Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0008_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0008_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0008_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0008_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GTTAAACGTTGTTGGA-P0008_2, AGTGCGGAGCTATGAC-P0008_2, TGAGGTGCATCAATCG-P0008_2, AAAGCAAGTTAATGAC-P0008_2, TACCCGGCAATAGCCC-P0008_2 (top 5 of 4563 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
103,141,356
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 103141356
chr1 8260610
chr2 6656413
chr3 4639671
chr4 5519257
chr5 8825494
chr6 5021318
chr7 6810398
chr8 3926557
chr9 5049274
chr10 5699136
chr11 5697342
chr12 5609025
chr13 3834343
chr14 3948318
chr15 4015472
chr16 2893846
chr17 2244948
chr18 2006865
chr19 2254407
chr20 2139392
chr21 1406834
chr22 4674955
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 315
chrUn_NW_026528021v1 412
chrUn_NW_026528026v1 239
chrUn_NW_026528029v1 298
chrUn_NW_026528038v1 268
chrUn_NW_026528039v1 409
chrUn_NW_026528065v1 200
chrUn_NW_026528075v1 38
chrUn_NW_026528103v1 16
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 18
chrUn_NW_026528140v1 362
chrUn_NW_026528210v1 47
chrUn_NW_026528215v1 70
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 2
chrUn_NW_026528220v1 10
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 33
chrUn_NW_026528226v1 145
chrUn_NW_026528228v1 93
chrUn_NW_026528230v1 107
chrUn_NW_026528232v1 808
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 321
chrUn_NW_026528285v1 19
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 78
chrUn_NW_026528296v1 7130
chrUn_NW_026528310v1 35
chrUn_NW_026528320v1 21
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 20
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 26
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 103
chrUn_NW_026528370v1 220
chrUn_NW_026528371v1 554
chrUn_NW_026528372v1 124
chrUn_NW_026528373v1 320
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528384v1 11
chrUn_NW_026528385v1 11
chrUn_NW_026528390v1 13
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 28
chrUn_NW_026528431v1 119
chrUn_NW_026528432v1 267
chrUn_NW_026528433v1 3645
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 180
chrUn_NW_026528558v1 496
chrUn_NW_026528559v1 18
chrUn_NW_026528561v1 173
chrUn_NW_026528588v1 1
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 771
chrUn_NW_026528596v1 748
chrUn_NW_026528609v1 13
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 87
chrUn_NW_026528631v1 186
chrUn_NW_026528634v1 4
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 5
chrUn_NW_026528650v1 11
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 3
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 151
chrUn_NW_026528737v1 24
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 47
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 7
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 11
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 31
chrUn_NW_026528795v1 42
chrUn_NW_026528796v1 75
chrUn_NW_026528797v1 1561
chrUn_NW_026528798v1 900
chrUn_NW_026528799v1 219
chrUn_NW_026528880v1 1
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 20
chrUn_NW_026528888v1 4
chrUn_NW_026528889v1 5
chrUn_NW_026528891v1 22
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 2
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 48
chrUn_NW_026528902v1 66
chrUn_NW_026528903v1 457
chrUn_NW_026528917v1 102
chrUn_NW_026528926v1 22
chrUn_NW_026528928v1 201
chrUn_NW_026528937v1 27
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 312
chrUn_NW_026528960v1 325
chrUn_NW_026528975v1 46
chrUn_NW_026528984v1 10
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 7
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 45
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 344
chrUn_NW_026529008v1 2182
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 45
chrUn_NW_026529016v1 288
chrUn_NW_026529060v1 1013
chrUn_NW_026529081v1 151
chrUn_NW_026529085v1 349
chrX 1910375
chrX_NW_026527892v1_random 113
chrX_NW_026527894v1_random 206
chrX_NW_026527897v1_random 53
chrY 40545
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 26
chrY_NW_026527911v1_random 176
chrY_NW_026527913v1_random 132
chrY_NW_026527914v1_random 218
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 40
chrY_NW_026527918v1_random 38
chrY_NW_026527919v1_random 161
chrY_NW_026527927v1_random 23
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 62
chrY_NW_026527938v1_random 187
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 296
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 38
chrY_NW_026527949v1_random 581
chrY_NW_026527950v1_random 931
chrY_NW_026527951v1_random 219
chrY_NW_026527955v1_random 137
chrY_NW_026527956v1_random 4191
chrY_NW_026527958v1_random 3202
chrY_NW_026527960v1_random 56
chrY_NW_026527961v1_random 165
chrY_NW_026527966v1_random 15191
chrY_NW_026527967v1_random 58
chrY_NW_026527968v1_random 696
chrY_NW_026527969v1_random 83
chrY_NW_026527974v1_random 53
chrY_NW_026527980v1_random 19

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 103141356 1 5041 178.81 159
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0008_2.gz 1005.17 MB 7b53d567ee91ff14a55560a8f32d207d
P0008_2.gz.tbi 761.67 KB e7b6651077577987f5ba017c0a2c6e7c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 8234c668c61497d77fbd03db6e468f33
statistics/