Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/macaque/215a0dfb830e7669a25d2996f97106c5192226e4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for macaque from library 215a0dfb830e7669a25d2996f97106c5192226e4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: 215a0dfb830e7669a25d2996f97106c5192226e4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: 2179_1_G01
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TCCTGTTCATTGTCAG-1, CATCCTCAGGCTAATC-1, CGAAATGAGCAGGTGG-1, TGTTATGAGCGAGGTG-1, AACCTCCTCACGAATC-1 (top 5 of 5666 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
170,470,361
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 170470361
NC_005943.1 10031
NC_027914.1 164047
NC_041754.1 15593830
NC_041755.1 10609692
NC_041756.1 10667847
NC_041757.1 9118707
NC_041758.1 7998096
NC_041759.1 9022292
NC_041760.1 11025077
NC_041761.1 7538087
NC_041762.1 7911035
NC_041763.1 8358572
NC_041764.1 8229167
NC_041765.1 6771492
NC_041766.1 6536265
NC_041767.1 9120259
NC_041768.1 7312918
NC_041769.1 8052115
NC_041770.1 4448308
NC_041771.1 3742730
NC_041772.1 7211850
NC_041773.1 7011075
NC_041774.1 3669535
NW_021160097.1 22
NW_021160098.1 448
NW_021160099.1 65
NW_021160102.1 262
NW_021160105.1 118
NW_021160106.1 648
NW_021160107.1 103
NW_021160109.1 1429
NW_021160110.1 4292
NW_021160111.1 1577
NW_021160113.1 19409
NW_021160114.1 1235
NW_021160116.1 122
NW_021160121.1 225
NW_021160122.1 739
NW_021160123.1 875
NW_021160125.1 12
NW_021160136.1 210
NW_021160140.1 564
NW_021160141.1 743
NW_021160142.1 1758
NW_021160144.1 16596
NW_021160145.1 116
NW_021160147.1 259
NW_021160148.1 515
NW_021160150.1 1685
NW_021160155.1 479
NW_021160158.1 448
NW_021160159.1 554
NW_021160161.1 7349
NW_021160167.1 65
NW_021160168.1 48
NW_021160175.1 5053
NW_021160179.1 198
NW_021160182.1 843
NW_021160184.1 393
NW_021160185.1 114
NW_021160186.1 1021
NW_021160187.1 133
NW_021160188.1 293
NW_021160189.1 1104
NW_021160190.1 274
NW_021160191.1 275
NW_021160193.1 7
NW_021160196.1 1700
NW_021160197.1 325
NW_021160199.1 254
NW_021160200.1 420
NW_021160201.1 539
NW_021160202.1 189
NW_021160203.1 1026
NW_021160204.1 506
NW_021160205.1 91
NW_021160206.1 362
NW_021160207.1 1216
NW_021160209.1 2449
NW_021160211.1 1074
NW_021160220.1 869
NW_021160221.1 386
NW_021160222.1 213
NW_021160223.1 1359
NW_021160225.1 512
NW_021160226.1 511
NW_021160228.1 185
NW_021160229.1 326
NW_021160231.1 241
NW_021160233.1 407
NW_021160234.1 3317
NW_021160236.1 316
NW_021160237.1 866
NW_021160238.1 1360
NW_021160239.1 131
NW_021160242.1 92
NW_021160243.1 46
NW_021160244.1 4219
NW_021160245.1 306
NW_021160248.1 269
NW_021160249.1 590
NW_021160250.1 55
NW_021160251.1 734
NW_021160252.1 1549
NW_021160255.1 706
NW_021160263.1 81
NW_021160266.1 100
NW_021160268.1 245
NW_021160270.1 297
NW_021160271.1 452
NW_021160272.1 763
NW_021160273.1 155
NW_021160277.1 68
NW_021160278.1 307
NW_021160279.1 655
NW_021160282.1 861
