Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0015_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0015_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0015_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0015_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GAACCTGTCAAGACTC-P0015_2, ATTAGTCCAACTGGGA-P0015_2, ACAGGTAAGGAGCACG-P0015_2, CAAGTATGTCCTAACT-P0015_2, GTTCTCATCGCTCCAT-P0015_2 (top 5 of 1146 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
42,170,790
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 42170790
chr1 3411963
chr2 2784475
chr3 2011657
chr4 2257296
chr5 3489417
chr6 2209176
chr7 2769225
chr8 1661405
chr9 2097460
chr10 2246578
chr11 2229605
chr12 2206992
chr13 1652885
chr14 1620579
chr15 1646789
chr16 1270922
chr17 944775
chr18 791090
chr19 858832
chr20 851871
chr21 613973
chr22 1650176
chrUn_NW_026528016v1 14
chrUn_NW_026528017v1 80
chrUn_NW_026528021v1 147
chrUn_NW_026528026v1 90
chrUn_NW_026528029v1 109
chrUn_NW_026528038v1 139
chrUn_NW_026528039v1 210
chrUn_NW_026528065v1 57
chrUn_NW_026528075v1 40
chrUn_NW_026528103v1 8
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 17
chrUn_NW_026528140v1 117
chrUn_NW_026528210v1 19
chrUn_NW_026528215v1 67
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 4
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 22
chrUn_NW_026528226v1 40
chrUn_NW_026528228v1 23
chrUn_NW_026528230v1 62
chrUn_NW_026528232v1 320
chrUn_NW_026528278v1 142
chrUn_NW_026528285v1 11
chrUn_NW_026528292v1 2
chrUn_NW_026528295v1 50
chrUn_NW_026528296v1 3197
chrUn_NW_026528310v1 38
chrUn_NW_026528320v1 12
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 2
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 4
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528347v1 5
chrUn_NW_026528350v1 6
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 7
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 42
chrUn_NW_026528370v1 48
chrUn_NW_026528371v1 199
chrUn_NW_026528372v1 107
chrUn_NW_026528373v1 214
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 5
chrUn_NW_026528385v1 14
chrUn_NW_026528390v1 9
chrUn_NW_026528393v1 2
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528423v1 11
chrUn_NW_026528431v1 49
chrUn_NW_026528432v1 156
chrUn_NW_026528433v1 1026
chrUn_NW_026528480v1 109
chrUn_NW_026528558v1 451
chrUn_NW_026528559v1 27
chrUn_NW_026528561v1 91
chrUn_NW_026528588v1 8
chrUn_NW_026528589v1 5
chrUn_NW_026528590v1 371
chrUn_NW_026528596v1 434
chrUn_NW_026528609v1 2
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 7
chrUn_NW_026528631v1 71
chrUn_NW_026528634v1 76
chrUn_NW_026528644v1 3
chrUn_NW_026528650v1 4
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 106
chrUn_NW_026528737v1 33
chrUn_NW_026528739v1 6
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 6
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 35
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 7
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 2
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 8
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 34
chrUn_NW_026528795v1 22
chrUn_NW_026528796v1 30
chrUn_NW_026528797v1 639
chrUn_NW_026528798v1 264
chrUn_NW_026528799v1 51
chrUn_NW_026528880v1 9
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528887v1 30
chrUn_NW_026528888v1 6
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 18
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 190
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 4
chrUn_NW_026528900v1 88
chrUn_NW_026528902v1 62
chrUn_NW_026528903v1 191
chrUn_NW_026528917v1 60
chrUn_NW_026528926v1 20
chrUn_NW_026528928v1 186
chrUn_NW_026528937v1 22
chrUn_NW_026528938v1 3
chrUn_NW_026528950v1 10
chrUn_NW_026528952v1 3
chrUn_NW_026528957v1 250
chrUn_NW_026528960v1 71
chrUn_NW_026528975v1 37
chrUn_NW_026528984v1 13
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528987v1 3
chrUn_NW_026528988v1 38
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 3
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 11
chrUn_NW_026529007v1 81
chrUn_NW_026529008v1 1243
chrUn_NW_026529013v1 22
chrUn_NW_026529015v1 22
chrUn_NW_026529016v1 260
chrUn_NW_026529060v1 289
chrUn_NW_026529081v1 79
chrUn_NW_026529085v1 298
chrX 854544
chrX_NW_026527892v1_random 84
chrX_NW_026527894v1_random 195
chrX_NW_026527897v1_random 25
chrY 18282
chrY_NW_026527906v1_random 3
chrY_NW_026527909v1_random 11
chrY_NW_026527911v1_random 40
chrY_NW_026527913v1_random 99
chrY_NW_026527914v1_random 73
chrY_NW_026527915v1_random 2
chrY_NW_026527916v1_random 28
chrY_NW_026527918v1_random 16
chrY_NW_026527919v1_random 50
chrY_NW_026527927v1_random 9
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 27
chrY_NW_026527938v1_random 98
chrY_NW_026527939v1_random 5
chrY_NW_026527942v1_random 111
chrY_NW_026527945v1_random 2
chrY_NW_026527948v1_random 17
chrY_NW_026527949v1_random 27
chrY_NW_026527950v1_random 278
chrY_NW_026527951v1_random 53
chrY_NW_026527955v1_random 60
chrY_NW_026527956v1_random 490
chrY_NW_026527958v1_random 227
chrY_NW_026527960v1_random 28
chrY_NW_026527961v1_random 111
chrY_NW_026527966v1_random 4511
chrY_NW_026527967v1_random 60
chrY_NW_026527968v1_random 384
chrY_NW_026527969v1_random 25
chrY_NW_026527974v1_random 20
chrY_NW_026527980v1_random 7

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 42170790 1 5036 171.14 153
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0015_2.h5ad.gz 398.13 MB 14eeeeb7364c8fe3df892bf820be8c09
P0015_2.h5ad.gz.tbi 586.33 KB a1844229304ef87c41a03a66a63ebd43
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 80b1f28577c8129dee84badccbe8c416
statistics/