Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0015_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0015_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0015_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0015_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GAACCTGTCAAGACTC-P0015_2, AGTAATGCACAGAACG-P0015_2, TGTTGCACAGCCGCTA-P0015_2, ATTAGTCCAACTGGGA-P0015_2, CTCATTTAGACAAGTG-P0015_2 (top 5 of 4606 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
194,722,071
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 194722071
chr1 15619660
chr2 13027142
chr3 9283726
chr4 10416390
chr5 16136356
chr6 10185909
chr7 12820385
chr8 7722669
chr9 9626042
chr10 10317085
chr11 10398209
chr12 10302467
chr13 7468131
chr14 7400473
chr15 7612960
chr16 5889945
chr17 4355478
chr18 3675010
chr19 3999662
chr20 3919215
chr21 2871806
chr22 7482669
chrUn_NW_026528016v1 34
chrUn_NW_026528017v1 445
chrUn_NW_026528021v1 759
chrUn_NW_026528026v1 405
chrUn_NW_026528029v1 536
chrUn_NW_026528038v1 659
chrUn_NW_026528039v1 992
chrUn_NW_026528065v1 224
chrUn_NW_026528075v1 227
chrUn_NW_026528103v1 45
chrUn_NW_026528123v1 9
chrUn_NW_026528125v1 77
chrUn_NW_026528140v1 565
chrUn_NW_026528210v1 86
chrUn_NW_026528215v1 316
chrUn_NW_026528217v1 5
chrUn_NW_026528218v1 15
chrUn_NW_026528219v1 27
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 81
chrUn_NW_026528226v1 191
chrUn_NW_026528228v1 139
chrUn_NW_026528230v1 358
chrUn_NW_026528232v1 1264
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 615
chrUn_NW_026528285v1 47
chrUn_NW_026528292v1 16
chrUn_NW_026528295v1 190
chrUn_NW_026528296v1 15517
chrUn_NW_026528310v1 136
chrUn_NW_026528320v1 41
chrUn_NW_026528327v1 54
chrUn_NW_026528332v1 14
chrUn_NW_026528335v1 24
chrUn_NW_026528338v1 42
chrUn_NW_026528339v1 44
chrUn_NW_026528345v1 12
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 30
chrUn_NW_026528353v1 38
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 4
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 270
chrUn_NW_026528370v1 184
chrUn_NW_026528371v1 890
chrUn_NW_026528372v1 415
chrUn_NW_026528373v1 978
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 37
chrUn_NW_026528385v1 57
chrUn_NW_026528390v1 60
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 8
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 8
chrUn_NW_026528412v1 18
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 44
chrUn_NW_026528431v1 239
chrUn_NW_026528432v1 672
chrUn_NW_026528433v1 3395
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 475
chrUn_NW_026528558v1 2053
chrUn_NW_026528559v1 118
chrUn_NW_026528561v1 445
chrUn_NW_026528588v1 24
chrUn_NW_026528589v1 34
chrUn_NW_026528590v1 1907
chrUn_NW_026528596v1 1814
chrUn_NW_026528609v1 20
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 43
chrUn_NW_026528631v1 327
chrUn_NW_026528634v1 237
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 25
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 13
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 25
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 535
chrUn_NW_026528737v1 134
chrUn_NW_026528739v1 34
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 26
chrUn_NW_026528748v1 6
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 8
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 130
chrUn_NW_026528772v1 14
chrUn_NW_026528775v1 32
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 17
chrUn_NW_026528785v1 22
chrUn_NW_026528786v1 37
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 8
chrUn_NW_026528792v1 7
chrUn_NW_026528793v1 110
chrUn_NW_026528795v1 112
chrUn_NW_026528796v1 246
chrUn_NW_026528797v1 2914
chrUn_NW_026528798v1 1119
chrUn_NW_026528799v1 240
chrUn_NW_026528880v1 31
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528884v1 16
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 144
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 30
chrUn_NW_026528891v1 71
chrUn_NW_026528893v1 12
chrUn_NW_026528894v1 690
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 29
chrUn_NW_026528900v1 324
chrUn_NW_026528902v1 247
chrUn_NW_026528903v1 1015
chrUn_NW_026528917v1 208
chrUn_NW_026528926v1 95
chrUn_NW_026528928v1 882
chrUn_NW_026528937v1 81
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 24
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 1125
chrUn_NW_026528960v1 219
chrUn_NW_026528975v1 163
chrUn_NW_026528984v1 59
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 145
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 15
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 49
chrUn_NW_026529007v1 436
chrUn_NW_026529008v1 5712
chrUn_NW_026529013v1 81
chrUn_NW_026529015v1 111
chrUn_NW_026529016v1 1100
chrUn_NW_026529060v1 1672
chrUn_NW_026529081v1 494
chrUn_NW_026529085v1 1547
chrX 4014710
chrX_NW_026527892v1_random 290
chrX_NW_026527894v1_random 1012
chrX_NW_026527897v1_random 110
chrY 83439
chrY_NW_026527906v1_random 17
chrY_NW_026527909v1_random 62
chrY_NW_026527911v1_random 267
chrY_NW_026527913v1_random 465
chrY_NW_026527914v1_random 361
chrY_NW_026527915v1_random 17
chrY_NW_026527916v1_random 90
chrY_NW_026527918v1_random 82
chrY_NW_026527919v1_random 267
chrY_NW_026527927v1_random 54
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 118
chrY_NW_026527938v1_random 464
chrY_NW_026527939v1_random 18
chrY_NW_026527942v1_random 573
chrY_NW_026527945v1_random 20
chrY_NW_026527948v1_random 78
chrY_NW_026527949v1_random 120
chrY_NW_026527950v1_random 1644
chrY_NW_026527951v1_random 220
chrY_NW_026527955v1_random 277
chrY_NW_026527956v1_random 1592
chrY_NW_026527958v1_random 778
chrY_NW_026527960v1_random 142
chrY_NW_026527961v1_random 512
chrY_NW_026527966v1_random 18544
chrY_NW_026527967v1_random 300
chrY_NW_026527968v1_random 1740
chrY_NW_026527969v1_random 137
chrY_NW_026527974v1_random 83
chrY_NW_026527980v1_random 55

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 194722071 1 5036 172.07 155
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0015_2.gz 1.83 GB 8c79466b65d7420c32aea870bd722ec3
P0015_2.gz.tbi 1006.95 KB 57f283fc38cf6dde4ef255f70681a311
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 020990ecdb5e4eca69cd11aee1bb07b9
statistics/