Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0010_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0010_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0010_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0010_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATCCGTCAGGGAGGA-P0010_1, GTTCATTTCATTACGA-P0010_1, CAAGCTAGTTCAAGAT-P0010_1, TACAGCTAGTGAGCGG-P0010_1, AAGGCCCTCTTGCAGG-P0010_1 (top 5 of 3013 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
79,353,023
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 79353023
chr1 6366100
chr2 5156280
chr3 3638457
chr4 4284192
chr5 6794078
chr6 4012722
chr7 5204832
chr8 2995374
chr9 3840044
chr10 4340760
chr11 4307435
chr12 4244512
chr13 2958537
chr14 2981239
chr15 3099691
chr16 2308301
chr17 1710768
chr18 1552362
chr19 1697103
chr20 1609348
chr21 1149851
chr22 3460433
chrUn_NW_026528016v1 11
chrUn_NW_026528017v1 275
chrUn_NW_026528021v1 347
chrUn_NW_026528026v1 283
chrUn_NW_026528029v1 205
chrUn_NW_026528038v1 164
chrUn_NW_026528039v1 344
chrUn_NW_026528065v1 126
chrUn_NW_026528075v1 67
chrUn_NW_026528103v1 17
chrUn_NW_026528125v1 14
chrUn_NW_026528140v1 339
chrUn_NW_026528210v1 36
chrUn_NW_026528215v1 78
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 4
chrUn_NW_026528220v1 8
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 42
chrUn_NW_026528226v1 157
chrUn_NW_026528228v1 88
chrUn_NW_026528230v1 98
chrUn_NW_026528232v1 603
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 209
chrUn_NW_026528285v1 20
chrUn_NW_026528292v1 6
chrUn_NW_026528295v1 64
chrUn_NW_026528296v1 5719
chrUn_NW_026528310v1 51
chrUn_NW_026528320v1 7
chrUn_NW_026528327v1 12
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 23
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 13
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 26
chrUn_NW_026528356v1 5
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 123
chrUn_NW_026528370v1 172
chrUn_NW_026528371v1 353
chrUn_NW_026528372v1 147
chrUn_NW_026528373v1 299
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 18
chrUn_NW_026528385v1 16
chrUn_NW_026528390v1 10
chrUn_NW_026528393v1 18
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 24
chrUn_NW_026528431v1 119
chrUn_NW_026528432v1 360
chrUn_NW_026528433v1 3267
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 187
chrUn_NW_026528558v1 629
chrUn_NW_026528559v1 20
chrUn_NW_026528561v1 130
chrUn_NW_026528588v1 1
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 850
chrUn_NW_026528596v1 681
chrUn_NW_026528609v1 4
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 65
chrUn_NW_026528631v1 99
chrUn_NW_026528634v1 10
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 5
chrUn_NW_026528677v1 5
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 186
chrUn_NW_026528737v1 15
chrUn_NW_026528739v1 2
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 9
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 53
chrUn_NW_026528772v1 8
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528784v1 6
chrUn_NW_026528785v1 5
chrUn_NW_026528786v1 11
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528793v1 33
chrUn_NW_026528795v1 39
chrUn_NW_026528796v1 76
chrUn_NW_026528797v1 1350
chrUn_NW_026528798v1 522
chrUn_NW_026528799v1 137
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 26
chrUn_NW_026528888v1 4
chrUn_NW_026528889v1 3
chrUn_NW_026528891v1 22
chrUn_NW_026528893v1 2
chrUn_NW_026528894v1 3
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 38
chrUn_NW_026528902v1 39
chrUn_NW_026528903v1 423
chrUn_NW_026528917v1 135
chrUn_NW_026528926v1 18
chrUn_NW_026528928v1 354
chrUn_NW_026528937v1 54
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 9
chrUn_NW_026528957v1 414
chrUn_NW_026528960v1 151
chrUn_NW_026528975v1 71
chrUn_NW_026528984v1 3
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 7
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 42
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 11
chrUn_NW_026529007v1 199
chrUn_NW_026529008v1 1923
chrUn_NW_026529013v1 16
chrUn_NW_026529015v1 75
chrUn_NW_026529016v1 348
chrUn_NW_026529060v1 616
chrUn_NW_026529081v1 132
chrUn_NW_026529085v1 255
chrX 1551719
chrX_NW_026527892v1_random 93
chrX_NW_026527894v1_random 262
chrX_NW_026527897v1_random 50
chrY 32501
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 14
chrY_NW_026527911v1_random 98
chrY_NW_026527913v1_random 122
chrY_NW_026527914v1_random 153
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 43
chrY_NW_026527918v1_random 25
chrY_NW_026527919v1_random 71
chrY_NW_026527927v1_random 12
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527932v1_random 45
chrY_NW_026527938v1_random 216
chrY_NW_026527939v1_random 13
chrY_NW_026527942v1_random 224
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 34
chrY_NW_026527949v1_random 366
chrY_NW_026527950v1_random 856
chrY_NW_026527951v1_random 218
chrY_NW_026527955v1_random 146
chrY_NW_026527956v1_random 5950
chrY_NW_026527958v1_random 4113
chrY_NW_026527960v1_random 44
chrY_NW_026527961v1_random 186
chrY_NW_026527966v1_random 17061
chrY_NW_026527967v1_random 42
chrY_NW_026527968v1_random 650
chrY_NW_026527969v1_random 48
chrY_NW_026527974v1_random 26
chrY_NW_026527980v1_random 26

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 79353023 1 5044 180.23 156
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0010_1.h5ad.gz 762.19 MB d72a21b5ad980b7a4bba7bb7ec5127c7
P0010_1.h5ad.gz.tbi 686.0 KB fdc456eed8e92608545be1385de3a6d5
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 9d4e42198a51ba9a4a6d946c43e546e6
statistics/