Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0010_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0010_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0010_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0010_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TTTCCGGGTTTCCTCC-P0010_2, CAGCTCAAGGCATGTT-P0010_2, TCGACAAGTGAAACAA-P0010_2, CTGTAACAGCACCACA-P0010_2, GTTGCGGGTGATTACG-P0010_2 (top 5 of 7690 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
260,165,966
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 260165966
chr1 20786269
chr2 17654411
chr3 12936547
chr4 14227417
chr5 20998896
chr6 13677336
chr7 16874642
chr8 10335644
chr9 13010629
chr10 13915794
chr11 13612307
chr12 13610155
chr13 10206263
chr14 10109205
chr15 10021440
chr16 8045076
chr17 5940881
chr18 4856247
chr19 5377150
chr20 5084000
chr21 3951173
chr22 9354534
chrUn_NW_026528016v1 83
chrUn_NW_026528017v1 1729
chrUn_NW_026528021v1 1025
chrUn_NW_026528026v1 1396
chrUn_NW_026528029v1 703
chrUn_NW_026528038v1 651
chrUn_NW_026528039v1 1388
chrUn_NW_026528065v1 341
chrUn_NW_026528075v1 253
chrUn_NW_026528103v1 95
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 101
chrUn_NW_026528140v1 832
chrUn_NW_026528210v1 165
chrUn_NW_026528215v1 258
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 13
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528220v1 25
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 18
chrUn_NW_026528225v1 166
chrUn_NW_026528226v1 199
chrUn_NW_026528228v1 407
chrUn_NW_026528230v1 505
chrUn_NW_026528232v1 2845
chrUn_NW_026528259v1 10
chrUn_NW_026528278v1 680
chrUn_NW_026528285v1 54
chrUn_NW_026528292v1 26
chrUn_NW_026528295v1 435
chrUn_NW_026528296v1 16634
chrUn_NW_026528310v1 218
chrUn_NW_026528320v1 80
chrUn_NW_026528327v1 39
chrUn_NW_026528332v1 49
chrUn_NW_026528335v1 119
chrUn_NW_026528338v1 37
chrUn_NW_026528339v1 56
chrUn_NW_026528345v1 57
chrUn_NW_026528347v1 23
chrUn_NW_026528350v1 63
chrUn_NW_026528353v1 113
chrUn_NW_026528356v1 52
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 623
chrUn_NW_026528370v1 261
chrUn_NW_026528371v1 1228
chrUn_NW_026528372v1 602
chrUn_NW_026528373v1 1392
chrUn_NW_026528378v1 15
chrUn_NW_026528380v1 15
chrUn_NW_026528381v1 7
chrUn_NW_026528382v1 10
chrUn_NW_026528384v1 83
chrUn_NW_026528385v1 74
chrUn_NW_026528390v1 43
chrUn_NW_026528393v1 69
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 23
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 9
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 20
chrUn_NW_026528409v1 5
chrUn_NW_026528412v1 31
chrUn_NW_026528413v1 17
chrUn_NW_026528416v1 16
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 9
chrUn_NW_026528423v1 145
chrUn_NW_026528431v1 495
chrUn_NW_026528432v1 1556
chrUn_NW_026528433v1 5661
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1141
chrUn_NW_026528558v1 3257
chrUn_NW_026528559v1 94
chrUn_NW_026528561v1 624
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 3688
chrUn_NW_026528596v1 3588
chrUn_NW_026528609v1 44
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 38
chrUn_NW_026528621v1 213
chrUn_NW_026528631v1 431
chrUn_NW_026528634v1 20
chrUn_NW_026528635v1 12
chrUn_NW_026528644v1 26
chrUn_NW_026528650v1 89
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 9
