Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/macaque/45e8ba46213b4a6c7b6977429ac7e5aa0d8b707acontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for macaque from library 45e8ba46213b4a6c7b6977429ac7e5aa0d8b707a
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: 45e8ba46213b4a6c7b6977429ac7e5aa0d8b707a
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: 948_D03
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTCCTCAGTGCATTAG-1, TTTAGCTTCCGTAAAC-1, TAGCATATCGATTTGA-1, ATCGCCCGTCATGAGC-1, TGTATCCGTCACACCC-1 (top 5 of 6292 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
250,015,578
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 250015578
NC_005943.1 141
NC_027914.1 1394
NC_041754.1 22940275
NC_041755.1 15603164
NC_041756.1 15807665
NC_041757.1 13559041
NC_041758.1 11732096
NC_041759.1 13123522
NC_041760.1 16538177
NC_041761.1 11132821
NC_041762.1 11842208
NC_041763.1 12019485
NC_041764.1 12093464
NC_041765.1 9775354
NC_041766.1 9624449
NC_041767.1 13342151
NC_041768.1 10476391
NC_041769.1 11422630
NC_041770.1 6578492
NC_041771.1 5497308
NC_041772.1 9690733
NC_041773.1 10239343
NC_041774.1 6362953
NW_021160097.1 28
NW_021160098.1 125
NW_021160099.1 64
NW_021160102.1 327
NW_021160105.1 159
NW_021160106.1 886
NW_021160107.1 167
NW_021160109.1 1595
NW_021160110.1 6225
NW_021160111.1 994
NW_021160113.1 22088
NW_021160114.1 2399
NW_021160116.1 116
NW_021160121.1 443
NW_021160122.1 457
NW_021160123.1 510
NW_021160125.1 33
NW_021160136.1 464
NW_021160140.1 778
NW_021160141.1 1226
NW_021160142.1 3188
NW_021160144.1 10146
NW_021160145.1 144
NW_021160147.1 139
NW_021160148.1 850
NW_021160150.1 2281
NW_021160155.1 588
NW_021160158.1 499
NW_021160159.1 1236
NW_021160161.1 13734
NW_021160167.1 64
NW_021160168.1 43
NW_021160175.1 7135
NW_021160179.1 206
NW_021160182.1 1424
NW_021160184.1 177
NW_021160185.1 642
NW_021160186.1 1105
NW_021160187.1 165
NW_021160188.1 568
NW_021160189.1 289
NW_021160190.1 596
NW_021160191.1 219
NW_021160193.1 26
NW_021160196.1 1368
NW_021160197.1 576
NW_021160199.1 358
NW_021160200.1 198
NW_021160201.1 1000
NW_021160202.1 607
NW_021160203.1 713
NW_021160204.1 491
NW_021160205.1 196
NW_021160206.1 748
NW_021160207.1 352
NW_021160209.1 3306
NW_021160211.1 1052
NW_021160220.1 1981
NW_021160221.1 568
NW_021160222.1 146
NW_021160223.1 3391
NW_021160225.1 1031
NW_021160226.1 537
NW_021160228.1 289
NW_021160229.1 484
NW_021160231.1 372
NW_021160233.1 762
NW_021160234.1 5981
NW_021160236.1 569
NW_021160237.1 3019
NW_021160238.1 3384
NW_021160239.1 211
NW_021160242.1 415
NW_021160243.1 39
NW_021160244.1 7626
NW_021160245.1 136
NW_021160248.1 154
NW_021160249.1 786
NW_021160250.1 220
NW_021160251.1 771
NW_021160252.1 1922
NW_021160255.1 350
NW_021160263.1 130
NW_021160266.1 145
NW_021160268.1 206
NW_021160270.1 508
NW_021160271.1 461
NW_021160272.1 1206
NW_021160273.1 202
NW_021160277.1 92
NW_021160278.1 464
NW_021160279.1 771
NW_021160282.1 2231
