Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/macaque/93719d6b55ee5ddf3302d6701d61233517342374content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for macaque from library 93719d6b55ee5ddf3302d6701d61233517342374
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: 93719d6b55ee5ddf3302d6701d61233517342374
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: 911_C03
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TATCACGCAATGCGCT-1, CTATGAGGTTCCTGAT-1, CGGTTCCGTCGTAATG-1, AAGCGCTGTTGCTTCG-1, TCAACAATCCGGTATG-1 (top 5 of 6228 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
121,608,968
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 121608968
NC_005943.1 4744
NC_027914.1 413
NC_041754.1 10983794
NC_041755.1 7919586
NC_041756.1 7820336
NC_041757.1 6756158
NC_041758.1 6030402
NC_041759.1 6616481
NC_041760.1 8094411
NC_041761.1 5548263
NC_041762.1 5746333
NC_041763.1 5532871
NC_041764.1 5989231
NC_041765.1 4860020
NC_041766.1 4661989
NC_041767.1 6387755
NC_041768.1 4858851
NC_041769.1 5269270
NC_041770.1 3342247
NC_041771.1 2652695
NC_041772.1 4362711
NC_041773.1 4723529
NC_041774.1 3228734
NW_021160097.1 23
NW_021160098.1 319
NW_021160099.1 37
NW_021160102.1 200
NW_021160105.1 73
NW_021160106.1 611
NW_021160107.1 76
NW_021160109.1 843
NW_021160110.1 2838
NW_021160111.1 763
NW_021160113.1 9332
NW_021160114.1 1192
NW_021160116.1 50
NW_021160121.1 117
NW_021160122.1 490
NW_021160123.1 468
NW_021160125.1 8
NW_021160136.1 256
NW_021160140.1 383
NW_021160141.1 611
NW_021160142.1 1917
NW_021160144.1 7073
NW_021160145.1 86
NW_021160147.1 134
NW_021160148.1 486
NW_021160150.1 1059
NW_021160155.1 228
NW_021160158.1 179
NW_021160159.1 228
NW_021160161.1 7148
NW_021160167.1 62
NW_021160168.1 23
NW_021160175.1 3789
NW_021160179.1 95
NW_021160182.1 1068
NW_021160184.1 152
NW_021160185.1 100
NW_021160186.1 833
NW_021160187.1 84
NW_021160188.1 272
NW_021160189.1 377
NW_021160190.1 248
NW_021160191.1 108
NW_021160193.1 15
NW_021160196.1 624
NW_021160197.1 255
NW_021160199.1 74
NW_021160200.1 20
NW_021160201.1 1135
NW_021160202.1 209
NW_021160203.1 345
NW_021160204.1 248
NW_021160205.1 107
NW_021160206.1 290
NW_021160207.1 143
NW_021160209.1 1546
NW_021160211.1 605
NW_021160220.1 1006
NW_021160221.1 140
NW_021160222.1 130
NW_021160223.1 1933
NW_021160225.1 916
NW_021160226.1 298
NW_021160228.1 240
NW_021160229.1 181
NW_021160231.1 212
NW_021160233.1 332
NW_021160234.1 3599
NW_021160236.1 211
NW_021160237.1 1152
NW_021160238.1 1267
NW_021160239.1 100
NW_021160242.1 135
NW_021160243.1 32
NW_021160244.1 4544
NW_021160245.1 94
NW_021160248.1 71
NW_021160249.1 319
NW_021160250.1 129
NW_021160251.1 513
NW_021160252.1 663
NW_021160255.1 171
NW_021160263.1 81
NW_021160266.1 81
NW_021160268.1 153
NW_021160270.1 339
NW_021160271.1 296
NW_021160272.1 632
NW_021160273.1 72
NW_021160277.1 38
NW_021160278.1 230
