Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0011_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0011_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0011_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0011_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TCTAAGGGTGACATGC-P0011_2, ACGCTTGAGCTATATG-P0011_2, AGTGAGTCATTAAACC-P0011_2, CTTTAGTTCCCATAGG-P0011_2, TAGCTTAAGAAGCTAG-P0011_2 (top 5 of 4434 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
103,839,274
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 103839274
chr1 8212501
chr2 6649751
chr3 4601583
chr4 5619762
chr5 9014030
chr6 5120042
chr7 6900166
chr8 3965848
chr9 5112177
chr10 5700272
chr11 5644118
chr12 5591913
chr13 3875859
chr14 3900237
chr15 4041481
chr16 2906985
chr17 2208965
chr18 2042903
chr19 2180168
chr20 2076831
chr21 1485238
chr22 4884901
chrUn_NW_026528016v1 21
chrUn_NW_026528017v1 242
chrUn_NW_026528021v1 449
chrUn_NW_026528026v1 316
chrUn_NW_026528029v1 284
chrUn_NW_026528038v1 253
chrUn_NW_026528039v1 418
chrUn_NW_026528065v1 135
chrUn_NW_026528075v1 156
chrUn_NW_026528103v1 26
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 45
chrUn_NW_026528140v1 297
chrUn_NW_026528210v1 48
chrUn_NW_026528215v1 194
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 10
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 5
chrUn_NW_026528225v1 35
chrUn_NW_026528226v1 108
chrUn_NW_026528228v1 105
chrUn_NW_026528230v1 136
chrUn_NW_026528232v1 990
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 351
chrUn_NW_026528285v1 21
chrUn_NW_026528292v1 10
chrUn_NW_026528295v1 130
chrUn_NW_026528296v1 7645
chrUn_NW_026528310v1 86
chrUn_NW_026528320v1 22
chrUn_NW_026528327v1 12
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 26
chrUn_NW_026528339v1 28
chrUn_NW_026528345v1 13
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 20
chrUn_NW_026528353v1 24
chrUn_NW_026528356v1 20
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 186
chrUn_NW_026528370v1 81
chrUn_NW_026528371v1 516
chrUn_NW_026528372v1 165
chrUn_NW_026528373v1 440
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 17
chrUn_NW_026528385v1 33
chrUn_NW_026528390v1 20
chrUn_NW_026528393v1 12
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 11
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 32
chrUn_NW_026528431v1 128
chrUn_NW_026528432v1 524
chrUn_NW_026528433v1 3048
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 288
chrUn_NW_026528558v1 1456
chrUn_NW_026528559v1 57
chrUn_NW_026528561v1 110
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 14
chrUn_NW_026528590v1 939
chrUn_NW_026528596v1 1002
chrUn_NW_026528609v1 25
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 29
chrUn_NW_026528631v1 215
chrUn_NW_026528634v1 121
chrUn_NW_026528635v1 8
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 11
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 354
chrUn_NW_026528737v1 47
chrUn_NW_026528739v1 12
chrUn_NW_026528745v1 11
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 8
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 74
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 11
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 15
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 54
chrUn_NW_026528795v1 41
chrUn_NW_026528796v1 78
chrUn_NW_026528797v1 1175
chrUn_NW_026528798v1 772
chrUn_NW_026528799v1 204
chrUn_NW_026528880v1 19
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 66
chrUn_NW_026528888v1 19
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 33
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 342
chrUn_NW_026528899v1 9
chrUn_NW_026528900v1 120
chrUn_NW_026528902v1 97
chrUn_NW_026528903v1 495
chrUn_NW_026528917v1 145
chrUn_NW_026528926v1 68
chrUn_NW_026528928v1 615
chrUn_NW_026528937v1 66
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 18
chrUn_NW_026528952v1 11
chrUn_NW_026528957v1 819
chrUn_NW_026528960v1 288
chrUn_NW_026528975v1 118
chrUn_NW_026528984v1 51
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 86
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 5
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528996v1 9
chrUn_NW_026529007v1 287
chrUn_NW_026529008v1 2499
chrUn_NW_026529013v1 40
chrUn_NW_026529015v1 113
chrUn_NW_026529016v1 727
chrUn_NW_026529060v1 801
chrUn_NW_026529081v1 255
chrUn_NW_026529085v1 789
chrX 1994921
chrX_NW_026527892v1_random 122
chrX_NW_026527894v1_random 307
chrX_NW_026527897v1_random 71
chrY 43708
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 41
chrY_NW_026527911v1_random 122
chrY_NW_026527913v1_random 156
chrY_NW_026527914v1_random 170
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 74
chrY_NW_026527918v1_random 49
chrY_NW_026527919v1_random 174
chrY_NW_026527927v1_random 12
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 38
chrY_NW_026527938v1_random 360
chrY_NW_026527939v1_random 11
chrY_NW_026527942v1_random 322
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 53
chrY_NW_026527949v1_random 72
chrY_NW_026527950v1_random 854
chrY_NW_026527951v1_random 97
chrY_NW_026527955v1_random 133
chrY_NW_026527956v1_random 3658
chrY_NW_026527958v1_random 1367
chrY_NW_026527960v1_random 63
chrY_NW_026527961v1_random 201
chrY_NW_026527966v1_random 20830
chrY_NW_026527967v1_random 145
chrY_NW_026527968v1_random 909
chrY_NW_026527969v1_random 79
chrY_NW_026527974v1_random 42
chrY_NW_026527980v1_random 52

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 103839274 1 5040 144.78 104
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0011_2.h5ad.gz 989.98 MB 3f8837c73431ca1661f0a1370bbe726d
P0011_2.h5ad.gz.tbi 753.43 KB 336a0e3dcc55c42d99f3a5d377696ac8
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 6c64751772e5b5bc516e6d3d29268a65
statistics/