NW_021160284.1 215
NW_021160285.1 389
NW_021160291.1 53
NW_021160293.1 1543
NW_021160294.1 1025
NW_021160295.1 401
NW_021160297.1 787
NW_021160298.1 374
NW_021160300.1 1555
NW_021160305.1 84
NW_021160306.1 306
NW_021160307.1 514
NW_021160308.1 273
NW_021160310.1 6103
NW_021160311.1 2114
NW_021160312.1 2697
NW_021160313.1 1348
NW_021160319.1 358
NW_021160320.1 668
NW_021160324.1 1364
NW_021160325.1 593
NW_021160326.1 537
NW_021160327.1 1358
NW_021160328.1 5548
NW_021160329.1 602
NW_021160338.1 75
NW_021160339.1 56
NW_021160341.1 356
NW_021160347.1 1876
NW_021160353.1 742
NW_021160354.1 231
NW_021160355.1 571
NW_021160356.1 416
NW_021160357.1 294
NW_021160358.1 564
NW_021160359.1 735
NW_021160361.1 109
NW_021160362.1 196
NW_021160363.1 1020
NW_021160364.1 965
NW_021160365.1 806
NW_021160366.1 797
NW_021160367.1 3509
NW_021160368.1 127
NW_021160369.1 132
NW_021160370.1 1531
NW_021160371.1 331
NW_021160372.1 3456
NW_021160373.1 1415
NW_021160374.1 1091
NW_021160375.1 3532
NW_021160376.1 8945
NW_021160381.1 74
NW_021160383.1 2968
NW_021160384.1 266
NW_021160401.1 61
NW_021160410.1 4120
NW_021160417.1 240
NW_021160452.1 192
NW_021160482.1 27
NW_021160484.1 270
NW_021160495.1 11652
NW_021160514.1 83
NW_021160523.1 102
NW_021160525.1 141
NW_021160535.1 285
NW_021160549.1 469
NW_021160573.1 1199
NW_021160589.1 4
NW_021160606.1 12222
NW_021160623.1 87
NW_021160625.1 13
NW_021160629.1 28
NW_021160635.1 18
NW_021160655.1 202
NW_021160656.1 204
NW_021160678.1 16
NW_021160682.1 1689
NW_021160688.1 1059
NW_021160701.1 1231
NW_021160725.1 62
NW_021160726.1 18792
NW_021160734.1 45
NW_021160757.1 2
NW_021160770.1 22381
NW_021160772.1 199
NW_021160805.1 1141
NW_021160821.1 18
NW_021160827.1 20909
NW_021160832.1 9
NW_021160834.1 101
NW_021160835.1 1
NW_021160848.1 3
NW_021160868.1 7
NW_021160890.1 105
NW_021160903.1 661
NW_021160919.1 178
NW_021160925.1 51
NW_021160946.1 1046
NW_021160955.1 267
NW_021160961.1 55
NW_021160976.1 494
NW_021160983.1 10
NW_021161026.1 9
NW_021161033.1 8
NW_021161038.1 325
NW_021161041.1 181
NW_021161043.1 17
NW_021161046.1 636
NW_021161062.1 13
NW_021161066.1 984
NW_021161106.1 227
NW_021161107.1 117
NW_021161113.1 518
NW_021161114.1 330
NW_021161131.1 3
NW_021161133.1 354
NW_021161138.1 20
NW_021161152.1 194
NW_021161164.1 445
NW_021161166.1 339
NW_021161184.1 232
NW_021161201.1 187
NW_021161211.1 100
NW_021161213.1 28
NW_021161224.1 1048
NW_021161226.1 668
NW_021161241.1 7
NW_021161247.1 6
NW_021161253.1 62
NW_021161261.1 29
NW_021161269.1 764
NW_021161274.1 4
NW_021161282.1 5455
NW_021161303.1 37
NW_021161305.1 22
NW_021161307.1 67
NW_021161312.1 109
NW_021161320.1 862
NW_021161336.1 290
NW_021161338.1 62
NW_021161340.1 257
NW_021161348.1 319
NW_021161355.1 348
NW_021161360.1 263
NW_021161364.1 277
NW_021161377.1 2637
NW_021161379.1 7
NW_021161380.1 5
NW_021161385.1 83
NW_021161392.1 4569
NW_021161394.1 346
NW_021161396.1 10
NW_021161399.1 392
NW_021161404.1 8