NW_021160279.1 544
NW_021160282.1 896
NW_021160284.1 66
NW_021160285.1 156
NW_021160291.1 59
NW_021160293.1 679
NW_021160294.1 668
NW_021160295.1 150
NW_021160297.1 314
NW_021160298.1 173
NW_021160300.1 679
NW_021160305.1 110
NW_021160306.1 56
NW_021160307.1 169
NW_021160308.1 45
NW_021160310.1 2775
NW_021160311.1 1059
NW_021160312.1 1136
NW_021160313.1 679
NW_021160319.1 165
NW_021160320.1 240
NW_021160324.1 685
NW_021160325.1 328
NW_021160326.1 76
NW_021160327.1 513
NW_021160328.1 2494
NW_021160329.1 330
NW_021160338.1 134
NW_021160339.1 26
NW_021160341.1 163
NW_021160347.1 739
NW_021160353.1 246
NW_021160354.1 108
NW_021160355.1 241
NW_021160356.1 211
NW_021160357.1 79
NW_021160358.1 236
NW_021160359.1 322
NW_021160361.1 48
NW_021160362.1 72
NW_021160363.1 345
NW_021160364.1 419
NW_021160365.1 477
NW_021160366.1 594
NW_021160367.1 1672
NW_021160368.1 95
NW_021160369.1 146
NW_021160370.1 859
NW_021160371.1 164
NW_021160372.1 1929
NW_021160373.1 608
NW_021160374.1 876
NW_021160375.1 1633
NW_021160376.1 3107
NW_021160381.1 68
NW_021160383.1 1389
NW_021160384.1 170
NW_021160401.1 31
NW_021160410.1 703
NW_021160417.1 82
NW_021160452.1 102
NW_021160482.1 13
NW_021160484.1 139
NW_021160495.1 5199
NW_021160514.1 82
NW_021160523.1 56
NW_021160525.1 36
NW_021160535.1 150
NW_021160549.1 340
NW_021160573.1 498
NW_021160589.1 6
NW_021160606.1 1057
NW_021160623.1 5
NW_021160625.1 6
NW_021160629.1 1
NW_021160635.1 20
NW_021160655.1 119
NW_021160656.1 16
NW_021160678.1 10
NW_021160682.1 1150
NW_021160688.1 785
NW_021160701.1 1220
NW_021160725.1 54
NW_021160726.1 6047
NW_021160734.1 27
NW_021160770.1 6129
NW_021160772.1 94
NW_021160805.1 231
NW_021160821.1 23
NW_021160827.1 4973
NW_021160832.1 20
NW_021160834.1 80
NW_021160835.1 3
NW_021160848.1 6
NW_021160868.1 1
NW_021160890.1 69
NW_021160903.1 286
NW_021160919.1 57
NW_021160925.1 21
NW_021160946.1 534
NW_021160955.1 44
NW_021160961.1 107
NW_021160976.1 236
NW_021160983.1 12
NW_021160986.1 2
NW_021161026.1 3
NW_021161038.1 56
NW_021161041.1 64
NW_021161043.1 12
NW_021161046.1 638
NW_021161062.1 14
NW_021161066.1 367
NW_021161106.1 283
NW_021161107.1 30
NW_021161113.1 169
NW_021161114.1 1503
NW_021161131.1 2
NW_021161133.1 235
NW_021161138.1 15
NW_021161152.1 368
NW_021161164.1 214
NW_021161166.1 156
NW_021161184.1 47
NW_021161201.1 95
NW_021161211.1 168
NW_021161213.1 13
NW_021161224.1 922
NW_021161226.1 341
NW_021161241.1 17
NW_021161253.1 7
NW_021161261.1 36
NW_021161269.1 336
NW_021161274.1 3
NW_021161282.1 709
NW_021161303.1 65
NW_021161305.1 32
NW_021161307.1 62
NW_021161312.1 6
NW_021161320.1 319
NW_021161336.1 80
NW_021161338.1 58
NW_021161340.1 107
NW_021161348.1 181
NW_021161355.1 531
NW_021161360.1 27
NW_021161364.1 227
NW_021161377.1 547
NW_021161379.1 17
NW_021161380.1 5
NW_021161385.1 18
NW_021161392.1 2013
NW_021161394.1 123
NW_021161396.1 15
