Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0011_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0011_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0011_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0011_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATAATCGTATTACCC-P0011_1, GCATGAAAGGGCCACT-P0011_1, CAAGTATGTAGCTGGT-P0011_1, AGTAACCTCGCTATAA-P0011_1, ACTATCCGTCATGCAA-P0011_1 (top 5 of 4437 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
196,887,713
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 196887713
chr1 15775566
chr2 13055932
chr3 9072638
chr4 10715577
chr5 16596849
chr6 10096052
chr7 13053629
chr8 7553310
chr9 9818913
chr10 10432236
chr11 10485376
chr12 10464097
chr13 7532763
chr14 7466687
chr15 7655547
chr16 5881889
chr17 4262398
chr18 3814142
chr19 4117437
chr20 3806814
chr21 2860042
chr22 8373548
chrUn_NW_026528016v1 31
chrUn_NW_026528017v1 577
chrUn_NW_026528021v1 714
chrUn_NW_026528026v1 644
chrUn_NW_026528029v1 513
chrUn_NW_026528038v1 697
chrUn_NW_026528039v1 997
chrUn_NW_026528065v1 234
chrUn_NW_026528075v1 320
chrUn_NW_026528103v1 73
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 114
chrUn_NW_026528140v1 629
chrUn_NW_026528210v1 96
chrUn_NW_026528215v1 322
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 34
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 14
chrUn_NW_026528225v1 72
chrUn_NW_026528226v1 184
chrUn_NW_026528228v1 223
chrUn_NW_026528230v1 294
chrUn_NW_026528232v1 1897
chrUn_NW_026528259v1 7
chrUn_NW_026528278v1 758
chrUn_NW_026528285v1 48
chrUn_NW_026528292v1 20
chrUn_NW_026528295v1 262
chrUn_NW_026528296v1 13402
chrUn_NW_026528310v1 148
chrUn_NW_026528320v1 40
chrUn_NW_026528327v1 25
chrUn_NW_026528332v1 17
chrUn_NW_026528335v1 33
chrUn_NW_026528338v1 32
chrUn_NW_026528339v1 46
chrUn_NW_026528345v1 14
chrUn_NW_026528347v1 19
chrUn_NW_026528350v1 30
chrUn_NW_026528353v1 41
chrUn_NW_026528356v1 26
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 376
chrUn_NW_026528370v1 154
chrUn_NW_026528371v1 909
chrUn_NW_026528372v1 350
chrUn_NW_026528373v1 1026
chrUn_NW_026528378v1 10
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 46
chrUn_NW_026528385v1 67
chrUn_NW_026528390v1 60
chrUn_NW_026528393v1 19
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 11
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 16
chrUn_NW_026528409v1 11
chrUn_NW_026528412v1 11
chrUn_NW_026528413v1 16
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 82
chrUn_NW_026528431v1 214
chrUn_NW_026528432v1 844
chrUn_NW_026528433v1 4539
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528480v1 607
chrUn_NW_026528558v1 2801
chrUn_NW_026528559v1 138
chrUn_NW_026528561v1 337
chrUn_NW_026528588v1 35
chrUn_NW_026528589v1 31
chrUn_NW_026528590v1 2158
chrUn_NW_026528596v1 2085
chrUn_NW_026528609v1 39
chrUn_NW_026528611v1 9
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 59
chrUn_NW_026528631v1 304
chrUn_NW_026528634v1 319
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 10
chrUn_NW_026528650v1 23
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 7
chrUn_NW_026528668v1 16
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 26
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 658
chrUn_NW_026528737v1 120
chrUn_NW_026528739v1 38
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 26
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528750v1 19
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 12
chrUn_NW_026528754v1 13
chrUn_NW_026528755v1 130
chrUn_NW_026528772v1 21
chrUn_NW_026528775v1 20
chrUn_NW_026528777v1 12
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 14
chrUn_NW_026528786v1 34
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528793v1 132
chrUn_NW_026528795v1 90
chrUn_NW_026528796v1 186
chrUn_NW_026528797v1 2839
chrUn_NW_026528798v1 1223
chrUn_NW_026528799v1 238
chrUn_NW_026528880v1 49
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 6
chrUn_NW_026528884v1 13
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 128
chrUn_NW_026528888v1 37
chrUn_NW_026528889v1 21
chrUn_NW_026528891v1 59
chrUn_NW_026528893v1 17
chrUn_NW_026528894v1 799
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 27
chrUn_NW_026528900v1 201
chrUn_NW_026528902v1 224
chrUn_NW_026528903v1 1279
chrUn_NW_026528917v1 323
chrUn_NW_026528926v1 128
chrUn_NW_026528928v1 1067
chrUn_NW_026528937v1 119
chrUn_NW_026528938v1 33
chrUn_NW_026528950v1 32
chrUn_NW_026528952v1 27
chrUn_NW_026528957v1 1577
chrUn_NW_026528960v1 374
chrUn_NW_026528975v1 221
chrUn_NW_026528984v1 78
chrUn_NW_026528985v1 10
chrUn_NW_026528986v1 7
chrUn_NW_026528987v1 15
chrUn_NW_026528988v1 160
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 22
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 48
chrUn_NW_026529007v1 430
chrUn_NW_026529008v1 4948
chrUn_NW_026529013v1 82
chrUn_NW_026529015v1 174
chrUn_NW_026529016v1 1422
chrUn_NW_026529060v1 1403
chrUn_NW_026529081v1 690
chrUn_NW_026529085v1 2102
chrX 3804369
chrX_NW_026527892v1_random 270
chrX_NW_026527894v1_random 787
chrX_NW_026527897v1_random 154
chrY 82442
chrY_NW_026527906v1_random 16
chrY_NW_026527909v1_random 65
chrY_NW_026527911v1_random 278
chrY_NW_026527913v1_random 415
chrY_NW_026527914v1_random 478
chrY_NW_026527915v1_random 20
chrY_NW_026527916v1_random 124
chrY_NW_026527918v1_random 107
chrY_NW_026527919v1_random 286
chrY_NW_026527927v1_random 30
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 88
chrY_NW_026527938v1_random 517
chrY_NW_026527939v1_random 20
chrY_NW_026527942v1_random 736
chrY_NW_026527945v1_random 34
chrY_NW_026527948v1_random 83
chrY_NW_026527949v1_random 119
chrY_NW_026527950v1_random 1710
chrY_NW_026527951v1_random 171
chrY_NW_026527955v1_random 292
chrY_NW_026527956v1_random 3741
chrY_NW_026527958v1_random 1726
chrY_NW_026527960v1_random 101
chrY_NW_026527961v1_random 411
chrY_NW_026527966v1_random 27905
chrY_NW_026527967v1_random 433
chrY_NW_026527968v1_random 2270
chrY_NW_026527969v1_random 99
chrY_NW_026527974v1_random 93
chrY_NW_026527980v1_random 88

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 196887713 1 5041 162.01 130
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0011_1.gz 1.81 GB 6249c5337232a57eab53f8b56cd9c7cf
P0011_1.gz.tbi 1000.66 KB eb923a5e1b69673f44066140e29949b4
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 61facee2c8ac406210ba45e48e72d730
statistics/