Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0009_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0009_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0009_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0009_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCAAACCCATTGCGGT-P0009_2, TGCTCCGTCGGCTATG-P0009_2, CTAGCTTGTCAACAAT-P0009_2, TCTATGTTCTCGACCT-P0009_2, ATCCGTGAGCATTTCT-P0009_2 (top 5 of 2363 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
81,802,918
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 81802918
chr1 6653823
chr2 5433977
chr3 3832590
chr4 4465857
chr5 6841963
chr6 4225961
chr7 5341488
chr8 3104239
chr9 3944072
chr10 4401226
chr11 4458333
chr12 4281390
chr13 3153877
chr14 3061357
chr15 3223757
chr16 2453387
chr17 1819824
chr18 1571836
chr19 1723121
chr20 1655492
chr21 1163236
chr22 3311196
chrUn_NW_026528016v1 21
chrUn_NW_026528017v1 282
chrUn_NW_026528021v1 287
chrUn_NW_026528026v1 257
chrUn_NW_026528029v1 207
chrUn_NW_026528038v1 170
chrUn_NW_026528039v1 307
chrUn_NW_026528065v1 106
chrUn_NW_026528075v1 53
chrUn_NW_026528103v1 17
chrUn_NW_026528125v1 19
chrUn_NW_026528140v1 308
chrUn_NW_026528210v1 26
chrUn_NW_026528215v1 58
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528220v1 12
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 39
chrUn_NW_026528226v1 141
chrUn_NW_026528228v1 81
chrUn_NW_026528230v1 109
chrUn_NW_026528232v1 432
chrUn_NW_026528278v1 259
chrUn_NW_026528285v1 11
chrUn_NW_026528292v1 5
chrUn_NW_026528295v1 77
chrUn_NW_026528296v1 5241
chrUn_NW_026528310v1 44
chrUn_NW_026528320v1 9
chrUn_NW_026528327v1 6
chrUn_NW_026528332v1 11
chrUn_NW_026528335v1 23
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 11
chrUn_NW_026528345v1 17
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 6
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528363v1 107
chrUn_NW_026528370v1 159
chrUn_NW_026528371v1 324
chrUn_NW_026528372v1 112
chrUn_NW_026528373v1 403
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528384v1 16
chrUn_NW_026528385v1 14
chrUn_NW_026528390v1 8
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 16
chrUn_NW_026528431v1 163
chrUn_NW_026528432v1 295
chrUn_NW_026528433v1 2678
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 200
chrUn_NW_026528558v1 633
chrUn_NW_026528559v1 27
chrUn_NW_026528561v1 104
chrUn_NW_026528588v1 2
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 898
chrUn_NW_026528596v1 760
chrUn_NW_026528609v1 7
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 2
chrUn_NW_026528621v1 56
chrUn_NW_026528631v1 98
chrUn_NW_026528634v1 6
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 21
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 2
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 168
chrUn_NW_026528737v1 25
chrUn_NW_026528739v1 2
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 47
chrUn_NW_026528772v1 4
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 13
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 36
chrUn_NW_026528795v1 48
chrUn_NW_026528796v1 99
chrUn_NW_026528797v1 1656
chrUn_NW_026528798v1 631
chrUn_NW_026528799v1 109
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 22
chrUn_NW_026528888v1 8
chrUn_NW_026528889v1 2
chrUn_NW_026528891v1 10
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 9
chrUn_NW_026528899v1 9
chrUn_NW_026528900v1 49
chrUn_NW_026528902v1 50
chrUn_NW_026528903v1 482
chrUn_NW_026528917v1 159
chrUn_NW_026528926v1 13
chrUn_NW_026528928v1 307
chrUn_NW_026528937v1 50
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 9
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 384
chrUn_NW_026528960v1 79
chrUn_NW_026528975v1 60
chrUn_NW_026528984v1 7
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 48
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528990v1 3
chrUn_NW_026528992v1 7
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 219
chrUn_NW_026529008v1 2107
chrUn_NW_026529013v1 17
chrUn_NW_026529015v1 56
chrUn_NW_026529016v1 350
chrUn_NW_026529060v1 523
chrUn_NW_026529081v1 114
chrUn_NW_026529085v1 273
chrX 1601622
chrX_NW_026527892v1_random 126
chrX_NW_026527894v1_random 217
chrX_NW_026527897v1_random 52
chrY 30923
chrY_NW_026527906v1_random 8
chrY_NW_026527909v1_random 29
chrY_NW_026527911v1_random 94
chrY_NW_026527913v1_random 147
chrY_NW_026527914v1_random 140
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 39
chrY_NW_026527918v1_random 24
chrY_NW_026527919v1_random 100
chrY_NW_026527927v1_random 15
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 34
chrY_NW_026527938v1_random 183
chrY_NW_026527939v1_random 7
chrY_NW_026527942v1_random 206
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 25
chrY_NW_026527949v1_random 342
chrY_NW_026527950v1_random 1038
chrY_NW_026527951v1_random 202
chrY_NW_026527955v1_random 121
chrY_NW_026527956v1_random 4271
chrY_NW_026527958v1_random 2631
chrY_NW_026527960v1_random 47
chrY_NW_026527961v1_random 181
chrY_NW_026527966v1_random 12926
chrY_NW_026527967v1_random 54
chrY_NW_026527968v1_random 735
chrY_NW_026527969v1_random 57
chrY_NW_026527974v1_random 23
chrY_NW_026527980v1_random 10

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 81802918 1 5052 170.78 152
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0009_2.h5ad.gz 781.99 MB 8ae673de194538e30571e28c6095fb1f
P0009_2.h5ad.gz.tbi 692.1 KB 8d4b85b59bbf626e936c36c08a25a5a7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB a939fff784ed5ca57690927993e05454
statistics/