Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0010_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0010_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0010_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0010_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATCCGTCAGGGAGGA-P0010_1, CAGGTGGAGGATAAAC-P0010_1, TCTTCAAGTTCGGTAA-P0010_1, GTTCATTTCATTACGA-P0010_1, GGACCGAAGCGCTCAA-P0010_1 (top 5 of 3839 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
131,567,950
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 131567950
chr1 10552447
chr2 8710984
chr3 6224383
chr4 7110347
chr5 10967037
chr6 6787056
chr7 8657134
chr8 5063104
chr9 6424200
chr10 7109754
chr11 7036497
chr12 6987058
chr13 5008113
chr14 5003895
chr15 5156440
chr16 3945906
chr17 2907092
chr18 2537472
chr19 2794312
chr20 2598314
chr21 1941955
chr22 5300311
chrUn_NW_026528016v1 20
chrUn_NW_026528017v1 503
chrUn_NW_026528021v1 567
chrUn_NW_026528026v1 530
chrUn_NW_026528029v1 337
chrUn_NW_026528038v1 325
chrUn_NW_026528039v1 667
chrUn_NW_026528065v1 187
chrUn_NW_026528075v1 134
chrUn_NW_026528103v1 40
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 30
chrUn_NW_026528140v1 541
chrUn_NW_026528210v1 68
chrUn_NW_026528215v1 119
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 7
chrUn_NW_026528220v1 13
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 68
chrUn_NW_026528226v1 209
chrUn_NW_026528228v1 184
chrUn_NW_026528230v1 213
chrUn_NW_026528232v1 1120
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 350
chrUn_NW_026528285v1 34
chrUn_NW_026528292v1 13
chrUn_NW_026528295v1 136
chrUn_NW_026528296v1 9032
chrUn_NW_026528310v1 81
chrUn_NW_026528320v1 19
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 18
chrUn_NW_026528335v1 43
chrUn_NW_026528338v1 16
chrUn_NW_026528339v1 23
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 30
chrUn_NW_026528353v1 43
chrUn_NW_026528356v1 9
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 231
chrUn_NW_026528370v1 215
chrUn_NW_026528371v1 584
chrUn_NW_026528372v1 279
chrUn_NW_026528373v1 545
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 29
chrUn_NW_026528390v1 16
chrUn_NW_026528393v1 30
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 9
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528412v1 11
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 45
chrUn_NW_026528431v1 209
chrUn_NW_026528432v1 598
chrUn_NW_026528433v1 4149
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 326
chrUn_NW_026528558v1 1215
chrUn_NW_026528559v1 43
chrUn_NW_026528561v1 313
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 10
chrUn_NW_026528590v1 1469
chrUn_NW_026528596v1 1245
chrUn_NW_026528609v1 15
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 96
chrUn_NW_026528631v1 180
chrUn_NW_026528634v1 12
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 25
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 7
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 16
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 383
chrUn_NW_026528737v1 38
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 12
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 84
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 16
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 12
chrUn_NW_026528786v1 21
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 69
chrUn_NW_026528795v1 59
chrUn_NW_026528796v1 124
chrUn_NW_026528797v1 2211
chrUn_NW_026528798v1 792
chrUn_NW_026528799v1 212
chrUn_NW_026528880v1 5
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528884v1 11
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 45
chrUn_NW_026528888v1 10
chrUn_NW_026528889v1 6
chrUn_NW_026528891v1 39
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 7
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 78
chrUn_NW_026528902v1 78
chrUn_NW_026528903v1 855
chrUn_NW_026528917v1 209
chrUn_NW_026528926v1 42
chrUn_NW_026528928v1 652
chrUn_NW_026528937v1 88
chrUn_NW_026528938v1 17
chrUn_NW_026528950v1 21
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 805
chrUn_NW_026528960v1 210
chrUn_NW_026528975v1 133
chrUn_NW_026528984v1 11
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 9
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 58
chrUn_NW_026528989v1 3
chrUn_NW_026528992v1 15
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 20
chrUn_NW_026529007v1 320
chrUn_NW_026529008v1 3046
chrUn_NW_026529013v1 39
chrUn_NW_026529015v1 131
chrUn_NW_026529016v1 651
chrUn_NW_026529060v1 1046
chrUn_NW_026529081v1 253
chrUn_NW_026529085v1 487
chrX 2607153
chrX_NW_026527892v1_random 209
chrX_NW_026527894v1_random 469
chrX_NW_026527897v1_random 116
chrY 56106
chrY_NW_026527906v1_random 11
chrY_NW_026527909v1_random 28
chrY_NW_026527911v1_random 179
chrY_NW_026527913v1_random 226
chrY_NW_026527914v1_random 265
chrY_NW_026527915v1_random 12
chrY_NW_026527916v1_random 81
chrY_NW_026527918v1_random 49
chrY_NW_026527919v1_random 137
chrY_NW_026527927v1_random 23
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 78
chrY_NW_026527938v1_random 432
chrY_NW_026527939v1_random 22
chrY_NW_026527942v1_random 397
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 52
chrY_NW_026527949v1_random 636
chrY_NW_026527950v1_random 1312
chrY_NW_026527951v1_random 314
chrY_NW_026527955v1_random 265
chrY_NW_026527956v1_random 6561
chrY_NW_026527958v1_random 4567
chrY_NW_026527960v1_random 75
chrY_NW_026527961v1_random 314
chrY_NW_026527966v1_random 21111
chrY_NW_026527967v1_random 70
chrY_NW_026527968v1_random 1254
chrY_NW_026527969v1_random 88
chrY_NW_026527974v1_random 58
chrY_NW_026527980v1_random 45

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 131567950 1 5044 184.18 159
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0010_1.gz 1.23 GB 8b2f4c8ba8af793553034db8c39c7cd3
P0010_1.gz.tbi 844.89 KB 6c73c9978995c8d571486a5c764b4ed4
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB fc7ea2cda41c6608c714c61f2413f9ad
statistics/