Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0005_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0005_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0005_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0005_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTCTCACAGAGCCGCT-P0005_2, CTTTGGTGTGTTAAAC-P0005_2, GAGGTGAGTTGTTCAC-P0005_2, AGCGGATAGCTTAACA-P0005_2, TGGAACAAGCTATTAG-P0005_2 (top 5 of 1390 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
16,237,464
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 16237464
chr1 1294082
chr2 1051418
chr3 735062
chr4 872705
chr5 1411945
chr6 815608
chr7 1062212
chr8 601428
chr9 746958
chr10 896956
chr11 887283
chr12 897600
chr13 588254
chr14 593050
chr15 642748
chr16 449306
chr17 351975
chr18 317922
chr19 361792
chr20 344035
chr21 219362
chr22 774058
chrUn_NW_026528017v1 46
chrUn_NW_026528021v1 54
chrUn_NW_026528026v1 43
chrUn_NW_026528029v1 33
chrUn_NW_026528038v1 35
chrUn_NW_026528039v1 62
chrUn_NW_026528065v1 28
chrUn_NW_026528075v1 14
chrUn_NW_026528103v1 4
chrUn_NW_026528125v1 4
chrUn_NW_026528140v1 90
chrUn_NW_026528210v1 10
chrUn_NW_026528215v1 10
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528225v1 8
chrUn_NW_026528226v1 42
chrUn_NW_026528228v1 14
chrUn_NW_026528230v1 31
chrUn_NW_026528232v1 57
chrUn_NW_026528278v1 57
chrUn_NW_026528285v1 4
chrUn_NW_026528295v1 15
chrUn_NW_026528296v1 1187
chrUn_NW_026528310v1 6
chrUn_NW_026528320v1 2
chrUn_NW_026528327v1 1
chrUn_NW_026528332v1 1
chrUn_NW_026528335v1 4
chrUn_NW_026528338v1 3
chrUn_NW_026528339v1 6
chrUn_NW_026528345v1 4
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 2
chrUn_NW_026528353v1 4
chrUn_NW_026528356v1 2
chrUn_NW_026528363v1 32
chrUn_NW_026528370v1 51
chrUn_NW_026528371v1 73
chrUn_NW_026528372v1 27
chrUn_NW_026528373v1 54
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 6
chrUn_NW_026528390v1 2
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528423v1 3
chrUn_NW_026528431v1 35
chrUn_NW_026528432v1 43
chrUn_NW_026528433v1 1074
chrUn_NW_026528480v1 52
chrUn_NW_026528558v1 124
chrUn_NW_026528559v1 3
chrUn_NW_026528561v1 25
chrUn_NW_026528590v1 173
chrUn_NW_026528596v1 114
chrUn_NW_026528609v1 3
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528621v1 8
chrUn_NW_026528631v1 13
chrUn_NW_026528634v1 1
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528650v1 2
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 46
chrUn_NW_026528737v1 7
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 6
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 2
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 3
chrUn_NW_026528793v1 2
chrUn_NW_026528795v1 8
chrUn_NW_026528796v1 18
chrUn_NW_026528797v1 441
chrUn_NW_026528798v1 109
chrUn_NW_026528799v1 21
chrUn_NW_026528880v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528887v1 1
chrUn_NW_026528889v1 1
chrUn_NW_026528891v1 3
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528900v1 5
chrUn_NW_026528902v1 7
chrUn_NW_026528903v1 88
chrUn_NW_026528917v1 26
chrUn_NW_026528926v1 7
chrUn_NW_026528928v1 66
chrUn_NW_026528937v1 9
chrUn_NW_026528950v1 1
chrUn_NW_026528957v1 84
chrUn_NW_026528960v1 18
chrUn_NW_026528975v1 11
chrUn_NW_026528984v1 2
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 7
chrUn_NW_026528992v1 3
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 1
chrUn_NW_026529007v1 46
chrUn_NW_026529008v1 463
chrUn_NW_026529013v1 6
chrUn_NW_026529015v1 21
chrUn_NW_026529016v1 66
chrUn_NW_026529060v1 104
chrUn_NW_026529081v1 33
chrUn_NW_026529085v1 71
chrX 301039
chrX_NW_026527892v1_random 17
chrX_NW_026527894v1_random 23
chrX_NW_026527897v1_random 5
chrY 6520
chrY_NW_026527906v1_random 2
chrY_NW_026527909v1_random 7
chrY_NW_026527911v1_random 11
chrY_NW_026527913v1_random 19
chrY_NW_026527914v1_random 20
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 6
chrY_NW_026527918v1_random 7
chrY_NW_026527919v1_random 19
chrY_NW_026527927v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 4
chrY_NW_026527938v1_random 55
chrY_NW_026527939v1_random 1
chrY_NW_026527942v1_random 53
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 5
chrY_NW_026527949v1_random 91
chrY_NW_026527950v1_random 201
chrY_NW_026527951v1_random 47
chrY_NW_026527955v1_random 34
chrY_NW_026527956v1_random 1960
chrY_NW_026527958v1_random 1344
chrY_NW_026527960v1_random 4
chrY_NW_026527961v1_random 48
chrY_NW_026527966v1_random 4357
chrY_NW_026527967v1_random 12
chrY_NW_026527968v1_random 123
chrY_NW_026527969v1_random 2
chrY_NW_026527974v1_random 4
chrY_NW_026527980v1_random 3

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 16237464 1 5024 161.35 141
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0005_2.h5ad.gz 158.93 MB ef3a10d572560f6e12d893c776918a26
P0005_2.h5ad.gz.tbi 608.49 KB c417aad05fa0bbdbc1632de24903252a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 18b972172fa1340baf31b492913748ed
statistics/