Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0018_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0018_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0018_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0018_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAAGTGAGTTCCTGC-P0018_1, CACCTGTTCAGGATGA-P0018_1, AGTGATGAGCCTGTGA-P0018_1, ATGACCAGTCCGCTGT-P0018_1, AGTTGCGTCTCCATAT-P0018_1 (top 5 of 4319 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
198,813,712
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 198813712
chr1 16142550
chr2 13164212
chr3 9692004
chr4 10909487
chr5 16183131
chr6 10496073
chr7 12814208
chr8 7901068
chr9 9514356
chr10 10511773
chr11 10614480
chr12 10549548
chr13 7739086
chr14 7602539
chr15 7691443
chr16 5994302
chr17 4547611
chr18 3799372
chr19 4326113
chr20 3979521
chr21 2778973
chr22 7883932
chrUn_NW_026528016v1 18
chrUn_NW_026528017v1 420
chrUn_NW_026528021v1 758
chrUn_NW_026528026v1 398
chrUn_NW_026528029v1 481
chrUn_NW_026528038v1 376
chrUn_NW_026528039v1 812
chrUn_NW_026528065v1 376
chrUn_NW_026528075v1 126
chrUn_NW_026528103v1 17
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 43
chrUn_NW_026528140v1 876
chrUn_NW_026528210v1 116
chrUn_NW_026528215v1 297
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 28
chrUn_NW_026528220v1 5
chrUn_NW_026528221v1 7
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 20
chrUn_NW_026528225v1 98
chrUn_NW_026528226v1 366
chrUn_NW_026528228v1 111
chrUn_NW_026528230v1 397
chrUn_NW_026528232v1 1298
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 646
chrUn_NW_026528285v1 53
chrUn_NW_026528292v1 10
chrUn_NW_026528295v1 111
chrUn_NW_026528296v1 14111
chrUn_NW_026528310v1 107
chrUn_NW_026528320v1 30
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 13
chrUn_NW_026528335v1 23
chrUn_NW_026528338v1 27
chrUn_NW_026528339v1 32
chrUn_NW_026528345v1 12
chrUn_NW_026528347v1 5
chrUn_NW_026528350v1 15
chrUn_NW_026528353v1 45
chrUn_NW_026528356v1 21
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 172
chrUn_NW_026528370v1 295
chrUn_NW_026528371v1 1004
chrUn_NW_026528372v1 387
chrUn_NW_026528373v1 715
chrUn_NW_026528378v1 9
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 6
chrUn_NW_026528384v1 44
chrUn_NW_026528385v1 68
chrUn_NW_026528390v1 59
chrUn_NW_026528393v1 29
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 6
chrUn_NW_026528402v1 5
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 8
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 10
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 1
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 75
chrUn_NW_026528431v1 302
chrUn_NW_026528432v1 615
chrUn_NW_026528433v1 7260
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528480v1 341
chrUn_NW_026528558v1 857
chrUn_NW_026528559v1 74
chrUn_NW_026528561v1 293
chrUn_NW_026528588v1 24
chrUn_NW_026528589v1 27
chrUn_NW_026528590v1 1878
chrUn_NW_026528596v1 1730
chrUn_NW_026528609v1 30
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 19
chrUn_NW_026528621v1 29
chrUn_NW_026528631v1 188
chrUn_NW_026528634v1 212
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 33
chrUn_NW_026528656v1 6
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 10
chrUn_NW_026528668v1 18
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 18
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 245
chrUn_NW_026528737v1 113
chrUn_NW_026528739v1 29
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528745v1 21
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 7
chrUn_NW_026528752v1 10
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 95
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 20
chrUn_NW_026528784v1 17
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 26
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 160
chrUn_NW_026528795v1 130
chrUn_NW_026528796v1 222
chrUn_NW_026528797v1 4317
chrUn_NW_026528798v1 1167
chrUn_NW_026528799v1 154
chrUn_NW_026528880v1 40
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 144
chrUn_NW_026528888v1 22
chrUn_NW_026528889v1 25
chrUn_NW_026528891v1 51
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 629
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 228
chrUn_NW_026528902v1 196
chrUn_NW_026528903v1 1276
chrUn_NW_026528917v1 229
chrUn_NW_026528926v1 45
chrUn_NW_026528928v1 422
chrUn_NW_026528937v1 37
chrUn_NW_026528938v1 10
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 13
chrUn_NW_026528957v1 547
chrUn_NW_026528960v1 211
chrUn_NW_026528975v1 56
chrUn_NW_026528984v1 62
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 115
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 2
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 40
chrUn_NW_026529007v1 551
chrUn_NW_026529008v1 6104
chrUn_NW_026529013v1 27
chrUn_NW_026529015v1 67
chrUn_NW_026529016v1 580
chrUn_NW_026529060v1 1578
chrUn_NW_026529081v1 607
chrUn_NW_026529085v1 1847
chrX 3797711
chrX_NW_026527892v1_random 269
chrX_NW_026527894v1_random 679
chrX_NW_026527897v1_random 112
chrY 77486
chrY_NW_026527906v1_random 13
chrY_NW_026527909v1_random 65
chrY_NW_026527911v1_random 388
chrY_NW_026527913v1_random 324
chrY_NW_026527914v1_random 374
chrY_NW_026527915v1_random 14
chrY_NW_026527916v1_random 90
chrY_NW_026527918v1_random 44
chrY_NW_026527919v1_random 353
chrY_NW_026527927v1_random 37
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 96
chrY_NW_026527938v1_random 248
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 412
chrY_NW_026527945v1_random 22
chrY_NW_026527948v1_random 96
chrY_NW_026527949v1_random 109
chrY_NW_026527950v1_random 2649
chrY_NW_026527951v1_random 226
chrY_NW_026527955v1_random 248
chrY_NW_026527956v1_random 4307
chrY_NW_026527958v1_random 1772
chrY_NW_026527960v1_random 114
chrY_NW_026527961v1_random 365
chrY_NW_026527966v1_random 24614
chrY_NW_026527967v1_random 333
chrY_NW_026527968v1_random 1750
chrY_NW_026527969v1_random 132
chrY_NW_026527974v1_random 69
chrY_NW_026527980v1_random 71

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 198813712 1 5038 155.75 151
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0018_1.gz 1.84 GB 675d8ff94f229ccbb5f6959224c9035e
P0018_1.gz.tbi 997.38 KB e5574d6ec83666c341ae279fd277e0ae
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 2a7cc602f9e0015e76cf5e9c2d6942a6
statistics/