Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0011_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0011_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0011_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0011_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATAATCGTATTACCC-P0011_1, AGTAACCTCGCTATAA-P0011_1, TATTGACCATGAATAG-P0011_1, TAGTGGCGTGGAAGGC-P0011_1, AGCGCTCAGGCTTAGT-P0011_1 (top 5 of 2452 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
94,210,790
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 94210790
chr1 7500672
chr2 6154403
chr3 4309433
chr4 5125765
chr5 8109925
chr6 4710120
chr7 6220321
chr8 3610219
chr9 4696590
chr10 5056543
chr11 5049775
chr12 5002995
chr13 3608963
chr14 3531950
chr15 3644269
chr16 2725698
chr17 1989629
chr18 1831280
chr19 1989889
chr20 1863359
chr21 1376457
chr22 4179577
chrUn_NW_026528016v1 17
chrUn_NW_026528017v1 347
chrUn_NW_026528021v1 341
chrUn_NW_026528026v1 348
chrUn_NW_026528029v1 246
chrUn_NW_026528038v1 258
chrUn_NW_026528039v1 427
chrUn_NW_026528065v1 105
chrUn_NW_026528075v1 171
chrUn_NW_026528103v1 39
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 48
chrUn_NW_026528140v1 289
chrUn_NW_026528210v1 48
chrUn_NW_026528215v1 173
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 38
chrUn_NW_026528226v1 108
chrUn_NW_026528228v1 104
chrUn_NW_026528230v1 137
chrUn_NW_026528232v1 954
chrUn_NW_026528278v1 293
chrUn_NW_026528285v1 21
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 169
chrUn_NW_026528296v1 6384
chrUn_NW_026528310v1 80
chrUn_NW_026528320v1 20
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 24
chrUn_NW_026528338v1 21
chrUn_NW_026528339v1 33
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 23
chrUn_NW_026528353v1 24
chrUn_NW_026528356v1 15
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 245
chrUn_NW_026528370v1 73
chrUn_NW_026528371v1 448
chrUn_NW_026528372v1 158
chrUn_NW_026528373v1 534
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 23
chrUn_NW_026528385v1 38
chrUn_NW_026528390v1 26
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 6
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 6
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 43
chrUn_NW_026528431v1 100
chrUn_NW_026528432v1 524
chrUn_NW_026528433v1 2647
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 334
chrUn_NW_026528558v1 1648
chrUn_NW_026528559v1 82
chrUn_NW_026528561v1 132
chrUn_NW_026528588v1 23
chrUn_NW_026528589v1 16
chrUn_NW_026528590v1 1184
chrUn_NW_026528596v1 1065
chrUn_NW_026528609v1 22
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 17
chrUn_NW_026528621v1 37
chrUn_NW_026528631v1 150
chrUn_NW_026528634v1 163
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 10
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 348
chrUn_NW_026528737v1 64
chrUn_NW_026528739v1 26
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 11
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 73
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 12
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 6
chrUn_NW_026528786v1 14
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 51
chrUn_NW_026528795v1 35
chrUn_NW_026528796v1 76
chrUn_NW_026528797v1 1295
chrUn_NW_026528798v1 695
chrUn_NW_026528799v1 147
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 2
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 53
chrUn_NW_026528888v1 20
chrUn_NW_026528889v1 6
chrUn_NW_026528891v1 24
chrUn_NW_026528893v1 10
chrUn_NW_026528894v1 409
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 96
chrUn_NW_026528902v1 116
chrUn_NW_026528903v1 558
chrUn_NW_026528917v1 169
chrUn_NW_026528926v1 71
chrUn_NW_026528928v1 543
chrUn_NW_026528937v1 86
chrUn_NW_026528938v1 14
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 917
chrUn_NW_026528960v1 237
chrUn_NW_026528975v1 132
chrUn_NW_026528984v1 39
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 6
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 75
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528996v1 25
chrUn_NW_026529007v1 241
chrUn_NW_026529008v1 2483
chrUn_NW_026529013v1 42
chrUn_NW_026529015v1 93
chrUn_NW_026529016v1 797
chrUn_NW_026529060v1 638
chrUn_NW_026529081v1 289
chrUn_NW_026529085v1 797
chrX 1823440
chrX_NW_026527892v1_random 97
chrX_NW_026527894v1_random 331
chrX_NW_026527897v1_random 86
chrY 39091
chrY_NW_026527906v1_random 10
chrY_NW_026527909v1_random 43
chrY_NW_026527911v1_random 107
chrY_NW_026527913v1_random 166
chrY_NW_026527914v1_random 197
chrY_NW_026527915v1_random 13
chrY_NW_026527916v1_random 67
chrY_NW_026527918v1_random 57
chrY_NW_026527919v1_random 131
chrY_NW_026527927v1_random 14
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 34
chrY_NW_026527938v1_random 311
chrY_NW_026527939v1_random 13
chrY_NW_026527942v1_random 395
chrY_NW_026527945v1_random 16
chrY_NW_026527948v1_random 34
chrY_NW_026527949v1_random 55
chrY_NW_026527950v1_random 904
chrY_NW_026527951v1_random 101
chrY_NW_026527955v1_random 152
chrY_NW_026527956v1_random 2749
chrY_NW_026527958v1_random 1231
chrY_NW_026527960v1_random 57
chrY_NW_026527961v1_random 214
chrY_NW_026527966v1_random 18194
chrY_NW_026527967v1_random 160
chrY_NW_026527968v1_random 1053
chrY_NW_026527969v1_random 58
chrY_NW_026527974v1_random 54
chrY_NW_026527980v1_random 55

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 94210790 1 5041 156.86 120
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0011_1.h5ad.gz 884.73 MB 4a556cbf979e8630e073d7d1bd6402d9
P0011_1.h5ad.gz.tbi 724.28 KB 32a8ade76333a7211598c58455311037
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB fd34aea6e7a966c15d4cc4db7c4317b8
statistics/