Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0015_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0015_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0015_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0015_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGTTGCGTCGCTAGTG-P0015_1, CAGGCTGGTTAAGCCA-P0015_1, ATCAAGACACTGGCCA-P0015_1, TGAGCAAAGTGAGCAA-P0015_1, ATGAAGTAGCATGTTA-P0015_1 (top 5 of 5522 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
192,660,583
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 192660583
chr1 15376571
chr2 12773637
chr3 9091216
chr4 10248502
chr5 16110529
chr6 10053470
chr7 12684655
chr8 7569836
chr9 9560839
chr10 10252317
chr11 10281955
chr12 10200880
chr13 7360046
chr14 7290816
chr15 7562920
chr16 5798508
chr17 4317224
chr18 3670309
chr19 3981903
chr20 3887499
chr21 2855326
chr22 7578540
chrUn_NW_026528016v1 40
chrUn_NW_026528017v1 484
chrUn_NW_026528021v1 759
chrUn_NW_026528026v1 462
chrUn_NW_026528029v1 589
chrUn_NW_026528038v1 673
chrUn_NW_026528039v1 1050
chrUn_NW_026528065v1 191
chrUn_NW_026528075v1 242
chrUn_NW_026528103v1 39
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 84
chrUn_NW_026528140v1 552
chrUn_NW_026528210v1 91
chrUn_NW_026528215v1 308
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 28
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 9
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 89
chrUn_NW_026528226v1 209
chrUn_NW_026528228v1 137
chrUn_NW_026528230v1 351
chrUn_NW_026528232v1 1150
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 646
chrUn_NW_026528285v1 41
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 203
chrUn_NW_026528296v1 15461
chrUn_NW_026528310v1 108
chrUn_NW_026528320v1 30
chrUn_NW_026528327v1 34
chrUn_NW_026528332v1 19
chrUn_NW_026528335v1 21
chrUn_NW_026528338v1 47
chrUn_NW_026528339v1 33
chrUn_NW_026528345v1 9
chrUn_NW_026528347v1 18
chrUn_NW_026528350v1 23
chrUn_NW_026528353v1 62
chrUn_NW_026528356v1 29
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 5
chrUn_NW_026528363v1 290
chrUn_NW_026528370v1 179
chrUn_NW_026528371v1 840
chrUn_NW_026528372v1 387
chrUn_NW_026528373v1 942
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 33
chrUn_NW_026528385v1 54
chrUn_NW_026528390v1 58
chrUn_NW_026528393v1 16
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 8
chrUn_NW_026528404v1 4
chrUn_NW_026528408v1 10
chrUn_NW_026528409v1 12
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 7
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 60
chrUn_NW_026528431v1 237
chrUn_NW_026528432v1 781
chrUn_NW_026528433v1 3263
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 469
chrUn_NW_026528558v1 2066
chrUn_NW_026528559v1 107
chrUn_NW_026528561v1 398
chrUn_NW_026528588v1 20
chrUn_NW_026528589v1 34
chrUn_NW_026528590v1 1858
chrUn_NW_026528596v1 2139
chrUn_NW_026528609v1 27
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 36
chrUn_NW_026528621v1 45
chrUn_NW_026528631v1 344
chrUn_NW_026528634v1 223
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 40
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 11
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 22
chrUn_NW_026528708v1 7
chrUn_NW_026528719v1 577
chrUn_NW_026528737v1 127
chrUn_NW_026528739v1 39
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 31
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 15
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 17
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 116
chrUn_NW_026528772v1 27
chrUn_NW_026528775v1 27
chrUn_NW_026528777v1 12
chrUn_NW_026528784v1 20
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 26
chrUn_NW_026528788v1 11
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 9
chrUn_NW_026528793v1 108
chrUn_NW_026528795v1 90
chrUn_NW_026528796v1 216
chrUn_NW_026528797v1 3032
chrUn_NW_026528798v1 1104
chrUn_NW_026528799v1 212
chrUn_NW_026528880v1 38
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528887v1 147
chrUn_NW_026528888v1 26
chrUn_NW_026528889v1 25
chrUn_NW_026528891v1 68
chrUn_NW_026528893v1 12
chrUn_NW_026528894v1 644
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 18
chrUn_NW_026528900v1 315
chrUn_NW_026528902v1 203
chrUn_NW_026528903v1 1057
chrUn_NW_026528917v1 202
chrUn_NW_026528926v1 94
chrUn_NW_026528928v1 866
chrUn_NW_026528937v1 87
chrUn_NW_026528938v1 18
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 1160
chrUn_NW_026528960v1 205
chrUn_NW_026528975v1 151
chrUn_NW_026528984v1 69
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 115
chrUn_NW_026528989v1 10
chrUn_NW_026528992v1 14
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 36
chrUn_NW_026529007v1 465
chrUn_NW_026529008v1 5912
chrUn_NW_026529013v1 48
chrUn_NW_026529015v1 134
chrUn_NW_026529016v1 1083
chrUn_NW_026529060v1 1793
chrUn_NW_026529081v1 512
chrUn_NW_026529085v1 1582
chrX 3974028
chrX_NW_026527892v1_random 345
chrX_NW_026527894v1_random 944
chrX_NW_026527897v1_random 122
chrY 84726
chrY_NW_026527906v1_random 17
chrY_NW_026527909v1_random 72
chrY_NW_026527911v1_random 276
chrY_NW_026527913v1_random 460
chrY_NW_026527914v1_random 371
chrY_NW_026527915v1_random 14
chrY_NW_026527916v1_random 98
chrY_NW_026527918v1_random 64
chrY_NW_026527919v1_random 265
chrY_NW_026527927v1_random 68
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 129
chrY_NW_026527938v1_random 425
chrY_NW_026527939v1_random 13
chrY_NW_026527942v1_random 573
chrY_NW_026527945v1_random 21
chrY_NW_026527948v1_random 82
chrY_NW_026527949v1_random 98
chrY_NW_026527950v1_random 1725
chrY_NW_026527951v1_random 215
chrY_NW_026527955v1_random 314
chrY_NW_026527956v1_random 1689
chrY_NW_026527958v1_random 852
chrY_NW_026527960v1_random 143
chrY_NW_026527961v1_random 497
chrY_NW_026527966v1_random 19465
chrY_NW_026527967v1_random 297
chrY_NW_026527968v1_random 1835
chrY_NW_026527969v1_random 177
chrY_NW_026527974v1_random 86
chrY_NW_026527980v1_random 58

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 192660583 1 5038 179.62 158
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0015_1.gz 1.81 GB adff19cc72f73f62c60eb4490e44dea8
P0015_1.gz.tbi 1002.61 KB 8220617a5ba29eb1e5c0eaa75f8bea19
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 250142b317882d2560e20a9ece80f9e0
statistics/