NW_021160284.1 74
NW_021160285.1 279
NW_021160291.1 61
NW_021160293.1 817
NW_021160294.1 1007
NW_021160295.1 365
NW_021160297.1 597
NW_021160298.1 203
NW_021160300.1 998
NW_021160305.1 6
NW_021160306.1 376
NW_021160307.1 429
NW_021160308.1 311
NW_021160310.1 3070
NW_021160311.1 1618
NW_021160312.1 2296
NW_021160313.1 1049
NW_021160319.1 323
NW_021160320.1 293
NW_021160324.1 809
NW_021160325.1 280
NW_021160326.1 802
NW_021160327.1 1127
NW_021160328.1 3818
NW_021160329.1 357
NW_021160338.1 28
NW_021160339.1 114
NW_021160341.1 266
NW_021160347.1 1374
NW_021160353.1 770
NW_021160354.1 238
NW_021160355.1 738
NW_021160356.1 133
NW_021160357.1 209
NW_021160358.1 517
NW_021160359.1 499
NW_021160361.1 153
NW_021160362.1 211
NW_021160363.1 862
NW_021160364.1 614
NW_021160365.1 851
NW_021160366.1 798
NW_021160367.1 2131
NW_021160368.1 119
NW_021160369.1 114
NW_021160370.1 1148
NW_021160371.1 223
NW_021160372.1 660
NW_021160373.1 849
NW_021160374.1 1135
NW_021160375.1 2476
NW_021160376.1 8268
NW_021160381.1 22
NW_021160383.1 1394
NW_021160384.1 73
NW_021160401.1 72
NW_021160410.1 1559
NW_021160417.1 237
NW_021160452.1 137
NW_021160482.1 1
NW_021160484.1 314
NW_021160495.1 1249
NW_021160514.1 120
NW_021160523.1 28
NW_021160525.1 100
NW_021160535.1 221
NW_021160549.1 205
NW_021160573.1 999
NW_021160589.1 10
NW_021160606.1 6146
NW_021160623.1 263
NW_021160625.1 6
NW_021160629.1 12
NW_021160635.1 13
NW_021160655.1 349
NW_021160656.1 40
NW_021160678.1 24
NW_021160682.1 1541
NW_021160688.1 577
NW_021160701.1 2421
NW_021160725.1 45
NW_021160726.1 10718
NW_021160734.1 34
NW_021160737.1 1
NW_021160757.1 10
NW_021160770.1 9434
NW_021160772.1 161
NW_021160805.1 695
NW_021160821.1 42
NW_021160827.1 10601
NW_021160832.1 31
NW_021160834.1 123
NW_021160835.1 1
NW_021160848.1 15
NW_021160868.1 14
NW_021160890.1 195
NW_021160903.1 581
NW_021160919.1 85
NW_021160925.1 46
NW_021160946.1 831
NW_021160955.1 119
NW_021160961.1 116
NW_021160976.1 449
NW_021160983.1 14
NW_021160986.1 2
NW_021161026.1 2
NW_021161033.1 10
NW_021161038.1 1021
NW_021161041.1 104
NW_021161043.1 19
NW_021161046.1 1478
NW_021161062.1 158
NW_021161066.1 778
NW_021161106.1 195
NW_021161107.1 70
NW_021161113.1 201
NW_021161114.1 2479
NW_021161131.1 5
NW_021161133.1 402
NW_021161138.1 9
NW_021161152.1 154
NW_021161164.1 477
NW_021161166.1 378
NW_021161184.1 75
NW_021161201.1 204
NW_021161211.1 120
NW_021161213.1 41
NW_021161224.1 728
NW_021161226.1 764
NW_021161241.1 26
NW_021161247.1 1
NW_021161253.1 4
NW_021161261.1 201
NW_021161269.1 275
NW_021161282.1 2328
NW_021161303.1 41
NW_021161305.1 36
NW_021161307.1 70
NW_021161312.1 13
NW_021161320.1 561
NW_021161336.1 98
NW_021161338.1 34
NW_021161340.1 122
NW_021161348.1 337
NW_021161355.1 789
NW_021161360.1 28
NW_021161364.1 315
NW_021161377.1 953
NW_021161379.1 45
NW_021161380.1 4
NW_021161385.1 24
NW_021161392.1 1484
NW_021161394.1 195
NW_021161396.1 15
NW_021161399.1 434
NW_021161404.1 104
