Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0005_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0005_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0005_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0005_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TTGTTCCCAGGCTAGA-P0005_2, TTAGGCCCAGTGAACG-P0005_2, CTGATCACAGTTTGTG-P0005_2, GCAAGTCGTTTGGGTA-P0005_2, GCCTCGACAGCAGGTA-P0005_2 (top 5 of 2665 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
39,886,265
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 39886265
chr1 3205658
chr2 2677289
chr3 2025745
chr4 2260600
chr5 3199505
chr6 2118621
chr7 2584804
chr8 1589124
chr9 1913153
chr10 2119839
chr11 2068083
chr12 2109436
chr13 1541562
chr14 1527494
chr15 1533967
chr16 1213088
chr17 932320
chr18 742542
chr19 842234
chr20 799031
chr21 574075
chr22 1454875
chrUn_NW_026528016v1 7
chrUn_NW_026528017v1 185
chrUn_NW_026528021v1 210
chrUn_NW_026528026v1 169
chrUn_NW_026528029v1 68
chrUn_NW_026528038v1 90
chrUn_NW_026528039v1 162
chrUn_NW_026528065v1 76
chrUn_NW_026528075v1 42
chrUn_NW_026528103v1 12
chrUn_NW_026528125v1 12
chrUn_NW_026528140v1 186
chrUn_NW_026528210v1 31
chrUn_NW_026528215v1 50
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 38
chrUn_NW_026528226v1 60
chrUn_NW_026528228v1 48
chrUn_NW_026528230v1 91
chrUn_NW_026528232v1 261
chrUn_NW_026528278v1 104
chrUn_NW_026528285v1 9
chrUn_NW_026528292v1 5
chrUn_NW_026528295v1 68
chrUn_NW_026528296v1 2740
chrUn_NW_026528310v1 30
chrUn_NW_026528320v1 15
chrUn_NW_026528327v1 9
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 9
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 11
chrUn_NW_026528345v1 9
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 69
chrUn_NW_026528370v1 83
chrUn_NW_026528371v1 179
chrUn_NW_026528372v1 86
chrUn_NW_026528373v1 175
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 4
chrUn_NW_026528385v1 10
chrUn_NW_026528390v1 8
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 23
chrUn_NW_026528431v1 92
chrUn_NW_026528432v1 152
chrUn_NW_026528433v1 1577
chrUn_NW_026528480v1 219
chrUn_NW_026528558v1 614
chrUn_NW_026528559v1 14
chrUn_NW_026528561v1 93
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 5
chrUn_NW_026528590v1 541
chrUn_NW_026528596v1 659
chrUn_NW_026528609v1 12
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 19
chrUn_NW_026528631v1 33
chrUn_NW_026528634v1 1
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 2
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 3
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 167
chrUn_NW_026528737v1 15
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 37
chrUn_NW_026528772v1 3
chrUn_NW_026528775v1 5
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528793v1 21
chrUn_NW_026528795v1 22
chrUn_NW_026528796v1 58
chrUn_NW_026528797v1 1026
chrUn_NW_026528798v1 244
chrUn_NW_026528799v1 46
chrUn_NW_026528880v1 2
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 11
chrUn_NW_026528888v1 1
chrUn_NW_026528889v1 2
chrUn_NW_026528891v1 11
chrUn_NW_026528893v1 2
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 1
chrUn_NW_026528900v1 18
chrUn_NW_026528902v1 26
chrUn_NW_026528903v1 325
chrUn_NW_026528917v1 86
chrUn_NW_026528926v1 17
chrUn_NW_026528928v1 291
chrUn_NW_026528937v1 35
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 370
chrUn_NW_026528960v1 54
chrUn_NW_026528975v1 56
chrUn_NW_026528984v1 8
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 20
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 8
chrUn_NW_026529007v1 100
chrUn_NW_026529008v1 1047
chrUn_NW_026529013v1 21
chrUn_NW_026529015v1 65
chrUn_NW_026529016v1 292
chrUn_NW_026529060v1 308
chrUn_NW_026529081v1 123
chrUn_NW_026529085v1 218
chrX 807828
chrX_NW_026527892v1_random 72
chrX_NW_026527894v1_random 119
chrX_NW_026527897v1_random 28
chrY 17841
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 34
chrY_NW_026527911v1_random 52
chrY_NW_026527913v1_random 74
chrY_NW_026527914v1_random 112
chrY_NW_026527915v1_random 12
chrY_NW_026527916v1_random 28
chrY_NW_026527918v1_random 18
chrY_NW_026527919v1_random 47
chrY_NW_026527927v1_random 9
chrY_NW_026527932v1_random 28
chrY_NW_026527938v1_random 191
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 177
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 29
chrY_NW_026527949v1_random 265
chrY_NW_026527950v1_random 442
chrY_NW_026527951v1_random 128
chrY_NW_026527955v1_random 109
chrY_NW_026527956v1_random 2329
chrY_NW_026527958v1_random 1566
chrY_NW_026527960v1_random 23
chrY_NW_026527961v1_random 115
chrY_NW_026527966v1_random 6076
chrY_NW_026527967v1_random 40
chrY_NW_026527968v1_random 469
chrY_NW_026527969v1_random 17
chrY_NW_026527974v1_random 24
chrY_NW_026527980v1_random 10

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 39886265 1 5040 165.23 146
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0005_2.gz 396.5 MB 63e44c458704a79a8e7abc9dbf3b6414
P0005_2.gz.tbi 579.9 KB b60f00360a4119db3da27c7bb7aacb75
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB c419951752a617c5e9148e63542f3f5e
statistics/