Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0008_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0008_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0008_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0008_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGCGGTTTCAATCTCT-P0008_1, CTGCAATAGTTATGTG-P0008_1, CGGTTATAGCGGCTGT-P0008_1, ATGCTTAAGGCCTTAG-P0008_1, GCGAGTGAGGGTCTAT-P0008_1 (top 5 of 3975 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
54,625,817
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 54625817
chr1 4378451
chr2 3524914
chr3 2488246
chr4 2938918
chr5 4619726
chr6 2677085
chr7 3588026
chr8 2093756
chr9 2713410
chr10 3034245
chr11 2980898
chr12 2935710
chr13 2070335
chr14 2106214
chr15 2098441
chr16 1564557
chr17 1186472
chr18 1066539
chr19 1183407
chr20 1134952
chr21 748469
chr22 2410592
chrUn_NW_026528016v1 6
chrUn_NW_026528017v1 150
chrUn_NW_026528021v1 233
chrUn_NW_026528026v1 113
chrUn_NW_026528029v1 166
chrUn_NW_026528038v1 152
chrUn_NW_026528039v1 218
chrUn_NW_026528065v1 100
chrUn_NW_026528075v1 26
chrUn_NW_026528103v1 10
chrUn_NW_026528125v1 4
chrUn_NW_026528140v1 173
chrUn_NW_026528210v1 20
chrUn_NW_026528215v1 24
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 10
chrUn_NW_026528226v1 44
chrUn_NW_026528228v1 51
chrUn_NW_026528230v1 61
chrUn_NW_026528232v1 415
chrUn_NW_026528278v1 166
chrUn_NW_026528285v1 13
chrUn_NW_026528292v1 3
chrUn_NW_026528295v1 23
chrUn_NW_026528296v1 3728
chrUn_NW_026528310v1 20
chrUn_NW_026528320v1 7
chrUn_NW_026528327v1 2
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 3
chrUn_NW_026528339v1 7
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 9
chrUn_NW_026528353v1 13
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528363v1 51
chrUn_NW_026528370v1 122
chrUn_NW_026528371v1 298
chrUn_NW_026528372v1 58
chrUn_NW_026528373v1 168
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 7
chrUn_NW_026528385v1 8
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528393v1 4
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528423v1 9
chrUn_NW_026528431v1 72
chrUn_NW_026528432v1 127
chrUn_NW_026528433v1 1568
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 70
chrUn_NW_026528558v1 259
chrUn_NW_026528559v1 14
chrUn_NW_026528561v1 92
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 462
chrUn_NW_026528596v1 412
chrUn_NW_026528609v1 7
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 39
chrUn_NW_026528631v1 111
chrUn_NW_026528634v1 4
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 9
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 2
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 66
chrUn_NW_026528737v1 8
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 21
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 6
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 14
chrUn_NW_026528795v1 14
chrUn_NW_026528796v1 34
chrUn_NW_026528797v1 774
chrUn_NW_026528798v1 497
chrUn_NW_026528799v1 132
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528887v1 13
chrUn_NW_026528888v1 3
chrUn_NW_026528891v1 6
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 2
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 23
chrUn_NW_026528902v1 29
chrUn_NW_026528903v1 215
chrUn_NW_026528917v1 57
chrUn_NW_026528926v1 7
chrUn_NW_026528928v1 124
chrUn_NW_026528937v1 12
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 4
chrUn_NW_026528957v1 144
chrUn_NW_026528960v1 199
chrUn_NW_026528975v1 28
chrUn_NW_026528984v1 7
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 23
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 14
chrUn_NW_026529007v1 178
chrUn_NW_026529008v1 1253
chrUn_NW_026529013v1 5
chrUn_NW_026529015v1 19
chrUn_NW_026529016v1 128
chrUn_NW_026529060v1 495
chrUn_NW_026529081v1 70
chrUn_NW_026529085v1 174
chrX 1034726
chrX_NW_026527892v1_random 62
chrX_NW_026527894v1_random 149
chrX_NW_026527897v1_random 30
chrY 21643
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 92
chrY_NW_026527913v1_random 86
chrY_NW_026527914v1_random 118
chrY_NW_026527915v1_random 4
chrY_NW_026527916v1_random 29
chrY_NW_026527918v1_random 25
chrY_NW_026527919v1_random 85
chrY_NW_026527927v1_random 14
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 24
chrY_NW_026527938v1_random 85
chrY_NW_026527939v1_random 9
chrY_NW_026527942v1_random 137
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 19
chrY_NW_026527949v1_random 304
chrY_NW_026527950v1_random 454
chrY_NW_026527951v1_random 93
chrY_NW_026527955v1_random 68
chrY_NW_026527956v1_random 1570
chrY_NW_026527958v1_random 1180
chrY_NW_026527960v1_random 18
chrY_NW_026527961v1_random 61
chrY_NW_026527966v1_random 5968
chrY_NW_026527967v1_random 20
chrY_NW_026527968v1_random 343
chrY_NW_026527969v1_random 48
chrY_NW_026527974v1_random 25
chrY_NW_026527980v1_random 8

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 54625817 1 5033 188.31 166
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0008_1.h5ad.gz 555.61 MB f61b1e3a1d814044972e1e8dc3ae69a1
P0008_1.h5ad.gz.tbi 630.43 KB 93608e83932f655a3b81f37676be7aaf
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB e9b731f86790f16cb9dcf2daa2f37f71
statistics/