Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0014_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0014_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0014_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0014_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CGCTAACCAGGTTATT-P0014_1, AACAGGATCCTAATTC-P0014_1, TGTTGCACATTATGCG-P0014_1, TAGCGGCTCCACCTTA-P0014_1, ATGTGAGAGAAGCTAG-P0014_1 (top 5 of 2924 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
135,327,199
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 135327199
chr1 10836181
chr2 9092383
chr3 6660134
chr4 7380323
chr5 10919138
chr6 7169250
chr7 8806191
chr8 5516746
chr9 6672993
chr10 7155733
chr11 7129856
chr12 7127954
chr13 5295896
chr14 5196985
chr15 5185400
chr16 4161930
chr17 3161368
chr18 2583720
chr19 2752536
chr20 2725378
chr21 2034116
chr22 4851426
chrUn_NW_026528016v1 17
chrUn_NW_026528017v1 255
chrUn_NW_026528021v1 580
chrUn_NW_026528026v1 301
chrUn_NW_026528029v1 360
chrUn_NW_026528038v1 367
chrUn_NW_026528039v1 679
chrUn_NW_026528065v1 204
chrUn_NW_026528075v1 121
chrUn_NW_026528103v1 34
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 46
chrUn_NW_026528140v1 501
chrUn_NW_026528210v1 67
chrUn_NW_026528215v1 190
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 19
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 69
chrUn_NW_026528226v1 165
chrUn_NW_026528228v1 120
chrUn_NW_026528230v1 227
chrUn_NW_026528232v1 685
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 399
chrUn_NW_026528285v1 33
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 140
chrUn_NW_026528296v1 11072
chrUn_NW_026528310v1 62
chrUn_NW_026528320v1 20
chrUn_NW_026528327v1 23
chrUn_NW_026528332v1 15
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 32
chrUn_NW_026528339v1 18
chrUn_NW_026528345v1 9
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 23
chrUn_NW_026528353v1 23
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 170
chrUn_NW_026528370v1 144
chrUn_NW_026528371v1 669
chrUn_NW_026528372v1 232
chrUn_NW_026528373v1 747
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 22
chrUn_NW_026528385v1 37
chrUn_NW_026528390v1 50
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528402v1 5
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 39
chrUn_NW_026528431v1 207
chrUn_NW_026528432v1 503
chrUn_NW_026528433v1 2591
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 258
chrUn_NW_026528558v1 1110
chrUn_NW_026528559v1 61
chrUn_NW_026528561v1 362
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 15
chrUn_NW_026528590v1 1173
chrUn_NW_026528596v1 1375
chrUn_NW_026528609v1 14
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 20
chrUn_NW_026528631v1 189
chrUn_NW_026528634v1 123
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 20
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 10
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 409
chrUn_NW_026528737v1 91
chrUn_NW_026528739v1 20
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 75
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 27
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 20
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 17
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 69
chrUn_NW_026528795v1 82
chrUn_NW_026528796v1 200
chrUn_NW_026528797v1 2397
chrUn_NW_026528798v1 755
chrUn_NW_026528799v1 134
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 96
chrUn_NW_026528888v1 14
chrUn_NW_026528889v1 16
chrUn_NW_026528891v1 38
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 341
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 218
chrUn_NW_026528902v1 130
chrUn_NW_026528903v1 784
chrUn_NW_026528917v1 201
chrUn_NW_026528926v1 69
chrUn_NW_026528928v1 534
chrUn_NW_026528937v1 54
chrUn_NW_026528938v1 15
chrUn_NW_026528950v1 11
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 610
chrUn_NW_026528960v1 171
chrUn_NW_026528975v1 142
chrUn_NW_026528984v1 59
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 65
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528992v1 15
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 24
chrUn_NW_026529007v1 401
chrUn_NW_026529008v1 4353
chrUn_NW_026529013v1 37
chrUn_NW_026529015v1 71
chrUn_NW_026529016v1 656
chrUn_NW_026529060v1 1157
chrUn_NW_026529081v1 392
chrUn_NW_026529085v1 1121
chrX 2789715
chrX_NW_026527892v1_random 290
chrX_NW_026527894v1_random 704
chrX_NW_026527897v1_random 56
chrY 59784
chrY_NW_026527906v1_random 14
chrY_NW_026527909v1_random 39
chrY_NW_026527911v1_random 184
chrY_NW_026527913v1_random 317
chrY_NW_026527914v1_random 262
chrY_NW_026527915v1_random 10
chrY_NW_026527916v1_random 79
chrY_NW_026527918v1_random 57
chrY_NW_026527919v1_random 166
chrY_NW_026527927v1_random 57
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 98
chrY_NW_026527938v1_random 288
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 413
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 35
chrY_NW_026527949v1_random 67
chrY_NW_026527950v1_random 1353
chrY_NW_026527951v1_random 180
chrY_NW_026527955v1_random 265
chrY_NW_026527956v1_random 917
chrY_NW_026527958v1_random 519
chrY_NW_026527960v1_random 153
chrY_NW_026527961v1_random 458
chrY_NW_026527966v1_random 10063
chrY_NW_026527967v1_random 190
chrY_NW_026527968v1_random 1139
chrY_NW_026527969v1_random 105
chrY_NW_026527974v1_random 67
chrY_NW_026527980v1_random 37

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 135327199 1 5038 185.61 167
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0014_1.gz 1.27 GB 894777d1cb18d2edeeb3a8c716d4abf8
P0014_1.gz.tbi 865.32 KB 30948aae1e9d9a8cf4c8776f0a33ee32
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 4cccbc8f35fc57a39a8776ed59ca02f1
statistics/