Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0009_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0009_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0009_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0009_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TATATCCTCGCCTGTT-P0009_1, TCGCATTGTGCGCAAT-P0009_1, CGTGAGGAGCGCCTTT-P0009_1, GACCGTTCACTTCACT-P0009_1, ATGTTGTCAAGGCCAA-P0009_1 (top 5 of 2210 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
57,382,634
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 57382634
chr1 4650116
chr2 3752619
chr3 2660009
chr4 3120043
chr5 4864860
chr6 2941417
chr7 3788384
chr8 2167876
chr9 2790640
chr10 3101310
chr11 3124976
chr12 3023626
chr13 2180227
chr14 2159243
chr15 2265277
chr16 1670597
chr17 1253970
chr18 1114091
chr19 1211903
chr20 1171138
chr21 808858
chr22 2379426
chrUn_NW_026528016v1 8
chrUn_NW_026528017v1 252
chrUn_NW_026528021v1 203
chrUn_NW_026528026v1 182
chrUn_NW_026528029v1 158
chrUn_NW_026528038v1 89
chrUn_NW_026528039v1 225
chrUn_NW_026528065v1 75
chrUn_NW_026528075v1 26
chrUn_NW_026528103v1 8
chrUn_NW_026528125v1 7
chrUn_NW_026528140v1 227
chrUn_NW_026528210v1 24
chrUn_NW_026528215v1 56
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 3
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 20
chrUn_NW_026528226v1 137
chrUn_NW_026528228v1 36
chrUn_NW_026528230v1 72
chrUn_NW_026528232v1 336
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 149
chrUn_NW_026528285v1 12
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 51
chrUn_NW_026528296v1 3716
chrUn_NW_026528310v1 26
chrUn_NW_026528320v1 8
chrUn_NW_026528327v1 3
chrUn_NW_026528332v1 4
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 4
chrUn_NW_026528339v1 7
chrUn_NW_026528345v1 4
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 9
chrUn_NW_026528353v1 15
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 99
chrUn_NW_026528370v1 93
chrUn_NW_026528371v1 223
chrUn_NW_026528372v1 68
chrUn_NW_026528373v1 285
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 10
chrUn_NW_026528385v1 10
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 22
chrUn_NW_026528431v1 109
chrUn_NW_026528432v1 213
chrUn_NW_026528433v1 1666
chrUn_NW_026528480v1 129
chrUn_NW_026528558v1 399
chrUn_NW_026528559v1 11
chrUn_NW_026528561v1 74
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 2
chrUn_NW_026528590v1 531
chrUn_NW_026528596v1 449
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 3
chrUn_NW_026528621v1 42
chrUn_NW_026528631v1 68
chrUn_NW_026528634v1 5
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528668v1 1
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 3
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 104
chrUn_NW_026528737v1 14
chrUn_NW_026528739v1 2
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 2
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 26
chrUn_NW_026528772v1 2
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 5
chrUn_NW_026528785v1 1
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 17
chrUn_NW_026528795v1 32
chrUn_NW_026528796v1 63
chrUn_NW_026528797v1 1125
chrUn_NW_026528798v1 428
chrUn_NW_026528799v1 65
chrUn_NW_026528880v1 4
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 20
chrUn_NW_026528888v1 4
chrUn_NW_026528889v1 2
chrUn_NW_026528891v1 19
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 4
chrUn_NW_026528899v1 3
chrUn_NW_026528900v1 26
chrUn_NW_026528902v1 38
chrUn_NW_026528903v1 321
chrUn_NW_026528917v1 99
chrUn_NW_026528926v1 10
chrUn_NW_026528928v1 187
chrUn_NW_026528937v1 32
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 242
chrUn_NW_026528960v1 48
chrUn_NW_026528975v1 37
chrUn_NW_026528984v1 4
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 23
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 11
chrUn_NW_026529007v1 147
chrUn_NW_026529008v1 1435
chrUn_NW_026529013v1 15
chrUn_NW_026529015v1 38
chrUn_NW_026529016v1 221
chrUn_NW_026529060v1 416
chrUn_NW_026529081v1 112
chrUn_NW_026529085v1 162
chrX 1124781
chrX_NW_026527892v1_random 57
chrX_NW_026527894v1_random 157
chrX_NW_026527897v1_random 41
chrY 23206
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 17
chrY_NW_026527911v1_random 74
chrY_NW_026527913v1_random 98
chrY_NW_026527914v1_random 131
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 31
chrY_NW_026527918v1_random 20
chrY_NW_026527919v1_random 72
chrY_NW_026527927v1_random 15
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 17
chrY_NW_026527938v1_random 142
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 149
chrY_NW_026527945v1_random 6
chrY_NW_026527948v1_random 18
chrY_NW_026527949v1_random 254
chrY_NW_026527950v1_random 729
chrY_NW_026527951v1_random 145
chrY_NW_026527955v1_random 108
chrY_NW_026527956v1_random 2904
chrY_NW_026527958v1_random 1883
chrY_NW_026527960v1_random 17
chrY_NW_026527961v1_random 113
chrY_NW_026527966v1_random 9809
chrY_NW_026527967v1_random 25
chrY_NW_026527968v1_random 501
chrY_NW_026527969v1_random 42
chrY_NW_026527974v1_random 18
chrY_NW_026527980v1_random 9

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 57382634 1 5038 188.34 165
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0009_1.h5ad.gz 558.55 MB 493fd21ee53146a93ca6ffebf886bbe3
P0009_1.h5ad.gz.tbi 625.78 KB bd7a616f98c9c665a000c6ca24b215a1
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 8f99119c405ffe5a7ef63365e2002d2b
statistics/