Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/macaque/b800865e793c1d50168985ddb73ac05e67a8df35content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for macaque from library b800865e793c1d50168985ddb73ac05e67a8df35
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: b800865e793c1d50168985ddb73ac05e67a8df35
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: 795.1_A06
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: macaque
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGAGTCTGTAAGCTCA-1, TTTAGCAAGCTAAAGG-1, AGATGCTTCCAGGTTG-1, CTTGACGAGGAGGGTT-1, GGCGGTAAGGGATGAC-1 (top 5 of 7542 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
207,404,802
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 207404802
NC_005943.1 407
NC_027914.1 153217
NC_041754.1 18693579
NC_041755.1 13117949
NC_041756.1 13397530
NC_041757.1 11104579
NC_041758.1 9834094
NC_041759.1 11011313
NC_041760.1 13763570
NC_041761.1 9349301
NC_041762.1 9849424
NC_041763.1 10301188
NC_041764.1 10249930
NC_041765.1 8164568
NC_041766.1 8069270
NC_041767.1 10931096
NC_041768.1 8544834
NC_041769.1 9432449
NC_041770.1 5543577
NC_041771.1 4636674
NC_041772.1 8174571
NC_041773.1 8259962
NC_041774.1 4266981
NW_021160097.1 28
NW_021160098.1 123
NW_021160099.1 52
NW_021160102.1 238
NW_021160105.1 166
NW_021160106.1 661
NW_021160107.1 145
NW_021160109.1 1319
NW_021160110.1 5071
NW_021160111.1 1168
NW_021160113.1 12278
NW_021160114.1 2011
NW_021160116.1 67
NW_021160121.1 380
NW_021160122.1 423
NW_021160123.1 388
NW_021160125.1 19
NW_021160136.1 439
NW_021160140.1 775
NW_021160141.1 894
NW_021160142.1 2604
NW_021160144.1 10096
NW_021160145.1 103
NW_021160147.1 118
NW_021160148.1 660
NW_021160150.1 2209
NW_021160155.1 398
NW_021160158.1 319
NW_021160159.1 605
NW_021160161.1 13177
NW_021160167.1 80
NW_021160168.1 37
NW_021160175.1 7353
NW_021160179.1 143
NW_021160182.1 1527
NW_021160184.1 95
NW_021160185.1 465
NW_021160186.1 857
NW_021160187.1 162
NW_021160188.1 425
NW_021160189.1 267
NW_021160190.1 400
NW_021160191.1 203
NW_021160193.1 30
NW_021160196.1 1264
NW_021160197.1 460
NW_021160199.1 315
NW_021160200.1 227
NW_021160201.1 995
NW_021160202.1 473
NW_021160203.1 566
NW_021160204.1 491
NW_021160205.1 194
NW_021160206.1 595
NW_021160207.1 319
NW_021160209.1 2166
NW_021160211.1 795
NW_021160220.1 1796
NW_021160221.1 459
NW_021160222.1 120
NW_021160223.1 3361
NW_021160225.1 930
NW_021160226.1 545
NW_021160228.1 255
NW_021160229.1 520
NW_021160231.1 252
NW_021160233.1 593
NW_021160234.1 5693
NW_021160236.1 984
NW_021160237.1 4324
NW_021160238.1 5337
NW_021160239.1 189
NW_021160242.1 311
NW_021160243.1 51
NW_021160244.1 7634
NW_021160245.1 109
NW_021160248.1 137
NW_021160249.1 575
NW_021160250.1 361
NW_021160251.1 667
NW_021160252.1 1765
NW_021160255.1 303
NW_021160263.1 158
NW_021160266.1 110
NW_021160268.1 166
NW_021160270.1 548
NW_021160271.1 438
NW_021160272.1 1056
NW_021160273.1 121
NW_021160277.1 76
