Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0010_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0010_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0010_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0010_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TTTCCGGGTTTCCTCC-P0010_2, CAGCTCAAGGCATGTT-P0010_2, GTTGGCCAGGACTTAC-P0010_2, CCTGTATGTTGTGACA-P0010_2, GCCTTAACATAGCGAG-P0010_2 (top 5 of 4559 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
140,239,285
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 140239285
chr1 11131358
chr2 9503289
chr3 7004576
chr4 7700879
chr5 11263860
chr6 7275350
chr7 9085986
chr8 5581134
chr9 7008254
chr10 7633846
chr11 7326201
chr12 7291516
chr13 5549166
chr14 5444498
chr15 5370651
chr16 4304206
chr17 3224446
chr18 2646055
chr19 2875604
chr20 2745738
chr21 2149845
chr22 5060437
chrUn_NW_026528016v1 52
chrUn_NW_026528017v1 994
chrUn_NW_026528021v1 548
chrUn_NW_026528026v1 677
chrUn_NW_026528029v1 376
chrUn_NW_026528038v1 322
chrUn_NW_026528039v1 761
chrUn_NW_026528065v1 189
chrUn_NW_026528075v1 148
chrUn_NW_026528103v1 49
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 62
chrUn_NW_026528140v1 420
chrUn_NW_026528210v1 89
chrUn_NW_026528215v1 150
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 4
chrUn_NW_026528220v1 11
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 105
chrUn_NW_026528226v1 93
chrUn_NW_026528228v1 198
chrUn_NW_026528230v1 270
chrUn_NW_026528232v1 1677
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 354
chrUn_NW_026528285v1 29
chrUn_NW_026528292v1 14
chrUn_NW_026528295v1 260
chrUn_NW_026528296v1 9006
chrUn_NW_026528310v1 122
chrUn_NW_026528320v1 46
chrUn_NW_026528327v1 17
chrUn_NW_026528332v1 34
chrUn_NW_026528335v1 64
chrUn_NW_026528338v1 28
chrUn_NW_026528339v1 37
chrUn_NW_026528345v1 33
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 38
chrUn_NW_026528353v1 66
chrUn_NW_026528356v1 30
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 354
chrUn_NW_026528370v1 136
chrUn_NW_026528371v1 696
chrUn_NW_026528372v1 331
chrUn_NW_026528373v1 749
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 3
chrUn_NW_026528382v1 7
chrUn_NW_026528384v1 42
chrUn_NW_026528385v1 48
chrUn_NW_026528390v1 28
chrUn_NW_026528393v1 38
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 13
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 12
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 10
chrUn_NW_026528420v1 6
chrUn_NW_026528423v1 74
chrUn_NW_026528431v1 254
chrUn_NW_026528432v1 856
chrUn_NW_026528433v1 3552
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 650
chrUn_NW_026528558v1 1905
chrUn_NW_026528559v1 56
chrUn_NW_026528561v1 260
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 15
chrUn_NW_026528590v1 2079
chrUn_NW_026528596v1 2146
chrUn_NW_026528609v1 22
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 25
chrUn_NW_026528621v1 118
chrUn_NW_026528631v1 233
chrUn_NW_026528634v1 9
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 13
chrUn_NW_026528650v1 45
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 7
chrUn_NW_026528661v1 11
chrUn_NW_026528668v1 18
chrUn_NW_026528670v1 8
chrUn_NW_026528677v1 18
chrUn_NW_026528708v1 14
chrUn_NW_026528719v1 450
chrUn_NW_026528737v1 42
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 5
chrUn_NW_026528750v1 19
chrUn_NW_026528751v1 5
chrUn_NW_026528752v1 17
chrUn_NW_026528754v1 20
chrUn_NW_026528755v1 122
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 26
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 26
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 26
chrUn_NW_026528788v1 14
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 79
chrUn_NW_026528795v1 53
chrUn_NW_026528796v1 122
chrUn_NW_026528797v1 2191
chrUn_NW_026528798v1 906
chrUn_NW_026528799v1 261
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528884v1 19
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 64
chrUn_NW_026528888v1 11
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 50
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 1
chrUn_NW_026528899v1 12
chrUn_NW_026528900v1 76
chrUn_NW_026528902v1 116
chrUn_NW_026528903v1 767
chrUn_NW_026528917v1 207
chrUn_NW_026528926v1 67
chrUn_NW_026528928v1 955
chrUn_NW_026528937v1 93
chrUn_NW_026528938v1 24
chrUn_NW_026528950v1 28
chrUn_NW_026528952v1 18
chrUn_NW_026528957v1 1165
chrUn_NW_026528960v1 330
chrUn_NW_026528975v1 205
chrUn_NW_026528984v1 22
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 17
chrUn_NW_026528987v1 19
chrUn_NW_026528988v1 111
chrUn_NW_026528989v1 12
chrUn_NW_026528990v1 4
chrUn_NW_026528992v1 23
chrUn_NW_026528994v1 10
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 39
chrUn_NW_026529007v1 362
chrUn_NW_026529008v1 3305
chrUn_NW_026529013v1 65
chrUn_NW_026529015v1 184
chrUn_NW_026529016v1 1093
chrUn_NW_026529060v1 1141
chrUn_NW_026529081v1 419
chrUn_NW_026529085v1 792
chrX 2920693
chrX_NW_026527892v1_random 214
chrX_NW_026527894v1_random 558
chrX_NW_026527897v1_random 112
chrY 64250
chrY_NW_026527906v1_random 22
chrY_NW_026527909v1_random 78
chrY_NW_026527911v1_random 221
chrY_NW_026527913v1_random 330
chrY_NW_026527914v1_random 269
chrY_NW_026527915v1_random 22
chrY_NW_026527916v1_random 140
chrY_NW_026527918v1_random 72
chrY_NW_026527919v1_random 179
chrY_NW_026527927v1_random 44
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 83
chrY_NW_026527938v1_random 606
chrY_NW_026527939v1_random 37
chrY_NW_026527942v1_random 806
chrY_NW_026527945v1_random 20
chrY_NW_026527948v1_random 67
chrY_NW_026527949v1_random 843
chrY_NW_026527950v1_random 1212
chrY_NW_026527951v1_random 453
chrY_NW_026527955v1_random 397
chrY_NW_026527956v1_random 2368
chrY_NW_026527958v1_random 1649
chrY_NW_026527960v1_random 127
chrY_NW_026527961v1_random 446
chrY_NW_026527966v1_random 15014
chrY_NW_026527967v1_random 141
chrY_NW_026527968v1_random 2039
chrY_NW_026527969v1_random 81
chrY_NW_026527974v1_random 104
chrY_NW_026527980v1_random 42

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 140239285 1 5039 161.7 126
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0010_2.h5ad.gz 1.35 GB b2b8b36582a8b1e87f48d23f201facc0
P0010_2.h5ad.gz.tbi 881.68 KB 1ac0e29014ed56f4b4ff34c3e493f318
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 0a23d5b9b5a2383b214ebc508042c2d0
statistics/