862.1 69
NW_021161876.1 534
NW_021161878.1 1024
NW_021161881.1 336
NW_021161888.1 1857
NW_021161902.1 727
NW_021161927.1 52
NW_021161934.1 411
NW_021161939.1 1488
NW_021161954.1 501
NW_021161955.1 114
NW_021161956.1 1111
NW_021161958.1 790
NW_021161961.1 246
NW_021161962.1 21
NW_021161965.1 144
NW_021161996.1 71
NW_021162004.1 80
NW_021162007.1 174
NW_021162009.1 4796
NW_021162025.1 586
NW_021162035.1 50
NW_021162047.1 164
NW_021162055.1 973
NW_021162083.1 249
NW_021162091.1 2647
NW_021162100.1 1949
NW_021162108.1 895
NW_021162157.1 114
NW_021162185.1 1
NW_021162208.1 85
NW_021162222.1 48
NW_021162226.1 51
NW_021162246.1 1610
NW_021162251.1 1727
NW_021162253.1 10
NW_021162263.1 6
NW_021162265.1 923
NW_021162274.1 5423
NW_021162277.1 86
NW_021162460.1 2
NW_021162463.1 485
NW_021162495.1 12
NW_021162553.1 5
NW_021162593.1 11
NW_021162599.1 1068
NW_021162621.1 41
NW_021162643.1 939
NW_021162814.1 14
NW_021162871.1 70
NW_021163002.1 1

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 136137745 1 5063 148.94 132
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
05335d335445f7f61286864bacaa2e31e0d212e8.gz 1.29 GB b69478b9c316e9eebeb8528264de6127
05335d335445f7f61286864bacaa2e31e0d212e8.gz.tbi 860.39 KB 807001f95b4383fa5b46ecc2f30ab14c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.5 KB 366cf33dbd7d6aa2173a3f2bc23ae8fc
statistics/