Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/macaque/2384f346add7830e4d8f393f78ec0bce99721f62content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for macaque from library 2384f346add7830e4d8f393f78ec0bce99721f62
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: 2384f346add7830e4d8f393f78ec0bce99721f62
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: 919_A06
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TATTCGTTCGTTAACA-1, TATGTGATCCTCAGTC-1, GTGGCTTCATCCCTCA-1, GAGCTGCTCTTTAGGA-1, GAGTATCTCTAGCGTG-1 (top 5 of 2391 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
113,067,912
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 113067912
NC_005943.1 4227
NC_027914.1 304
NC_041754.1 10573735
NC_041755.1 6860957
NC_041756.1 7036299
NC_041757.1 6063936
NC_041758.1 5086255
NC_041759.1 5942946
NC_041760.1 7499971
NC_041761.1 5000699
NC_041762.1 5443936
NC_041763.1 5479480
NC_041764.1 5266971
NC_041765.1 4403182
NC_041766.1 4344318
NC_041767.1 6136907
NC_041768.1 4956723
NC_041769.1 5403618
NC_041770.1 2835748
NC_041771.1 2426889
NC_041772.1 4546948
NC_041773.1 4732110
NC_041774.1 2790701
NW_021160097.1 26
NW_021160098.1 249
NW_021160099.1 45
NW_021160102.1 151
NW_021160105.1 88
NW_021160106.1 403
NW_021160107.1 95
NW_021160109.1 1009
NW_021160110.1 2993
NW_021160111.1 774
NW_021160113.1 13400
NW_021160114.1 1053
NW_021160116.1 70
NW_021160121.1 189
NW_021160122.1 267
NW_021160123.1 561
NW_021160125.1 6
NW_021160136.1 148
NW_021160140.1 455
NW_021160141.1 672
NW_021160142.1 1202
NW_021160144.1 6743
NW_021160145.1 65
NW_021160147.1 123
NW_021160148.1 382
NW_021160150.1 990
NW_021160155.1 388
NW_021160158.1 289
NW_021160159.1 624
NW_021160161.1 8837
NW_021160167.1 22
NW_021160168.1 18
NW_021160175.1 2470
NW_021160179.1 61
NW_021160182.1 569
NW_021160184.1 303
NW_021160185.1 71
NW_021160186.1 605
NW_021160187.1 86
NW_021160188.1 203
NW_021160189.1 546
NW_021160190.1 289
NW_021160191.1 124
NW_021160193.1 10
NW_021160196.1 569
NW_021160197.1 321
NW_021160199.1 127
NW_021160200.1 16
NW_021160201.1 543
NW_021160202.1 72
NW_021160203.1 316
NW_021160204.1 179
NW_021160205.1 140
NW_021160206.1 410
NW_021160207.1 95
NW_021160209.1 1530
NW_021160211.1 847
NW_021160220.1 476
NW_021160221.1 201
NW_021160222.1 151
NW_021160223.1 1110
NW_021160225.1 329
NW_021160226.1 170
NW_021160228.1 207
NW_021160229.1 199
NW_021160231.1 198
NW_021160233.1 299
NW_021160234.1 2167
NW_021160236.1 172
NW_021160237.1 1701
NW_021160238.1 1181
NW_021160239.1 73
NW_021160242.1 177
NW_021160243.1 19
NW_021160244.1 2537
NW_021160245.1 69
NW_021160248.1 50
NW_021160249.1 384
NW_021160250.1 235
NW_021160251.1 458
NW_021160252.1 453
NW_021160255.1 154
NW_021160263.1 77
NW_021160266.1 61
NW_021160268.1 103
NW_021160270.1 201
NW_021160271.1 295
NW_021160272.1 684
NW_021160273.1 69
NW_021160277.1 36
NW_021160278.1 158
