Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0014_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0014_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0014_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0014_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AACAGGATCCTAATTC-P0014_1, ATGTGAGAGAAGCTAG-P0014_1, ACGAAGTCAGCAGGTA-P0014_1, GTCGGTTCAGCAACCT-P0014_1, CGCACACAGCACAGGG-P0014_1 (top 5 of 2154 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
94,934,237
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 94934237
chr1 7631495
chr2 6365866
chr3 4610775
chr4 5155713
chr5 7730420
chr6 4997687
chr7 6191961
chr8 3847764
chr9 4648213
chr10 5015713
chr11 5015315
chr12 5028927
chr13 3693962
chr14 3645322
chr15 3655671
chr16 2889217
chr17 2210578
chr18 1812803
chr19 1930470
chr20 1922603
chr21 1415326
chr22 3477218
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 177
chrUn_NW_026528021v1 385
chrUn_NW_026528026v1 198
chrUn_NW_026528029v1 270
chrUn_NW_026528038v1 247
chrUn_NW_026528039v1 494
chrUn_NW_026528065v1 147
chrUn_NW_026528075v1 62
chrUn_NW_026528103v1 18
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 31
chrUn_NW_026528140v1 377
chrUn_NW_026528210v1 47
chrUn_NW_026528215v1 140
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 6
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 50
chrUn_NW_026528226v1 115
chrUn_NW_026528228v1 76
chrUn_NW_026528230v1 140
chrUn_NW_026528232v1 496
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 285
chrUn_NW_026528285v1 20
chrUn_NW_026528292v1 10
chrUn_NW_026528295v1 81
chrUn_NW_026528296v1 7797
chrUn_NW_026528310v1 38
chrUn_NW_026528320v1 13
chrUn_NW_026528327v1 9
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 8
chrUn_NW_026528338v1 23
chrUn_NW_026528339v1 14
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 6
chrUn_NW_026528350v1 14
chrUn_NW_026528353v1 16
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 100
chrUn_NW_026528370v1 112
chrUn_NW_026528371v1 474
chrUn_NW_026528372v1 151
chrUn_NW_026528373v1 535
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 17
chrUn_NW_026528385v1 30
chrUn_NW_026528390v1 38
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 5
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 21
chrUn_NW_026528431v1 149
chrUn_NW_026528432v1 379
chrUn_NW_026528433v1 2088
chrUn_NW_026528480v1 167
chrUn_NW_026528558v1 627
chrUn_NW_026528559v1 40
chrUn_NW_026528561v1 239
chrUn_NW_026528588v1 7
chrUn_NW_026528589v1 10
chrUn_NW_026528590v1 750
chrUn_NW_026528596v1 914
chrUn_NW_026528609v1 10
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 7
chrUn_NW_026528621v1 10
chrUn_NW_026528631v1 136
chrUn_NW_026528634v1 80
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 12
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 260
chrUn_NW_026528737v1 63
chrUn_NW_026528739v1 16
chrUn_NW_026528745v1 4
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 43
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 19
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 10
chrUn_NW_026528785v1 1
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 46
chrUn_NW_026528795v1 55
chrUn_NW_026528796v1 123
chrUn_NW_026528797v1 1572
chrUn_NW_026528798v1 528
chrUn_NW_026528799v1 81
chrUn_NW_026528880v1 19
chrUn_NW_026528882v1 4
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 64
chrUn_NW_026528888v1 10
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 28
chrUn_NW_026528893v1 9
chrUn_NW_026528894v1 241
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 152
chrUn_NW_026528902v1 93
chrUn_NW_026528903v1 563
chrUn_NW_026528917v1 135
chrUn_NW_026528926v1 41
chrUn_NW_026528928v1 329
chrUn_NW_026528937v1 36
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 7
chrUn_NW_026528952v1 11
chrUn_NW_026528957v1 374
chrUn_NW_026528960v1 123
chrUn_NW_026528975v1 75
chrUn_NW_026528984v1 36
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 4
chrUn_NW_026528988v1 32
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 8
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 20
chrUn_NW_026529007v1 283
chrUn_NW_026529008v1 3133
chrUn_NW_026529013v1 21
chrUn_NW_026529015v1 44
chrUn_NW_026529016v1 377
chrUn_NW_026529060v1 785
chrUn_NW_026529081v1 293
chrUn_NW_026529085v1 819
chrX 1955673
chrX_NW_026527892v1_random 192
chrX_NW_026527894v1_random 491
chrX_NW_026527897v1_random 34
chrY 42391
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 25
chrY_NW_026527911v1_random 130
chrY_NW_026527913v1_random 219
chrY_NW_026527914v1_random 187
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 43
chrY_NW_026527918v1_random 30
chrY_NW_026527919v1_random 115
chrY_NW_026527927v1_random 41
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 73
chrY_NW_026527938v1_random 177
chrY_NW_026527939v1_random 3
chrY_NW_026527942v1_random 252
chrY_NW_026527945v1_random 5
chrY_NW_026527948v1_random 24
chrY_NW_026527949v1_random 48
chrY_NW_026527950v1_random 967
chrY_NW_026527951v1_random 118
chrY_NW_026527955v1_random 198
chrY_NW_026527956v1_random 720
chrY_NW_026527958v1_random 405
chrY_NW_026527960v1_random 102
chrY_NW_026527961v1_random 318
chrY_NW_026527966v1_random 7082
chrY_NW_026527967v1_random 126
chrY_NW_026527968v1_random 736
chrY_NW_026527969v1_random 83
chrY_NW_026527974v1_random 43
chrY_NW_026527980v1_random 21

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 94934237 1 5035 186.33 168
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0014_1.h5ad.gz 904.02 MB ea11a97816411b74eb23a42a249a6f04
P0014_1.h5ad.gz.tbi 733.63 KB 34910b02747fdcdce7c7edfd7503c60b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB e064c82919ff4571744c87407b1a56dd
statistics/