Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0018_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0018_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0018_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0018_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTCGCTCCATAGGCGA-P0018_1, CTGGATGTCAAGCCTG-P0018_1, CAACAGGCATATTGAC-P0018_1, TGCTAGCCAGGATGGC-P0018_1, CCGCACACATGCAACC-P0018_1 (top 5 of 2774 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
71,980,492
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 71980492
chr1 5901530
chr2 4650126
chr3 3317237
chr4 3881038
chr5 6058915
chr6 3743835
chr7 4703810
chr8 2709134
chr9 3360094
chr10 3857299
chr11 3931709
chr12 3888082
chr13 2649083
chr14 2687083
chr15 2811983
chr16 2007634
chr17 1588216
chr18 1415446
chr19 1572244
chr20 1523676
chr21 957215
chr22 3358509
chrUn_NW_026528016v1 6
chrUn_NW_026528017v1 148
chrUn_NW_026528021v1 252
chrUn_NW_026528026v1 151
chrUn_NW_026528029v1 174
chrUn_NW_026528038v1 82
chrUn_NW_026528039v1 215
chrUn_NW_026528065v1 196
chrUn_NW_026528075v1 55
chrUn_NW_026528103v1 5
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 8
chrUn_NW_026528140v1 408
chrUn_NW_026528210v1 43
chrUn_NW_026528215v1 126
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528219v1 13
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 10
chrUn_NW_026528225v1 30
chrUn_NW_026528226v1 136
chrUn_NW_026528228v1 24
chrUn_NW_026528230v1 93
chrUn_NW_026528232v1 148
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 248
chrUn_NW_026528285v1 26
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 45
chrUn_NW_026528296v1 5248
chrUn_NW_026528310v1 31
chrUn_NW_026528320v1 12
chrUn_NW_026528327v1 11
chrUn_NW_026528332v1 3
chrUn_NW_026528335v1 8
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 12
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528347v1 2
chrUn_NW_026528350v1 8
chrUn_NW_026528353v1 18
chrUn_NW_026528356v1 4
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 79
chrUn_NW_026528370v1 143
chrUn_NW_026528371v1 272
chrUn_NW_026528372v1 81
chrUn_NW_026528373v1 175
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 18
chrUn_NW_026528385v1 29
chrUn_NW_026528390v1 13
chrUn_NW_026528393v1 9
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 2
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 29
chrUn_NW_026528431v1 92
chrUn_NW_026528432v1 270
chrUn_NW_026528433v1 4537
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528480v1 149
chrUn_NW_026528558v1 350
chrUn_NW_026528559v1 26
chrUn_NW_026528561v1 67
chrUn_NW_026528588v1 14
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 559
chrUn_NW_026528596v1 574
chrUn_NW_026528609v1 15
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 11
chrUn_NW_026528621v1 7
chrUn_NW_026528631v1 61
chrUn_NW_026528634v1 100
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 9
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 6
chrUn_NW_026528677v1 2
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 56
chrUn_NW_026528737v1 46
chrUn_NW_026528739v1 9
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528755v1 29
chrUn_NW_026528772v1 7
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 6
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 38
chrUn_NW_026528795v1 46
chrUn_NW_026528796v1 110
chrUn_NW_026528797v1 1967
chrUn_NW_026528798v1 485
chrUn_NW_026528799v1 64
chrUn_NW_026528880v1 12
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 30
chrUn_NW_026528888v1 9
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 14
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 292
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 15
chrUn_NW_026528900v1 65
chrUn_NW_026528902v1 68
chrUn_NW_026528903v1 309
chrUn_NW_026528917v1 101
chrUn_NW_026528926v1 24
chrUn_NW_026528928v1 171
chrUn_NW_026528937v1 19
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 3
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 231
chrUn_NW_026528960v1 60
chrUn_NW_026528975v1 21
chrUn_NW_026528984v1 14
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 3
chrUn_NW_026528988v1 51
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 12
chrUn_NW_026529007v1 224
chrUn_NW_026529008v1 2346
chrUn_NW_026529013v1 13
chrUn_NW_026529015v1 31
chrUn_NW_026529016v1 246
chrUn_NW_026529060v1 370
chrUn_NW_026529081v1 154
chrUn_NW_026529085v1 487
chrX 1332896
chrX_NW_026527892v1_random 76
chrX_NW_026527894v1_random 131
chrX_NW_026527897v1_random 45
chrY 29827
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 39
chrY_NW_026527911v1_random 70
chrY_NW_026527913v1_random 72
chrY_NW_026527914v1_random 117
chrY_NW_026527915v1_random 7
chrY_NW_026527916v1_random 37
chrY_NW_026527918v1_random 16
chrY_NW_026527919v1_random 79
chrY_NW_026527927v1_random 8
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527931v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 20
chrY_NW_026527938v1_random 115
chrY_NW_026527939v1_random 1
chrY_NW_026527942v1_random 186
chrY_NW_026527945v1_random 11
chrY_NW_026527948v1_random 41
chrY_NW_026527949v1_random 37
chrY_NW_026527950v1_random 860
chrY_NW_026527951v1_random 105
chrY_NW_026527955v1_random 89
chrY_NW_026527956v1_random 2469
chrY_NW_026527958v1_random 1013
chrY_NW_026527960v1_random 27
chrY_NW_026527961v1_random 143
chrY_NW_026527966v1_random 13099
chrY_NW_026527967v1_random 98
chrY_NW_026527968v1_random 643
chrY_NW_026527969v1_random 31
chrY_NW_026527974v1_random 22
chrY_NW_026527980v1_random 36

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 71980492 1 5033 145.81 130
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0018_1.h5ad.gz 688.43 MB b4f40fcb07760c7be3e2a54da63091ac
P0018_1.h5ad.gz.tbi 666.03 KB 33f5989e2b5917f042d544955428d77b
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 50c02afd2dcce9582d2b2b516f714348
statistics/