NW_021160278.1 426
NW_021160279.1 740
NW_021160282.1 2456
NW_021160284.1 215
NW_021160285.1 225
NW_021160291.1 44
NW_021160293.1 1434
NW_021160294.1 869
NW_021160295.1 384
NW_021160297.1 543
NW_021160298.1 235
NW_021160300.1 1338
NW_021160305.1 95
NW_021160306.1 297
NW_021160307.1 530
NW_021160308.1 318
NW_021160310.1 4536
NW_021160311.1 1526
NW_021160312.1 1974
NW_021160313.1 835
NW_021160319.1 331
NW_021160320.1 595
NW_021160324.1 979
NW_021160325.1 480
NW_021160326.1 264
NW_021160327.1 889
NW_021160328.1 4458
NW_021160329.1 632
NW_021160338.1 104
NW_021160339.1 69
NW_021160341.1 220
NW_021160347.1 1398
NW_021160353.1 571
NW_021160354.1 172
NW_021160355.1 293
NW_021160356.1 468
NW_021160357.1 71
NW_021160358.1 464
NW_021160359.1 882
NW_021160361.1 94
NW_021160362.1 149
NW_021160363.1 604
NW_021160364.1 822
NW_021160365.1 664
NW_021160366.1 803
NW_021160367.1 2884
NW_021160368.1 110
NW_021160369.1 149
NW_021160370.1 1080
NW_021160371.1 436
NW_021160372.1 3514
NW_021160373.1 1664
NW_021160374.1 834
NW_021160375.1 3048
NW_021160376.1 5579
NW_021160381.1 58
NW_021160383.1 2310
NW_021160384.1 121
NW_021160401.1 101
NW_021160410.1 2428
NW_021160417.1 199
NW_021160452.1 168
NW_021160482.1 24
NW_021160484.1 226
NW_021160495.1 20120
NW_021160514.1 76
NW_021160523.1 109
NW_021160525.1 76
NW_021160535.1 312
NW_021160549.1 428
NW_021160573.1 617
NW_021160589.1 2
NW_021160606.1 17317
NW_021160623.1 68
NW_021160625.1 7
NW_021160629.1 5
NW_021160635.1 19
NW_021160655.1 215
NW_021160656.1 300
NW_021160678.1 14
NW_021160682.1 1455
NW_021160688.1 595
NW_021160701.1 822
NW_021160725.1 37
NW_021160726.1 15233
NW_021160734.1 37
NW_021160757.1 1
NW_021160770.1 15626
NW_021160772.1 154
NW_021160805.1 675
NW_021160821.1 16
NW_021160827.1 10194
NW_021160832.1 9
NW_021160834.1 72
NW_021160848.1 10
NW_021160868.1 6
NW_021160890.1 64
NW_021160903.1 374
NW_021160919.1 195
NW_021160925.1 32
NW_021160946.1 837
NW_021160955.1 130
NW_021160961.1 30
NW_021160976.1 355
NW_021160983.1 13
NW_021160986.1 4
NW_021161026.1 5
NW_021161033.1 1
NW_021161038.1 340
NW_021161041.1 148
NW_021161043.1 21
NW_021161046.1 838
NW_021161062.1 10
NW_021161066.1 828
NW_021161106.1 429
NW_021161107.1 84
NW_021161113.1 434
NW_021161114.1 317
NW_021161131.1 5
NW_021161133.1 418
NW_021161138.1 9
NW_021161152.1 189
NW_021161164.1 281
NW_021161166.1 497
NW_021161184.1 130
NW_021161201.1 191
NW_021161211.1 175
NW_021161213.1 46
NW_021161224.1 992
NW_021161226.1 520
NW_021161241.1 13
NW_021161247.1 10
NW_021161253.1 36
NW_021161261.1 21
NW_021161269.1 397
NW_021161274.1 6
NW_021161282.1 2926
NW_021161303.1 40
NW_021161305.1 12
NW_021161307.1 73
NW_021161312.1 36
NW_021161320.1 547
NW_021161336.1 575
NW_021161338.1 49
NW_021161340.1 182
NW_021161348.1 182
NW_021161355.1 274
NW_021161360.1 161
NW_021161364.1 266
NW_021161377.1 1378
NW_021161379.1 7
NW_021161380.1 11
NW_021161385.1 63
NW_021161392.1 8121
NW_021161394.1 376
NW_021161396.1 18
