Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0011_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0011_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0011_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0011_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TCTAAGGGTGACATGC-P0011_2, GGATTATGTGCACGCA-P0011_2, GCTTAAATCACGTTAA-P0011_2, CCTGTATGTCGCAAAC-P0011_2, ACGCTTGAGCTATATG-P0011_2 (top 5 of 6914 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
198,681,814
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 198681814
chr1 15839434
chr2 13025216
chr3 9040029
chr4 10746150
chr5 16823363
chr6 10045692
chr7 13174507
chr8 7596675
chr9 9852647
chr10 10672660
chr11 10718458
chr12 10591823
chr13 7500307
chr14 7582359
chr15 7785957
chr16 5810655
chr17 4301681
chr18 3871356
chr19 4151063
chr20 3861305
chr21 2869661
chr22 8771381
chrUn_NW_026528016v1 37
chrUn_NW_026528017v1 491
chrUn_NW_026528021v1 784
chrUn_NW_026528026v1 615
chrUn_NW_026528029v1 562
chrUn_NW_026528038v1 622
chrUn_NW_026528039v1 905
chrUn_NW_026528065v1 275
chrUn_NW_026528075v1 275
chrUn_NW_026528103v1 52
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 99
chrUn_NW_026528140v1 607
chrUn_NW_026528210v1 91
chrUn_NW_026528215v1 320
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 27
chrUn_NW_026528221v1 8
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 62
chrUn_NW_026528226v1 179
chrUn_NW_026528228v1 244
chrUn_NW_026528230v1 279
chrUn_NW_026528232v1 1810
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 772
chrUn_NW_026528285v1 55
chrUn_NW_026528292v1 24
chrUn_NW_026528295v1 231
chrUn_NW_026528296v1 14355
chrUn_NW_026528310v1 146
chrUn_NW_026528320v1 47
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 14
chrUn_NW_026528335v1 17
chrUn_NW_026528338v1 56
chrUn_NW_026528339v1 47
chrUn_NW_026528345v1 28
chrUn_NW_026528347v1 21
chrUn_NW_026528350v1 42
chrUn_NW_026528353v1 46
chrUn_NW_026528356v1 31
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 309
chrUn_NW_026528370v1 155
chrUn_NW_026528371v1 902
chrUn_NW_026528372v1 356
chrUn_NW_026528373v1 876
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 32
chrUn_NW_026528385v1 70
chrUn_NW_026528390v1 48
chrUn_NW_026528393v1 25
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 13
chrUn_NW_026528412v1 13
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 8
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 63
chrUn_NW_026528431v1 236
chrUn_NW_026528432v1 926
chrUn_NW_026528433v1 4679
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 551
chrUn_NW_026528558v1 2656
chrUn_NW_026528559v1 118
chrUn_NW_026528561v1 288
chrUn_NW_026528588v1 28
chrUn_NW_026528589v1 33
chrUn_NW_026528590v1 1839
chrUn_NW_026528596v1 1971
chrUn_NW_026528609v1 51
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 60
chrUn_NW_026528631v1 370
chrUn_NW_026528634v1 270
chrUn_NW_026528635v1 11
chrUn_NW_026528644v1 10
chrUn_NW_026528650v1 26
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 3
chrUn_NW_026528661v1 11
chrUn_NW_026528668v1 13
chrUn_NW_026528670v1 8
chrUn_NW_026528677v1 16
chrUn_NW_026528708v1 12
chrUn_NW_026528719v1 677
chrUn_NW_026528737v1 103
chrUn_NW_026528739v1 36
chrUn_NW_026528745v1 23
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 12
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 13
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 142
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 15
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 17
chrUn_NW_026528785v1 20
chrUn_NW_026528786v1 25
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 107
chrUn_NW_026528795v1 91
chrUn_NW_026528796v1 181
chrUn_NW_026528797v1 2850
chrUn_NW_026528798v1 1278
chrUn_NW_026528799v1 300
chrUn_NW_026528880v1 39
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 9
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 135
chrUn_NW_026528888v1 33
chrUn_NW_026528889v1 30
chrUn_NW_026528891v1 66
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 719
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 228
chrUn_NW_026528902v1 208
chrUn_NW_026528903v1 1098
chrUn_NW_026528917v1 247
chrUn_NW_026528926v1 111
chrUn_NW_026528928v1 1147
chrUn_NW_026528937v1 121
chrUn_NW_026528938v1 21
chrUn_NW_026528950v1 29
chrUn_NW_026528952v1 19
chrUn_NW_026528957v1 1520
chrUn_NW_026528960v1 415
chrUn_NW_026528975v1 245
chrUn_NW_026528984v1 110
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 15
chrUn_NW_026528988v1 147
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528992v1 22
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 3
chrUn_NW_026528996v1 20
chrUn_NW_026529007v1 455
chrUn_NW_026529008v1 4726
chrUn_NW_026529013v1 89
chrUn_NW_026529015v1 205
chrUn_NW_026529016v1 1359
chrUn_NW_026529060v1 1521
chrUn_NW_026529081v1 630
chrUn_NW_026529085v1 1954
chrX 3852501
chrX_NW_026527892v1_random 263
chrX_NW_026527894v1_random 657
chrX_NW_026527897v1_random 128
chrY 84838
chrY_NW_026527906v1_random 25
chrY_NW_026527909v1_random 84
chrY_NW_026527911v1_random 259
chrY_NW_026527913v1_random 357
chrY_NW_026527914v1_random 441
chrY_NW_026527915v1_random 23
chrY_NW_026527916v1_random 139
chrY_NW_026527918v1_random 89
chrY_NW_026527919v1_random 338
chrY_NW_026527927v1_random 37
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 97
chrY_NW_026527938v1_random 664
chrY_NW_026527939v1_random 20
chrY_NW_026527942v1_random 636
chrY_NW_026527945v1_random 21
chrY_NW_026527948v1_random 90
chrY_NW_026527949v1_random 145
chrY_NW_026527950v1_random 1513
chrY_NW_026527951v1_random 174
chrY_NW_026527955v1_random 282
chrY_NW_026527956v1_random 4655
chrY_NW_026527958v1_random 1837
chrY_NW_026527960v1_random 112
chrY_NW_026527961v1_random 376
chrY_NW_026527966v1_random 30547
chrY_NW_026527967v1_random 410
chrY_NW_026527968v1_random 2178
chrY_NW_026527969v1_random 132
chrY_NW_026527974v1_random 84
chrY_NW_026527980v1_random 89

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 198681814 1 5040 148.49 109
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0011_2.gz 1.84 GB e89437b0576a1c202669ac8799e4a3c6
P0011_2.gz.tbi 1007.16 KB 24501824f5a86908cdbed6e27c1e4601
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 6b404b60094dc33ca670dbb9c35154ca
statistics/