NW_021160279.1 475
NW_021160282.1 401
NW_021160284.1 42
NW_021160285.1 270
NW_021160291.1 40
NW_021160293.1 476
NW_021160294.1 653
NW_021160295.1 160
NW_021160297.1 421
NW_021160298.1 168
NW_021160300.1 588
NW_021160305.1 36
NW_021160306.1 54
NW_021160307.1 119
NW_021160308.1 38
NW_021160310.1 2744
NW_021160311.1 1430
NW_021160312.1 1907
NW_021160313.1 671
NW_021160319.1 171
NW_021160320.1 234
NW_021160324.1 667
NW_021160325.1 348
NW_021160326.1 120
NW_021160327.1 828
NW_021160328.1 2578
NW_021160329.1 341
NW_021160338.1 96
NW_021160339.1 51
NW_021160341.1 223
NW_021160347.1 797
NW_021160353.1 502
NW_021160354.1 178
NW_021160355.1 362
NW_021160356.1 152
NW_021160357.1 147
NW_021160358.1 357
NW_021160359.1 197
NW_021160361.1 70
NW_021160362.1 116
NW_021160363.1 767
NW_021160364.1 442
NW_021160365.1 493
NW_021160366.1 618
NW_021160367.1 1851
NW_021160368.1 151
NW_021160369.1 234
NW_021160370.1 832
NW_021160371.1 122
NW_021160372.1 1995
NW_021160373.1 441
NW_021160374.1 1054
NW_021160375.1 1256
NW_021160376.1 5429
NW_021160381.1 17
NW_021160383.1 1509
NW_021160384.1 162
NW_021160401.1 29
NW_021160410.1 395
NW_021160417.1 89
NW_021160452.1 105
NW_021160482.1 10
NW_021160484.1 90
NW_021160495.1 6165
NW_021160514.1 62
NW_021160523.1 16
NW_021160525.1 65
NW_021160535.1 144
NW_021160549.1 128
NW_021160573.1 511
NW_021160589.1 6
NW_021160606.1 1104
NW_021160623.1 1
NW_021160625.1 2
NW_021160629.1 2
NW_021160635.1 16
NW_021160655.1 163
NW_021160656.1 16
NW_021160678.1 11
NW_021160682.1 1025
NW_021160688.1 956
NW_021160701.1 1341
NW_021160725.1 33
NW_021160726.1 5221
NW_021160734.1 27
NW_021160770.1 6335
NW_021160772.1 115
NW_021160805.1 429
NW_021160821.1 31
NW_021160827.1 7710
NW_021160832.1 30
NW_021160834.1 63
NW_021160835.1 1
NW_021160848.1 6
NW_021160890.1 61
NW_021160903.1 353
NW_021160919.1 26
NW_021160925.1 18
NW_021160946.1 505
NW_021160955.1 58
NW_021160961.1 87
NW_021160976.1 350
NW_021160983.1 3
NW_021160986.1 1
NW_021161026.1 2
NW_021161038.1 53
NW_021161041.1 47
NW_021161043.1 9
NW_021161046.1 696
NW_021161062.1 9
NW_021161066.1 565
NW_021161106.1 316
NW_021161107.1 63
NW_021161113.1 161
NW_021161114.1 1675
NW_021161131.1 6
NW_021161133.1 313
NW_021161138.1 22
NW_021161152.1 173
NW_021161164.1 215
NW_021161166.1 349
NW_021161184.1 72
NW_021161201.1 96
NW_021161211.1 82
NW_021161213.1 7
NW_021161224.1 315
NW_021161226.1 506
NW_021161241.1 21
NW_021161247.1 2
NW_021161253.1 2
NW_021161261.1 33
NW_021161269.1 344
NW_021161282.1 1054
NW_021161303.1 106
NW_021161305.1 29
NW_021161307.1 52
NW_021161312.1 7
NW_021161320.1 499
NW_021161336.1 74
NW_021161338.1 65
NW_021161340.1 146
NW_021161348.1 406
NW_021161355.1 518
NW_021161360.1 64
NW_021161364.1 141
NW_021161377.1 510
NW_021161379.1 26
NW_021161380.1 15
NW_021161385.1 26
NW_021161392.1 1150
NW_021161394.1 150
NW_021161396.1 2
NW_021161399.1 242
