Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0008_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0008_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0008_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0008_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTAAACGTTGTTGGA-P0008_2, AGTGCGGAGCTATGAC-P0008_2, TGAGGTGCATCAATCG-P0008_2, AAAGCAAGTTAATGAC-P0008_2, TACCCGGCAATAGCCC-P0008_2 (top 5 of 4540 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
102,289,975
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 102289975
chr1 8193236
chr2 6596698
chr3 4600755
chr4 5470681
chr5 8755967
chr6 4978067
chr7 6755659
chr8 3893393
chr9 5005596
chr10 5653258
chr11 5648852
chr12 5566426
chr13 3803506
chr14 3917464
chr15 3982013
chr16 2865805
chr17 2224906
chr18 1991546
chr19 2237910
chr20 2122284
chr21 1395737
chr22 4640224
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 309
chrUn_NW_026528021v1 408
chrUn_NW_026528026v1 236
chrUn_NW_026528029v1 298
chrUn_NW_026528038v1 266
chrUn_NW_026528039v1 402
chrUn_NW_026528065v1 199
chrUn_NW_026528075v1 38
chrUn_NW_026528103v1 16
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 18
chrUn_NW_026528140v1 359
chrUn_NW_026528210v1 47
chrUn_NW_026528215v1 69
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528220v1 10
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 33
chrUn_NW_026528226v1 144
chrUn_NW_026528228v1 92
chrUn_NW_026528230v1 106
chrUn_NW_026528232v1 807
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 321
chrUn_NW_026528285v1 19
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 78
chrUn_NW_026528296v1 7085
chrUn_NW_026528310v1 35
chrUn_NW_026528320v1 21
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 20
chrUn_NW_026528338v1 6
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 25
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 102
chrUn_NW_026528370v1 217
chrUn_NW_026528371v1 552
chrUn_NW_026528372v1 124
chrUn_NW_026528373v1 316
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528384v1 11
chrUn_NW_026528385v1 10
chrUn_NW_026528390v1 13
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 27
chrUn_NW_026528431v1 119
chrUn_NW_026528432v1 264
chrUn_NW_026528433v1 3618
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 174
chrUn_NW_026528558v1 491
chrUn_NW_026528559v1 17
chrUn_NW_026528561v1 170
chrUn_NW_026528588v1 1
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 764
chrUn_NW_026528596v1 737
chrUn_NW_026528609v1 11
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 85
chrUn_NW_026528631v1 186
chrUn_NW_026528634v1 4
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 11
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 3
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 151
chrUn_NW_026528737v1 24
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 47
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 6
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 11
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 30
chrUn_NW_026528795v1 41
chrUn_NW_026528796v1 75
chrUn_NW_026528797v1 1537
chrUn_NW_026528798v1 894
chrUn_NW_026528799v1 219
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 20
chrUn_NW_026528888v1 4
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 22
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 2
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 48
chrUn_NW_026528902v1 66
chrUn_NW_026528903v1 453
chrUn_NW_026528917v1 101
chrUn_NW_026528926v1 21
chrUn_NW_026528928v1 200
chrUn_NW_026528937v1 27
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 309
chrUn_NW_026528960v1 325
chrUn_NW_026528975v1 43
chrUn_NW_026528984v1 10
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 7
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 45
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 12
chrUn_NW_026529007v1 344
chrUn_NW_026529008v1 2162
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 45
chrUn_NW_026529016v1 285
chrUn_NW_026529060v1 1004
chrUn_NW_026529081v1 149
chrUn_NW_026529085v1 346
chrX 1893694
chrX_NW_026527892v1_random 110
chrX_NW_026527894v1_random 202
chrX_NW_026527897v1_random 53
chrY 40200
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 26
chrY_NW_026527911v1_random 176
chrY_NW_026527913v1_random 130
chrY_NW_026527914v1_random 214
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 40
chrY_NW_026527918v1_random 38
chrY_NW_026527919v1_random 161
chrY_NW_026527927v1_random 22
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 62
chrY_NW_026527938v1_random 187
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 294
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 38
chrY_NW_026527949v1_random 576
chrY_NW_026527950v1_random 913
chrY_NW_026527951v1_random 217
chrY_NW_026527955v1_random 137
chrY_NW_026527956v1_random 4166
chrY_NW_026527958v1_random 3187
chrY_NW_026527960v1_random 55
chrY_NW_026527961v1_random 164
chrY_NW_026527966v1_random 15075
chrY_NW_026527967v1_random 58
chrY_NW_026527968v1_random 681
chrY_NW_026527969v1_random 82
chrY_NW_026527974v1_random 53
chrY_NW_026527980v1_random 19

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 102289975 1 5041 178.84 159
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0008_2.h5ad.gz 997.09 MB f6f643581cd7d22131aec1f8370376c0
P0008_2.h5ad.gz.tbi 758.16 KB 3ec3513a6ac4fb5deb0639af1544bd3a
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB b9156330aa3c2bc4bbe58eca7ea48f22
statistics/