NW_021161399.1 300
NW_021161404.1 2
NW_021161413.1 41
NW_021161421.1 61
NW_021161422.1 114
NW_021161427.1 255
NW_021161433.1 26
NW_021161437.1 23
NW_021161446.1 31
NW_021161463.1 6
NW_021161468.1 150
NW_021161470.1 28
NW_021161483.1 3
NW_021161486.1 839
NW_021161494.1 30
NW_021161497.1 18
NW_021161505.1 835
NW_021161507.1 411
NW_021161508.1 754
NW_021161519.1 145
NW_021161520.1 2130
NW_021161523.1 137
NW_021161525.1 1032
NW_021161526.1 861
NW_021161532.1 84
NW_021161535.1 52
NW_021161537.1 4824
NW_021161545.1 9040
NW_021161552.1 48
NW_021161554.1 246
NW_021161561.1 486
NW_021161562.1 922
NW_021161567.1 102
NW_021161570.1 109
NW_021161582.1 935
NW_021161585.1 2276
NW_021161590.1 3440
NW_021161593.1 2299
NW_021161596.1 8288
NW_021161601.1 577
NW_021161608.1 143
NW_021161609.1 48
NW_021161614.1 102
NW_021161616.1 15825
NW_021161617.1 11
NW_021161627.1 334
NW_021161633.1 3184
NW_021161642.1 417
NW_021161648.1 5309
NW_021161679.1 422
NW_021161680.1 210
NW_021161686.1 3817
NW_021161694.1 183
NW_021161695.1 225
NW_021161696.1 168
NW_021161699.1 1292
NW_021161700.1 16
NW_021161713.1 39
NW_021161715.1 46
NW_021161718.1 1014
NW_021161725.1 50
NW_021161737.1 565
NW_021161743.1 232
NW_021161747.1 32
NW_021161754.1 3629
NW_021161759.1 34
NW_021161767.1 136
NW_021161769.1 313
NW_021161772.1 333
NW_021161784.1 82
NW_021161790.1 1552
NW_021161794.1 65
NW_021161796.1 54
NW_021161798.1 1006
NW_021161830.1 230
NW_021161832.1 203
NW_021161839.1 244
NW_021161842.1 275
NW_021161843.1 327
NW_021161845.1 2345
NW_021161850.1 129353
NW_021161853.1 1274
NW_021161857.1 400
NW_021161862.1 185
NW_021161876.1 1188
NW_021161878.1 1375
NW_021161881.1 538
NW_021161888.1 1822
NW_021161902.1 1298
NW_021161927.1 133
NW_021161934.1 493
NW_021161939.1 3036
NW_021161954.1 451
NW_021161955.1 203
NW_021161956.1 1493
NW_021161958.1 1336
NW_021161961.1 354
NW_021161962.1 53
NW_021161965.1 245
NW_021161996.1 115
NW_021162004.1 121
NW_021162007.1 386
NW_021162009.1 7513
NW_021162025.1 819
NW_021162035.1 70
NW_021162047.1 342
NW_021162055.1 1413
NW_021162083.1 675
NW_021162091.1 3117
NW_021162100.1 2298
NW_021162108.1 1728
NW_021162157.1 219
NW_021162185.1 1
NW_021162208.1 218
NW_021162222.1 101
NW_021162226.1 146
NW_021162246.1 2883
NW_021162251.1 3441
NW_021162253.1 8
NW_021162263.1 17
NW_021162265.1 774
NW_021162274.1 5996
NW_021162277.1 159
NW_021162463.1 474
NW_021162495.1 24
NW_021162553.1 4
NW_021162593.1 19
NW_021162599.1 822
NW_021162621.1 76
NW_021162643.1 1385
NW_021162814.1 23
NW_021162871.1 87
NW_021162949.1 3

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 207404802 1 5042 131.97 106
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
b800865e793c1d50168985ddb73ac05e67a8df35.gz 1.93 GB 3f547dd7d50dd49932fbdd81aea498c4
b800865e793c1d50168985ddb73ac05e67a8df35.gz.tbi 1.01 MB f11e51a36908d847991fa81884a6a2b2
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.5 KB 7adf6ef9c6265afc9c764959892121c4
statistics/