NW_021161404.1 38
NW_021161413.1 172
NW_021161421.1 25
NW_021161422.1 16
NW_021161427.1 79
NW_021161433.1 2
NW_021161437.1 28
NW_021161446.1 34
NW_021161463.1 2
NW_021161468.1 56
NW_021161470.1 25
NW_021161483.1 1
NW_021161486.1 315
NW_021161494.1 43
NW_021161497.1 20
NW_021161505.1 174
NW_021161507.1 280
NW_021161508.1 215
NW_021161519.1 369
NW_021161520.1 2891
NW_021161523.1 50
NW_021161525.1 121
NW_021161526.1 455
NW_021161532.1 55
NW_021161535.1 26
NW_021161537.1 889
NW_021161545.1 1384
NW_021161552.1 52
NW_021161554.1 198
NW_021161561.1 601
NW_021161562.1 497
NW_021161567.1 83
NW_021161582.1 486
NW_021161585.1 788
NW_021161590.1 1435
NW_021161593.1 849
NW_021161596.1 4890
NW_021161601.1 161
NW_021161608.1 94
NW_021161609.1 49
NW_021161614.1 197
NW_021161616.1 96
NW_021161617.1 22
NW_021161627.1 218
NW_021161633.1 816
NW_021161642.1 160
NW_021161648.1 3818
NW_021161679.1 223
NW_021161680.1 123
NW_021161686.1 1394
NW_021161694.1 81
NW_021161695.1 120
NW_021161696.1 138
NW_021161699.1 816
NW_021161700.1 8
NW_021161713.1 22
NW_021161715.1 18
NW_021161718.1 289
NW_021161725.1 133
NW_021161737.1 238
NW_021161743.1 61
NW_021161747.1 16
NW_021161754.1 1531
NW_021161759.1 61
NW_021161767.1 358
NW_021161769.1 205
NW_021161772.1 186
NW_021161784.1 84
NW_021161790.1 558
NW_021161794.1 22
NW_021161796.1 79
NW_021161798.1 133
NW_021161830.1 228
NW_021161832.1 157
NW_021161839.1 156
NW_021161842.1 88
NW_021161843.1 261
NW_021161845.1 2909
NW_021161850.1 14396
NW_021161853.1 1154
NW_021161857.1 204
NW_021161862.1 54
NW_021161876.1 261
NW_021161878.1 288
NW_021161881.1 346
NW_021161888.1 751
NW_021161902.1 387
NW_021161927.1 323
NW_021161934.1 241
NW_021161939.1 1296
NW_021161954.1 423
NW_021161955.1 386
NW_021161956.1 1527
NW_021161958.1 890
NW_021161961.1 679
NW_021161962.1 114
NW_021161965.1 416
NW_021161996.1 127
NW_021162004.1 50
NW_021162007.1 115
NW_021162009.1 5489
NW_021162025.1 567
NW_021162035.1 106
NW_021162047.1 143
NW_021162055.1 1197
NW_021162083.1 582
NW_021162091.1 1590
NW_021162100.1 3063
NW_021162108.1 1955
NW_021162157.1 94
NW_021162208.1 23
NW_021162222.1 191
NW_021162226.1 22
NW_021162246.1 1597
NW_021162251.1 2134
NW_021162253.1 5
NW_021162263.1 93
NW_021162265.1 290
NW_021162274.1 2233
NW_021162277.1 157
NW_021162463.1 18
NW_021162495.1 118
NW_021162553.1 11
NW_021162593.1 6
NW_021162599.1 434
NW_021162621.1 16
NW_021162643.1 835
NW_021162814.1 4
NW_021162871.1 33
NW_021163002.1 2

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 113067912 1 5042 210.27 170
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
2384f346add7830e4d8f393f78ec0bce99721f62.gz 1.01 GB 9eaf91abb143ab018aebed084eac518f
2384f346add7830e4d8f393f78ec0bce99721f62.gz.tbi 790.78 KB 8e5bbc12ddeeff714f07831d2eca0f14
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.5 KB 4ef7a81c47eae011a247cce27960445e
statistics/