NW_021161413.1 493
NW_021161421.1 22
NW_021161422.1 29
NW_021161427.1 125
NW_021161433.1 57
NW_021161437.1 52
NW_021161446.1 140
NW_021161463.1 8
NW_021161468.1 94
NW_021161470.1 24
NW_021161483.1 6
NW_021161486.1 515
NW_021161494.1 68
NW_021161497.1 68
NW_021161505.1 171
NW_021161507.1 277
NW_021161508.1 1015
NW_021161519.1 413
NW_021161520.1 9888
NW_021161523.1 274
NW_021161525.1 802
NW_021161526.1 440
NW_021161532.1 37
NW_021161535.1 158
NW_021161537.1 1712
NW_021161545.1 1742
NW_021161552.1 47
NW_021161554.1 309
NW_021161561.1 612
NW_021161562.1 824
NW_021161567.1 136
NW_021161570.1 17
NW_021161582.1 634
NW_021161585.1 1271
NW_021161590.1 2696
NW_021161593.1 1340
NW_021161596.1 6795
NW_021161601.1 156
NW_021161608.1 91
NW_021161609.1 56
NW_021161614.1 237
NW_021161616.1 171
NW_021161617.1 13
NW_021161627.1 202
NW_021161633.1 1560
NW_021161642.1 47
NW_021161648.1 5570
NW_021161679.1 294
NW_021161680.1 264
NW_021161686.1 2017
NW_021161694.1 175
NW_021161695.1 310
NW_021161696.1 159
NW_021161699.1 793
NW_021161700.1 21
NW_021161713.1 99
NW_021161715.1 21
NW_021161718.1 1341
NW_021161725.1 276
NW_021161737.1 321
NW_021161743.1 76
NW_021161747.1 54
NW_021161754.1 2719
NW_021161759.1 50
NW_021161767.1 549
NW_021161769.1 329
NW_021161772.1 525
NW_021161784.1 73
NW_021161790.1 1319
NW_021161794.1 155
NW_021161796.1 202
NW_021161798.1 300
NW_021161830.1 366
NW_021161832.1 113
NW_021161839.1 283
NW_021161842.1 407
NW_021161843.1 301
NW_021161845.1 2849
NW_021161850.1 18699
NW_021161853.1 1878
NW_021161857.1 181
NW_021161862.1 326
NW_021161876.1 540
NW_021161878.1 438
NW_021161881.1 812
NW_021161888.1 1354
NW_021161902.1 444
NW_021161927.1 368
NW_021161934.1 316
NW_021161939.1 1393
NW_021161954.1 799
NW_021161955.1 543
NW_021161956.1 3314
NW_021161958.1 1025
NW_021161961.1 1191
NW_021161962.1 116
NW_021161965.1 276
NW_021161996.1 432
NW_021162004.1 67
NW_021162007.1 481
NW_021162009.1 6580
NW_021162025.1 735
NW_021162035.1 396
NW_021162047.1 238
NW_021162055.1 1659
NW_021162083.1 717
NW_021162091.1 2717
NW_021162100.1 4762
NW_021162108.1 1618
NW_021162157.1 268
NW_021162185.1 3
NW_021162208.1 223
NW_021162222.1 424
NW_021162226.1 223
NW_021162246.1 2018
NW_021162251.1 311
NW_021162253.1 8
NW_021162263.1 66
NW_021162265.1 1544
NW_021162274.1 3316
NW_021162277.1 161
NW_021162460.1 10
NW_021162463.1 19
NW_021162495.1 96
NW_021162553.1 19
NW_021162593.1 14
NW_021162599.1 650
NW_021162621.1 38
NW_021162643.1 1101
NW_021162814.1 20
NW_021162871.1 62
NW_021162949.1 1
NW_021163002.1 3

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 170470361 1 5040 141.84 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
215a0dfb830e7669a25d2996f97106c5192226e4.gz 1.61 GB e2f26312bf11a7e2c9d765dbbba8b329
215a0dfb830e7669a25d2996f97106c5192226e4.gz.tbi 963.65 KB 5e5328aa00be9cd5b574ac2f19d1479a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.5 KB 788f2144a706bb6dc41fa8c8d3fc8bf3
statistics/