Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0008_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0008_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0008_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0008_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGCGGTTTCAATCTCT-P0008_1, CTGCAATAGTTATGTG-P0008_1, CGGTTATAGCGGCTGT-P0008_1, ATGCTTAAGGCCTTAG-P0008_1, GCGAGTGAGGGTCTAT-P0008_1 (top 5 of 4000 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
55,221,793
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 55221793
chr1 4425330
chr2 3568159
chr3 2520445
chr4 2970482
chr5 4667520
chr6 2708621
chr7 3627868
chr8 2115707
chr9 2741383
chr10 3065258
chr11 3012079
chr12 2966175
chr13 2093901
chr14 2131515
chr15 2119913
chr16 1583894
chr17 1198552
chr18 1077149
chr19 1195109
chr20 1147025
chr21 759161
chr22 2433373
chrUn_NW_026528016v1 6
chrUn_NW_026528017v1 151
chrUn_NW_026528021v1 234
chrUn_NW_026528026v1 118
chrUn_NW_026528029v1 166
chrUn_NW_026528038v1 154
chrUn_NW_026528039v1 220
chrUn_NW_026528065v1 101
chrUn_NW_026528075v1 27
chrUn_NW_026528103v1 10
chrUn_NW_026528125v1 4
chrUn_NW_026528140v1 173
chrUn_NW_026528210v1 20
chrUn_NW_026528215v1 24
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 10
chrUn_NW_026528226v1 44
chrUn_NW_026528228v1 52
chrUn_NW_026528230v1 63
chrUn_NW_026528232v1 418
chrUn_NW_026528278v1 168
chrUn_NW_026528285v1 13
chrUn_NW_026528292v1 3
chrUn_NW_026528295v1 25
chrUn_NW_026528296v1 3775
chrUn_NW_026528310v1 21
chrUn_NW_026528320v1 7
chrUn_NW_026528327v1 2
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 3
chrUn_NW_026528339v1 7
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 9
chrUn_NW_026528353v1 14
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528363v1 51
chrUn_NW_026528370v1 122
chrUn_NW_026528371v1 301
chrUn_NW_026528372v1 59
chrUn_NW_026528373v1 169
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 7
chrUn_NW_026528385v1 8
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528393v1 4
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528423v1 10
chrUn_NW_026528431v1 73
chrUn_NW_026528432v1 130
chrUn_NW_026528433v1 1570
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 70
chrUn_NW_026528558v1 262
chrUn_NW_026528559v1 14
chrUn_NW_026528561v1 92
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 471
chrUn_NW_026528596v1 413
chrUn_NW_026528609v1 7
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 39
chrUn_NW_026528631v1 112
chrUn_NW_026528634v1 4
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 9
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 2
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 69
chrUn_NW_026528737v1 9
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 21
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 6
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 15
chrUn_NW_026528795v1 14
chrUn_NW_026528796v1 36
chrUn_NW_026528797v1 784
chrUn_NW_026528798v1 502
chrUn_NW_026528799v1 133
chrUn_NW_026528880v1 6
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528887v1 13
chrUn_NW_026528888v1 3
chrUn_NW_026528891v1 6
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 2
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 23
chrUn_NW_026528902v1 29
chrUn_NW_026528903v1 226
chrUn_NW_026528917v1 57
chrUn_NW_026528926v1 7
chrUn_NW_026528928v1 127
chrUn_NW_026528937v1 12
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 4
chrUn_NW_026528957v1 147
chrUn_NW_026528960v1 199
chrUn_NW_026528975v1 28
chrUn_NW_026528984v1 7
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 23
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528996v1 15
chrUn_NW_026529007v1 180
chrUn_NW_026529008v1 1277
chrUn_NW_026529013v1 6
chrUn_NW_026529015v1 19
chrUn_NW_026529016v1 130
chrUn_NW_026529060v1 498
chrUn_NW_026529081v1 70
chrUn_NW_026529085v1 176
chrX 1044932
chrX_NW_026527892v1_random 62
chrX_NW_026527894v1_random 149
chrX_NW_026527897v1_random 30
chrY 21876
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 23
chrY_NW_026527911v1_random 92
chrY_NW_026527913v1_random 86
chrY_NW_026527914v1_random 119
chrY_NW_026527915v1_random 4
chrY_NW_026527916v1_random 29
chrY_NW_026527918v1_random 25
chrY_NW_026527919v1_random 86
chrY_NW_026527927v1_random 14
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 25
chrY_NW_026527938v1_random 85
chrY_NW_026527939v1_random 9
chrY_NW_026527942v1_random 138
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 20
chrY_NW_026527949v1_random 306
chrY_NW_026527950v1_random 457
chrY_NW_026527951v1_random 94
chrY_NW_026527955v1_random 71
chrY_NW_026527956v1_random 1575
chrY_NW_026527958v1_random 1187
chrY_NW_026527960v1_random 19
chrY_NW_026527961v1_random 64
chrY_NW_026527966v1_random 6033
chrY_NW_026527967v1_random 20
chrY_NW_026527968v1_random 351
chrY_NW_026527969v1_random 50
chrY_NW_026527974v1_random 25
chrY_NW_026527980v1_random 8

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 55221793 1 5033 188.36 166
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0008_1.gz 561.65 MB af5b935c276a7e78866edb6b41d8f7d8
P0008_1.gz.tbi 631.57 KB 8982687e378e6db8242b74add0f2a76f
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 08a74e44f5ab3708cb0e6fb6633f72fe
statistics/