NW_021161413.1 54
NW_021161421.1 59
NW_021161422.1 118
NW_021161427.1 223
NW_021161433.1 33
NW_021161437.1 46
NW_021161446.1 50
NW_021161463.1 2
NW_021161468.1 126
NW_021161470.1 33
NW_021161483.1 2
NW_021161486.1 515
NW_021161494.1 29
NW_021161497.1 23
NW_021161505.1 509
NW_021161507.1 481
NW_021161508.1 997
NW_021161519.1 451
NW_021161520.1 2234
NW_021161523.1 360
NW_021161525.1 888
NW_021161526.1 1075
NW_021161532.1 26
NW_021161535.1 31
NW_021161537.1 6142
NW_021161545.1 11938
NW_021161552.1 57
NW_021161554.1 635
NW_021161561.1 680
NW_021161562.1 1585
NW_021161567.1 229
NW_021161570.1 134
NW_021161582.1 1316
NW_021161585.1 2678
NW_021161590.1 2648
NW_021161593.1 3281
NW_021161596.1 11131
NW_021161601.1 841
NW_021161608.1 195
NW_021161609.1 66
NW_021161614.1 101
NW_021161616.1 6165
NW_021161617.1 12
NW_021161627.1 376
NW_021161633.1 1504
NW_021161642.1 374
NW_021161648.1 6607
NW_021161679.1 408
NW_021161680.1 297
NW_021161686.1 5944
NW_021161694.1 225
NW_021161695.1 184
NW_021161696.1 156
NW_021161699.1 2141
NW_021161700.1 27
NW_021161713.1 36
NW_021161715.1 50
NW_021161718.1 834
NW_021161725.1 83
NW_021161737.1 677
NW_021161743.1 454
NW_021161747.1 42
NW_021161754.1 4014
NW_021161759.1 31
NW_021161767.1 205
NW_021161769.1 211
NW_021161772.1 226
NW_021161784.1 136
NW_021161790.1 1854
NW_021161794.1 95
NW_021161796.1 69
NW_021161798.1 556
NW_021161830.1 346
NW_021161832.1 139
NW_021161839.1 333
NW_021161842.1 205
NW_021161843.1 359
NW_021161845.1 2504
NW_021161850.1 127171
NW_021161853.1 1045
NW_021161857.1 174
NW_021161862.1 130
NW_021161876.1 1275
NW_021161878.1 1893
NW_021161881.1 614
NW_021161888.1 2685
NW_021161902.1 1254
NW_021161927.1 100
NW_021161934.1 598
NW_021161939.1 2790
NW_021161954.1 778
NW_021161955.1 203
NW_021161956.1 1855
NW_021161958.1 1448
NW_021161961.1 838
NW_021161962.1 27
NW_021161965.1 273
NW_021161996.1 132
NW_021162004.1 144
NW_021162007.1 339
NW_021162009.1 9219
NW_021162025.1 1049
NW_021162035.1 92
NW_021162047.1 384
NW_021162055.1 1730
NW_021162083.1 595
NW_021162091.1 3429
NW_021162100.1 3280
NW_021162108.1 2349
NW_021162157.1 255
NW_021162208.1 109
NW_021162222.1 102
NW_021162226.1 107
NW_021162246.1 3290
NW_021162251.1 3464
NW_021162253.1 20
NW_021162263.1 18
NW_021162265.1 2012
NW_021162274.1 9116
NW_021162277.1 202
NW_021162460.1 1
NW_021162463.1 610
NW_021162495.1 61
NW_021162553.1 6
NW_021162593.1 8
NW_021162599.1 1685
NW_021162621.1 72
NW_021162643.1 1770
NW_021162814.1 20
NW_021162871.1 94
NW_021162949.1 2
NW_021163002.1 4

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 250015578 1 5042 173.36 158
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
45e8ba46213b4a6c7b6977429ac7e5aa0d8b707a.gz 2.33 GB d603238793d37cd4a288ac44214ff2d8
45e8ba46213b4a6c7b6977429ac7e5aa0d8b707a.gz.tbi 1.11 MB 1fbe05c82bcb1fe9d6e351dcee3d9725
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.5 KB 0a5a4b99a6d3e917b22316a41af74633
statistics/