Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0014_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0014_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0014_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0014_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACCTGGTCATTAGGCC-P0014_2, ATTGGTTCAGGATGGC-P0014_2, CTAAATGTCTAAGTCA-P0014_2, TATCGAGGTAGGTTAT-P0014_2, GGAACCTGTAGTTAAC-P0014_2 (top 5 of 1783 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
90,726,933
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 90726933
chr1 7201598
chr2 6083045
chr3 4508408
chr4 5044597
chr5 7254460
chr6 4848986
chr7 5877687
chr8 3681183
chr9 4421053
chr10 4804347
chr11 4763672
chr12 4768563
chr13 3597569
chr14 3508518
chr15 3450593
chr16 2816886
chr17 2148022
chr18 1725237
chr19 1838952
chr20 1820499
chr21 1357676
chr22 3229723
chrUn_NW_026528016v1 8
chrUn_NW_026528017v1 187
chrUn_NW_026528021v1 375
chrUn_NW_026528026v1 218
chrUn_NW_026528029v1 276
chrUn_NW_026528038v1 242
chrUn_NW_026528039v1 482
chrUn_NW_026528065v1 115
chrUn_NW_026528075v1 105
chrUn_NW_026528103v1 20
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 50
chrUn_NW_026528140v1 393
chrUn_NW_026528210v1 39
chrUn_NW_026528215v1 144
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 17
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 42
chrUn_NW_026528226v1 133
chrUn_NW_026528228v1 72
chrUn_NW_026528230v1 185
chrUn_NW_026528232v1 469
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 258
chrUn_NW_026528285v1 30
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 91
chrUn_NW_026528296v1 6684
chrUn_NW_026528310v1 60
chrUn_NW_026528320v1 17
chrUn_NW_026528327v1 14
chrUn_NW_026528332v1 8
chrUn_NW_026528335v1 17
chrUn_NW_026528338v1 20
chrUn_NW_026528339v1 10
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 17
chrUn_NW_026528353v1 16
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528363v1 125
chrUn_NW_026528370v1 115
chrUn_NW_026528371v1 395
chrUn_NW_026528372v1 210
chrUn_NW_026528373v1 386
chrUn_NW_026528378v1 1
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 15
chrUn_NW_026528385v1 22
chrUn_NW_026528390v1 28
chrUn_NW_026528393v1 5
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 30
chrUn_NW_026528431v1 131
chrUn_NW_026528432v1 408
chrUn_NW_026528433v1 2120
chrUn_NW_026528480v1 237
chrUn_NW_026528558v1 1086
chrUn_NW_026528559v1 48
chrUn_NW_026528561v1 224
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 15
chrUn_NW_026528590v1 873
chrUn_NW_026528596v1 994
chrUn_NW_026528609v1 8
chrUn_NW_026528615v1 9
chrUn_NW_026528621v1 23
chrUn_NW_026528631v1 124
chrUn_NW_026528634v1 110
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 12
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 263
chrUn_NW_026528737v1 72
chrUn_NW_026528739v1 15
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 9
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 59
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 30
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 12
chrUn_NW_026528785v1 2
chrUn_NW_026528786v1 19
chrUn_NW_026528788v1 15
chrUn_NW_026528792v1 6
chrUn_NW_026528793v1 65
chrUn_NW_026528795v1 61
chrUn_NW_026528796v1 104
chrUn_NW_026528797v1 1765
chrUn_NW_026528798v1 598
chrUn_NW_026528799v1 103
chrUn_NW_026528880v1 17
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 75
chrUn_NW_026528888v1 12
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 33
chrUn_NW_026528893v1 7
chrUn_NW_026528894v1 301
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 123
chrUn_NW_026528902v1 113
chrUn_NW_026528903v1 551
chrUn_NW_026528917v1 110
chrUn_NW_026528926v1 43
chrUn_NW_026528928v1 464
chrUn_NW_026528937v1 43
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 19
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 601
chrUn_NW_026528960v1 104
chrUn_NW_026528975v1 66
chrUn_NW_026528984v1 45
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 56
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 14
chrUn_NW_026529007v1 241
chrUn_NW_026529008v1 3019
chrUn_NW_026529013v1 40
chrUn_NW_026529015v1 80
chrUn_NW_026529016v1 545
chrUn_NW_026529060v1 838
chrUn_NW_026529081v1 305
chrUn_NW_026529085v1 777
chrX 1889531
chrX_NW_026527892v1_random 169
chrX_NW_026527894v1_random 462
chrX_NW_026527897v1_random 93
chrY 40965
chrY_NW_026527906v1_random 11
chrY_NW_026527909v1_random 37
chrY_NW_026527911v1_random 131
chrY_NW_026527913v1_random 198
chrY_NW_026527914v1_random 219
chrY_NW_026527915v1_random 13
chrY_NW_026527916v1_random 65
chrY_NW_026527918v1_random 27
chrY_NW_026527919v1_random 108
chrY_NW_026527927v1_random 26
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 83
chrY_NW_026527938v1_random 221
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 287
chrY_NW_026527945v1_random 14
chrY_NW_026527948v1_random 30
chrY_NW_026527949v1_random 45
chrY_NW_026527950v1_random 897
chrY_NW_026527951v1_random 125
chrY_NW_026527955v1_random 150
chrY_NW_026527956v1_random 841
chrY_NW_026527958v1_random 493
chrY_NW_026527960v1_random 86
chrY_NW_026527961v1_random 308
chrY_NW_026527966v1_random 8120
chrY_NW_026527967v1_random 160
chrY_NW_026527968v1_random 889
chrY_NW_026527969v1_random 72
chrY_NW_026527974v1_random 40
chrY_NW_026527980v1_random 22

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 90726933 1 5040 196.82 173
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0014_2.h5ad.gz 849.65 MB 9339422e241a9d11f9e8ab3f26dbb928
P0014_2.h5ad.gz.tbi 716.0 KB 31639881b664ebad16d3a4b043dfbae7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 7853e04f3156d34940d42a18c796bafd
statistics/