Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0009_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0009_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0009_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0009_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATGGTGCGTTGGCGTG-P0009_1, GGTAAGGGTTAATGCG-P0009_1, ACGAAGTCAGGAATCG-P0009_1, TCGCATTGTGTCCTGC-P0009_1, CTGGTTACAAACTAAG-P0009_1 (top 5 of 4785 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
184,293,539
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 184293539
chr1 14748780
chr2 12556984
chr3 9291498
chr4 10260692
chr5 14584764
chr6 9833155
chr7 12001588
chr8 7414808
chr9 9137495
chr10 9673959
chr11 9774655
chr12 9446616
chr13 7313193
chr14 7175685
chr15 7153614
chr16 5753483
chr17 4190383
chr18 3451302
chr19 3788481
chr20 3514158
chr21 2782912
chr22 6452131
chrUn_NW_026528016v1 24
chrUn_NW_026528017v1 726
chrUn_NW_026528021v1 603
chrUn_NW_026528026v1 651
chrUn_NW_026528029v1 474
chrUn_NW_026528038v1 442
chrUn_NW_026528039v1 798
chrUn_NW_026528065v1 220
chrUn_NW_026528075v1 102
chrUn_NW_026528103v1 38
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 32
chrUn_NW_026528140v1 702
chrUn_NW_026528210v1 84
chrUn_NW_026528215v1 153
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528220v1 12
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 77
chrUn_NW_026528226v1 291
chrUn_NW_026528228v1 170
chrUn_NW_026528230v1 304
chrUn_NW_026528232v1 1678
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 432
chrUn_NW_026528285v1 44
chrUn_NW_026528292v1 19
chrUn_NW_026528295v1 163
chrUn_NW_026528296v1 10695
chrUn_NW_026528310v1 86
chrUn_NW_026528320v1 35
chrUn_NW_026528327v1 18
chrUn_NW_026528332v1 29
chrUn_NW_026528335v1 72
chrUn_NW_026528338v1 18
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 17
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 30
chrUn_NW_026528353v1 60
chrUn_NW_026528356v1 21
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 287
chrUn_NW_026528370v1 205
chrUn_NW_026528371v1 679
chrUn_NW_026528372v1 416
chrUn_NW_026528373v1 900
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 10
chrUn_NW_026528381v1 4
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 36
chrUn_NW_026528385v1 35
chrUn_NW_026528390v1 14
chrUn_NW_026528393v1 36
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 8
chrUn_NW_026528402v1 6
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 22
chrUn_NW_026528413v1 11
chrUn_NW_026528416v1 7
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 105
chrUn_NW_026528431v1 421
chrUn_NW_026528432v1 678
chrUn_NW_026528433v1 3818
chrUn_NW_026528440v1 5
chrUn_NW_026528480v1 451
chrUn_NW_026528558v1 1367
chrUn_NW_026528559v1 52
chrUn_NW_026528561v1 328
chrUn_NW_026528588v1 13
chrUn_NW_026528589v1 21
chrUn_NW_026528590v1 2057
chrUn_NW_026528596v1 1979
chrUn_NW_026528609v1 35
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 14
chrUn_NW_026528621v1 136
chrUn_NW_026528631v1 249
chrUn_NW_026528634v1 9
chrUn_NW_026528635v1 10
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 37
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 12
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 14
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 380
chrUn_NW_026528737v1 62
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 14
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 18
chrUn_NW_026528755v1 97
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 27
chrUn_NW_026528777v1 7
chrUn_NW_026528784v1 17
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 30
chrUn_NW_026528788v1 12
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 74
chrUn_NW_026528795v1 86
chrUn_NW_026528796v1 175
chrUn_NW_026528797v1 3157
chrUn_NW_026528798v1 999
chrUn_NW_026528799v1 186
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528884v1 27
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 2
chrUn_NW_026528887v1 55
chrUn_NW_026528888v1 10
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 60
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 10
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 99
chrUn_NW_026528902v1 120
chrUn_NW_026528903v1 1539
chrUn_NW_026528917v1 324
chrUn_NW_026528926v1 45
chrUn_NW_026528928v1 716
chrUn_NW_026528937v1 98
chrUn_NW_026528938v1 21
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 855
chrUn_NW_026528960v1 186
chrUn_NW_026528975v1 131
chrUn_NW_026528984v1 18
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 16
chrUn_NW_026528987v1 24
chrUn_NW_026528988v1 72
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 11
chrUn_NW_026528995v1 4
chrUn_NW_026528996v1 38
chrUn_NW_026529007v1 455
chrUn_NW_026529008v1 4548
chrUn_NW_026529013v1 52
chrUn_NW_026529015v1 137
chrUn_NW_026529016v1 770
chrUn_NW_026529060v1 1455
chrUn_NW_026529081v1 399
chrUn_NW_026529085v1 746
chrX 3826531
chrX_NW_026527892v1_random 296
chrX_NW_026527894v1_random 617
chrX_NW_026527897v1_random 154
chrY 78767
chrY_NW_026527906v1_random 22
chrY_NW_026527909v1_random 77
chrY_NW_026527911v1_random 328
chrY_NW_026527913v1_random 357
chrY_NW_026527914v1_random 506
chrY_NW_026527915v1_random 25
chrY_NW_026527916v1_random 113
chrY_NW_026527918v1_random 72
chrY_NW_026527919v1_random 257
chrY_NW_026527927v1_random 47
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 97
chrY_NW_026527938v1_random 477
chrY_NW_026527939v1_random 27
chrY_NW_026527942v1_random 638
chrY_NW_026527945v1_random 26
chrY_NW_026527948v1_random 70
chrY_NW_026527949v1_random 946
chrY_NW_026527950v1_random 2046
chrY_NW_026527951v1_random 341
chrY_NW_026527955v1_random 376
chrY_NW_026527956v1_random 4013
chrY_NW_026527958v1_random 2663
chrY_NW_026527960v1_random 86
chrY_NW_026527961v1_random 462
chrY_NW_026527966v1_random 17650
chrY_NW_026527967v1_random 166
chrY_NW_026527968v1_random 2215
chrY_NW_026527969v1_random 112
chrY_NW_026527974v1_random 91
chrY_NW_026527980v1_random 42

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 184293539 1 5040 198.13 171
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0009_1.gz 1.76 GB 1435d7129d9cd71e39bf70d6f87b7a9c
P0009_1.gz.tbi 998.95 KB 6d3c82d6bad63b0416fd42d6aa2f1512
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB ffc429661d9afda277a34e1fd03cc0e0
statistics/