Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0014_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0014_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0014_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0014_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACCTGGTCATTAGGCC-P0014_2, ATTGGTTCAGGATGGC-P0014_2, CTAAATGTCTAAGTCA-P0014_2, TATCGAGGTAGGTTAT-P0014_2, GGAACCTGTAGTTAAC-P0014_2 (top 5 of 2407 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
127,973,535
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 127973535
chr1 10142002
chr2 8619288
chr3 6401622
chr4 7116300
chr5 10200376
chr6 6813346
chr7 8294113
chr8 5238672
chr9 6240095
chr10 6770377
chr11 6708899
chr12 6700851
chr13 5078002
chr14 4944028
chr15 4870035
chr16 4009027
chr17 3042683
chr18 2432312
chr19 2596976
chr20 2549877
chr21 1939067
chr22 4469191
chrUn_NW_026528016v1 10
chrUn_NW_026528017v1 266
chrUn_NW_026528021v1 560
chrUn_NW_026528026v1 346
chrUn_NW_026528029v1 391
chrUn_NW_026528038v1 330
chrUn_NW_026528039v1 672
chrUn_NW_026528065v1 156
chrUn_NW_026528075v1 141
chrUn_NW_026528103v1 26
chrUn_NW_026528123v1 2
chrUn_NW_026528125v1 68
chrUn_NW_026528140v1 520
chrUn_NW_026528210v1 58
chrUn_NW_026528215v1 221
chrUn_NW_026528218v1 13
chrUn_NW_026528219v1 21
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 10
chrUn_NW_026528224v1 14
chrUn_NW_026528225v1 59
chrUn_NW_026528226v1 165
chrUn_NW_026528228v1 102
chrUn_NW_026528230v1 277
chrUn_NW_026528232v1 696
chrUn_NW_026528259v1 4
chrUn_NW_026528278v1 373
chrUn_NW_026528285v1 38
chrUn_NW_026528292v1 13
chrUn_NW_026528295v1 140
chrUn_NW_026528296v1 9662
chrUn_NW_026528310v1 87
chrUn_NW_026528320v1 28
chrUn_NW_026528327v1 17
chrUn_NW_026528332v1 15
chrUn_NW_026528335v1 22
chrUn_NW_026528338v1 26
chrUn_NW_026528339v1 23
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 15
chrUn_NW_026528350v1 20
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 26
chrUn_NW_026528363v1 185
chrUn_NW_026528370v1 148
chrUn_NW_026528371v1 583
chrUn_NW_026528372v1 285
chrUn_NW_026528373v1 540
chrUn_NW_026528378v1 2
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 24
chrUn_NW_026528385v1 28
chrUn_NW_026528390v1 34
chrUn_NW_026528393v1 11
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 10
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 39
chrUn_NW_026528431v1 197
chrUn_NW_026528432v1 531
chrUn_NW_026528433v1 2625
chrUn_NW_026528480v1 339
chrUn_NW_026528558v1 1563
chrUn_NW_026528559v1 70
chrUn_NW_026528561v1 327
chrUn_NW_026528588v1 19
chrUn_NW_026528589v1 23
chrUn_NW_026528590v1 1283
chrUn_NW_026528596v1 1449
chrUn_NW_026528609v1 14
chrUn_NW_026528615v1 16
chrUn_NW_026528621v1 30
chrUn_NW_026528631v1 173
chrUn_NW_026528634v1 151
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 21
chrUn_NW_026528656v1 4
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 385
chrUn_NW_026528737v1 93
chrUn_NW_026528739v1 19
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 83
chrUn_NW_026528772v1 21
chrUn_NW_026528775v1 36
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 18
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 25
chrUn_NW_026528788v1 17
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 8
chrUn_NW_026528793v1 101
chrUn_NW_026528795v1 92
chrUn_NW_026528796v1 173
chrUn_NW_026528797v1 2621
chrUn_NW_026528798v1 776
chrUn_NW_026528799v1 146
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 3
chrUn_NW_026528884v1 10
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 92
chrUn_NW_026528888v1 17
chrUn_NW_026528889v1 18
chrUn_NW_026528891v1 52
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 396
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 15
chrUn_NW_026528900v1 173
chrUn_NW_026528902v1 142
chrUn_NW_026528903v1 791
chrUn_NW_026528917v1 157
chrUn_NW_026528926v1 61
chrUn_NW_026528928v1 711
chrUn_NW_026528937v1 71
chrUn_NW_026528938v1 17
chrUn_NW_026528950v1 28
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 903
chrUn_NW_026528960v1 169
chrUn_NW_026528975v1 103
chrUn_NW_026528984v1 58
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 81
chrUn_NW_026528989v1 14
chrUn_NW_026528992v1 20
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 333
chrUn_NW_026529008v1 4010
chrUn_NW_026529013v1 63
chrUn_NW_026529015v1 108
chrUn_NW_026529016v1 821
chrUn_NW_026529060v1 1214
chrUn_NW_026529081v1 428
chrUn_NW_026529085v1 1078
chrX 2676381
chrX_NW_026527892v1_random 271
chrX_NW_026527894v1_random 629
chrX_NW_026527897v1_random 117
chrY 56627
chrY_NW_026527906v1_random 17
chrY_NW_026527909v1_random 55
chrY_NW_026527911v1_random 189
chrY_NW_026527913v1_random 278
chrY_NW_026527914v1_random 286
chrY_NW_026527915v1_random 16
chrY_NW_026527916v1_random 90
chrY_NW_026527918v1_random 50
chrY_NW_026527919v1_random 153
chrY_NW_026527927v1_random 46
chrY_NW_026527928v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 101
chrY_NW_026527938v1_random 359
chrY_NW_026527939v1_random 19
chrY_NW_026527942v1_random 378
chrY_NW_026527945v1_random 23
chrY_NW_026527948v1_random 52
chrY_NW_026527949v1_random 66
chrY_NW_026527950v1_random 1255
chrY_NW_026527951v1_random 168
chrY_NW_026527955v1_random 214
chrY_NW_026527956v1_random 1064
chrY_NW_026527958v1_random 640
chrY_NW_026527960v1_random 110
chrY_NW_026527961v1_random 421
chrY_NW_026527966v1_random 11197
chrY_NW_026527967v1_random 235
chrY_NW_026527968v1_random 1299
chrY_NW_026527969v1_random 101
chrY_NW_026527974v1_random 52
chrY_NW_026527980v1_random 29

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 127973535 1 5040 195.98 171
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0014_2.gz 1.18 GB b18cf259dfb774e584527b8b9136a455
P0014_2.gz.tbi 835.21 KB 1a9aed366d5a99c7fab1d26dfd014eda
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 341e19e2043beaa5cf629c06b15e0728
statistics/