NW_021161399.1 186
NW_021161404.1 26
NW_021161413.1 99
NW_021161421.1 16
NW_021161422.1 36
NW_021161427.1 143
NW_021161433.1 2
NW_021161437.1 25
NW_021161446.1 31
NW_021161468.1 46
NW_021161470.1 22
NW_021161486.1 170
NW_021161494.1 25
NW_021161497.1 24
NW_021161505.1 262
NW_021161507.1 317
NW_021161508.1 209
NW_021161519.1 296
NW_021161520.1 2391
NW_021161523.1 47
NW_021161525.1 173
NW_021161526.1 349
NW_021161532.1 46
NW_021161535.1 13
NW_021161537.1 813
NW_021161545.1 1435
NW_021161552.1 43
NW_021161554.1 144
NW_021161561.1 342
NW_021161562.1 583
NW_021161567.1 65
NW_021161570.1 2
NW_021161582.1 359
NW_021161585.1 500
NW_021161590.1 1595
NW_021161593.1 762
NW_021161596.1 3779
NW_021161601.1 108
NW_021161608.1 73
NW_021161609.1 23
NW_021161614.1 142
NW_021161616.1 100
NW_021161617.1 16
NW_021161627.1 190
NW_021161633.1 1664
NW_021161642.1 183
NW_021161648.1 3403
NW_021161679.1 161
NW_021161680.1 157
NW_021161686.1 1624
NW_021161694.1 93
NW_021161695.1 150
NW_021161696.1 150
NW_021161699.1 693
NW_021161700.1 10
NW_021161713.1 58
NW_021161715.1 7
NW_021161718.1 207
NW_021161725.1 139
NW_021161737.1 301
NW_021161743.1 37
NW_021161747.1 6
NW_021161754.1 1165
NW_021161759.1 41
NW_021161767.1 208
NW_021161769.1 119
NW_021161772.1 260
NW_021161784.1 65
NW_021161790.1 384
NW_021161794.1 18
NW_021161796.1 71
NW_021161798.1 84
NW_021161830.1 145
NW_021161832.1 116
NW_021161839.1 213
NW_021161842.1 64
NW_021161843.1 184
NW_021161845.1 2590
NW_021161850.1 13525
NW_021161853.1 1341
NW_021161857.1 286
NW_021161862.1 50
NW_021161876.1 171
NW_021161878.1 265
NW_021161881.1 243
NW_021161888.1 896
NW_021161902.1 328
NW_021161927.1 293
NW_021161934.1 263
NW_021161939.1 1082
NW_021161954.1 446
NW_021161955.1 496
NW_021161956.1 1283
NW_021161958.1 622
NW_021161961.1 383
NW_021161962.1 63
NW_021161965.1 267
NW_021161996.1 75
NW_021162004.1 52
NW_021162007.1 154
NW_021162009.1 4972
NW_021162025.1 469
NW_021162035.1 103
NW_021162047.1 156
NW_021162055.1 980
NW_021162083.1 428
NW_021162091.1 1725
NW_021162100.1 2583
NW_021162108.1 1108
NW_021162157.1 99
NW_021162208.1 56
NW_021162222.1 174
NW_021162226.1 33
NW_021162246.1 1247
NW_021162251.1 1922
NW_021162253.1 11
NW_021162263.1 82
NW_021162265.1 183
NW_021162274.1 2303
NW_021162277.1 130
NW_021162463.1 5
NW_021162495.1 36
NW_021162553.1 12
NW_021162593.1 11
NW_021162599.1 385
NW_021162621.1 28
NW_021162643.1 542
NW_021162814.1 9
NW_021162871.1 46
NW_021163002.1 1

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 121608968 1 5042 140.95 113
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
93719d6b55ee5ddf3302d6701d61233517342374.gz 1.19 GB d45778b0b1a1e1330baa2b463688dcb3
93719d6b55ee5ddf3302d6701d61233517342374.gz.tbi 841.08 KB ac5d5b5f5ee82e0bd40f30f1cfc585cd
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.5 KB a17c075f6b32662b8f9a8dfe90bb29c4
statistics/