Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0009_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0009_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0009_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0009_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCTCTGGCAAGGACCA-P0009_2, CCAAACCCATTGCGGT-P0009_2, TTAGGAACAGTAGCCT-P0009_2, CTTGTTCCAGCGCTTG-P0009_2, ATGTTGTCAAGGTGCA-P0009_2 (top 5 of 4441 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
235,468,365
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 235468365
chr1 18881814
chr2 16070145
chr3 11955786
chr4 13150524
chr5 18548953
chr6 12683504
chr7 15247883
chr8 9501360
chr9 11576231
chr10 12321002
chr11 12460666
chr12 12004361
chr13 9325839
chr14 9135171
chr15 9170476
chr16 7456068
chr17 5437613
chr18 4426371
chr19 4833467
chr20 4472017
chr21 3578726
chr22 8135433
chrUn_NW_026528016v1 48
chrUn_NW_026528017v1 904
chrUn_NW_026528021v1 706
chrUn_NW_026528026v1 811
chrUn_NW_026528029v1 560
chrUn_NW_026528038v1 559
chrUn_NW_026528039v1 1045
chrUn_NW_026528065v1 255
chrUn_NW_026528075v1 179
chrUn_NW_026528103v1 47
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 55
chrUn_NW_026528140v1 839
chrUn_NW_026528210v1 106
chrUn_NW_026528215v1 192
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 6
chrUn_NW_026528220v1 21
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 108
chrUn_NW_026528226v1 285
chrUn_NW_026528228v1 254
chrUn_NW_026528230v1 354
chrUn_NW_026528232v1 2093
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 607
chrUn_NW_026528285v1 45
chrUn_NW_026528292v1 20
chrUn_NW_026528295v1 257
chrUn_NW_026528296v1 13424
chrUn_NW_026528310v1 142
chrUn_NW_026528320v1 45
chrUn_NW_026528327v1 21
chrUn_NW_026528332v1 28
chrUn_NW_026528335v1 71
chrUn_NW_026528338v1 12
chrUn_NW_026528339v1 35
chrUn_NW_026528345v1 30
chrUn_NW_026528347v1 7
chrUn_NW_026528350v1 35
chrUn_NW_026528353v1 63
chrUn_NW_026528356v1 23
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528363v1 339
chrUn_NW_026528370v1 272
chrUn_NW_026528371v1 869
chrUn_NW_026528372v1 540
chrUn_NW_026528373v1 1056
chrUn_NW_026528378v1 13
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528381v1 4
chrUn_NW_026528382v1 11
chrUn_NW_026528384v1 39
chrUn_NW_026528385v1 47
chrUn_NW_026528390v1 33
chrUn_NW_026528393v1 42
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 14
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 6
chrUn_NW_026528404v1 3
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 26
chrUn_NW_026528413v1 12
chrUn_NW_026528416v1 11
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 110
chrUn_NW_026528431v1 501
chrUn_NW_026528432v1 845
chrUn_NW_026528433v1 5274
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 622
chrUn_NW_026528558v1 2210
chrUn_NW_026528559v1 77
chrUn_NW_026528561v1 448
chrUn_NW_026528588v1 10
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 2609
chrUn_NW_026528596v1 2329
chrUn_NW_026528609v1 46
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 27
chrUn_NW_026528621v1 158
chrUn_NW_026528631v1 339
chrUn_NW_026528634v1 20
chrUn_NW_026528635v1 10
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 52
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528660v1 6
chrUn_NW_026528661v1 8
chrUn_NW_026528668v1 12
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 24
chrUn_NW_026528708v1 10
chrUn_NW_026528719v1 603
chrUn_NW_026528737v1 67
chrUn_NW_026528739v1 7
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 3
chrUn_NW_026528748v1 10
chrUn_NW_026528750v1 20
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 25
chrUn_NW_026528755v1 139
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 36
chrUn_NW_026528777v1 7
chrUn_NW_026528784v1 19
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 33
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 104
chrUn_NW_026528795v1 109
chrUn_NW_026528796v1 265
chrUn_NW_026528797v1 4122
chrUn_NW_026528798v1 1183
chrUn_NW_026528799v1 261
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528884v1 23
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 61
chrUn_NW_026528888v1 14
chrUn_NW_026528889v1 10
chrUn_NW_026528891v1 50
chrUn_NW_026528893v1 12
chrUn_NW_026528894v1 12
chrUn_NW_026528899v1 16
chrUn_NW_026528900v1 119
chrUn_NW_026528902v1 152
chrUn_NW_026528903v1 1878
chrUn_NW_026528917v1 410
chrUn_NW_026528926v1 46
chrUn_NW_026528928v1 1040
chrUn_NW_026528937v1 130
chrUn_NW_026528938v1 28
chrUn_NW_026528950v1 21
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 1224
chrUn_NW_026528960v1 250
chrUn_NW_026528975v1 217
chrUn_NW_026528984v1 23
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 9
chrUn_NW_026528987v1 19
chrUn_NW_026528988v1 121
chrUn_NW_026528989v1 17
chrUn_NW_026528990v1 8
chrUn_NW_026528992v1 24
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 54
chrUn_NW_026529007v1 552
chrUn_NW_026529008v1 5788
chrUn_NW_026529013v1 69
chrUn_NW_026529015v1 167
chrUn_NW_026529016v1 1139
chrUn_NW_026529060v1 1687
chrUn_NW_026529081v1 460
chrUn_NW_026529085v1 924
chrX 4887371
chrX_NW_026527892v1_random 383
chrX_NW_026527894v1_random 843
chrX_NW_026527897v1_random 178
chrY 96311
chrY_NW_026527906v1_random 27
chrY_NW_026527909v1_random 108
chrY_NW_026527911v1_random 354
chrY_NW_026527913v1_random 493
chrY_NW_026527914v1_random 634
chrY_NW_026527915v1_random 23
chrY_NW_026527916v1_random 122
chrY_NW_026527918v1_random 83
chrY_NW_026527919v1_random 300
chrY_NW_026527927v1_random 57
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 139
chrY_NW_026527938v1_random 686
chrY_NW_026527939v1_random 47
chrY_NW_026527942v1_random 786
chrY_NW_026527945v1_random 32
chrY_NW_026527948v1_random 89
chrY_NW_026527949v1_random 1093
chrY_NW_026527950v1_random 2500
chrY_NW_026527951v1_random 440
chrY_NW_026527955v1_random 452
chrY_NW_026527956v1_random 5469
chrY_NW_026527958v1_random 3402
chrY_NW_026527960v1_random 130
chrY_NW_026527961v1_random 597
chrY_NW_026527966v1_random 20943
chrY_NW_026527967v1_random 234
chrY_NW_026527968v1_random 2935
chrY_NW_026527969v1_random 156
chrY_NW_026527974v1_random 94
chrY_NW_026527980v1_random 50

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 235468365 1 5052 179.9 160
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0009_2.gz 2.21 GB 0afcc1b10145845a3fc879be7cd3a31c
P0009_2.gz.tbi 1.08 MB dc17348926afb1e33a0f7f38815fcd31
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 7db2638fd7bf8331e481320dc13f442d
statistics/