chrUn_NW_026528661v1 18
chrUn_NW_026528668v1 23
chrUn_NW_026528670v1 12
chrUn_NW_026528677v1 33
chrUn_NW_026528708v1 24
chrUn_NW_026528719v1 940
chrUn_NW_026528737v1 78
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528748v1 15
chrUn_NW_026528749v1 6
chrUn_NW_026528750v1 36
chrUn_NW_026528751v1 6
chrUn_NW_026528752v1 24
chrUn_NW_026528754v1 39
chrUn_NW_026528755v1 225
chrUn_NW_026528772v1 21
chrUn_NW_026528775v1 55
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 42
chrUn_NW_026528785v1 20
chrUn_NW_026528786v1 52
chrUn_NW_026528788v1 24
chrUn_NW_026528791v1 6
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 141
chrUn_NW_026528795v1 108
chrUn_NW_026528796v1 235
chrUn_NW_026528797v1 4301
chrUn_NW_026528798v1 1501
chrUn_NW_026528799v1 408
chrUn_NW_026528880v1 11
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528884v1 36
chrUn_NW_026528885v1 9
chrUn_NW_026528887v1 123
chrUn_NW_026528888v1 19
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 87
chrUn_NW_026528893v1 16
chrUn_NW_026528894v1 4
chrUn_NW_026528899v1 18
chrUn_NW_026528900v1 151
chrUn_NW_026528902v1 216
chrUn_NW_026528903v1 1839
chrUn_NW_026528917v1 373
chrUn_NW_026528926v1 112
chrUn_NW_026528928v1 1767
chrUn_NW_026528937v1 186
chrUn_NW_026528938v1 48
chrUn_NW_026528950v1 47
chrUn_NW_026528952v1 29
chrUn_NW_026528957v1 2028
chrUn_NW_026528960v1 487
chrUn_NW_026528975v1 409
chrUn_NW_026528984v1 38
chrUn_NW_026528985v1 10
chrUn_NW_026528986v1 31
chrUn_NW_026528987v1 40
chrUn_NW_026528988v1 179
chrUn_NW_026528989v1 21
chrUn_NW_026528990v1 10
chrUn_NW_026528992v1 45
chrUn_NW_026528994v1 16
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 74
chrUn_NW_026529007v1 636
chrUn_NW_026529008v1 6094
chrUn_NW_026529013v1 107
chrUn_NW_026529015v1 304
chrUn_NW_026529016v1 1884
chrUn_NW_026529060v1 2139
chrUn_NW_026529081v1 740
chrUn_NW_026529085v1 1405
chrX 5323683
chrX_NW_026527892v1_random 469
chrX_NW_026527894v1_random 1025
chrX_NW_026527897v1_random 211
chrY 118551
chrY_NW_026527906v1_random 38
chrY_NW_026527909v1_random 138
chrY_NW_026527911v1_random 415
chrY_NW_026527913v1_random 570
chrY_NW_026527914v1_random 571
chrY_NW_026527915v1_random 40
chrY_NW_026527916v1_random 261
chrY_NW_026527918v1_random 143
chrY_NW_026527919v1_random 328
chrY_NW_026527927v1_random 72
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 160
chrY_NW_026527938v1_random 1093
chrY_NW_026527939v1_random 63
chrY_NW_026527942v1_random 1410
chrY_NW_026527945v1_random 45
chrY_NW_026527948v1_random 124
chrY_NW_026527949v1_random 1497
chrY_NW_026527950v1_random 2330
chrY_NW_026527951v1_random 749
chrY_NW_026527955v1_random 731
chrY_NW_026527956v1_random 3820
chrY_NW_026527958v1_random 2683
chrY_NW_026527960v1_random 229
chrY_NW_026527961v1_random 849
chrY_NW_026527966v1_random 25051
chrY_NW_026527967v1_random 273
chrY_NW_026527968v1_random 3944
chrY_NW_026527969v1_random 159
chrY_NW_026527974v1_random 191
chrY_NW_026527980v1_random 69

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 260165966 1 5041 164.08 130
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0010_2.gz 2.48 GB f275e1a9cbc5e62ec47035b0e40ddcc9
P0010_2.gz.tbi 1.14 MB 3ffcd56d06bf4444a25c80694a56ea70
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 0e4d3b8034f31cb7675dba30e6b8c294
statistics/