Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0018_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0018_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0018_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0018_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TCCTTAGTCGCTAGCA-P0018_2, CCTCAGTTCGATTTGA-P0018_2, TAGCATATCATGGCTG-P0018_2, CAGGTCCAGCTACTGG-P0018_2, AGGTGAATCGATTATG-P0018_2 (top 5 of 3415 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
85,770,787
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 85770787
chr1 6977575
chr2 5600597
chr3 4008710
chr4 4631274
chr5 7165732
chr6 4459087
chr7 5569937
chr8 3207385
chr9 3987328
chr10 4583642
chr11 4645161
chr12 4628869
chr13 3164648
chr14 3219660
chr15 3339720
chr16 2433663
chr17 1904818
chr18 1697756
chr19 1870145
chr20 1824704
chr21 1154708
chr22 4000019
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 182
chrUn_NW_026528021v1 252
chrUn_NW_026528026v1 170
chrUn_NW_026528029v1 249
chrUn_NW_026528038v1 96
chrUn_NW_026528039v1 249
chrUn_NW_026528065v1 223
chrUn_NW_026528075v1 57
chrUn_NW_026528103v1 10
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 24
chrUn_NW_026528140v1 523
chrUn_NW_026528210v1 34
chrUn_NW_026528215v1 146
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 16
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 2
chrUn_NW_026528225v1 45
chrUn_NW_026528226v1 168
chrUn_NW_026528228v1 41
chrUn_NW_026528230v1 104
chrUn_NW_026528232v1 201
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 248
chrUn_NW_026528285v1 14
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 57
chrUn_NW_026528296v1 6034
chrUn_NW_026528310v1 45
chrUn_NW_026528320v1 17
chrUn_NW_026528327v1 12
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 10
chrUn_NW_026528338v1 15
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 7
chrUn_NW_026528353v1 20
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 88
chrUn_NW_026528370v1 191
chrUn_NW_026528371v1 349
chrUn_NW_026528372v1 98
chrUn_NW_026528373v1 221
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 3
chrUn_NW_026528384v1 12
chrUn_NW_026528385v1 35
chrUn_NW_026528390v1 15
chrUn_NW_026528393v1 10
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 25
chrUn_NW_026528431v1 113
chrUn_NW_026528432v1 291
chrUn_NW_026528433v1 5717
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 176
chrUn_NW_026528558v1 499
chrUn_NW_026528559v1 40
chrUn_NW_026528561v1 113
chrUn_NW_026528588v1 11
chrUn_NW_026528589v1 10
chrUn_NW_026528590v1 677
chrUn_NW_026528596v1 759
chrUn_NW_026528609v1 10
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 4
chrUn_NW_026528631v1 80
chrUn_NW_026528634v1 87
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 12
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528719v1 89
chrUn_NW_026528737v1 42
chrUn_NW_026528739v1 19
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 6
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 48
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 7
chrUn_NW_026528785v1 4
chrUn_NW_026528786v1 11
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 39
chrUn_NW_026528795v1 82
chrUn_NW_026528796v1 129
chrUn_NW_026528797v1 2342
chrUn_NW_026528798v1 632
chrUn_NW_026528799v1 61
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 40
chrUn_NW_026528888v1 15
chrUn_NW_026528889v1 8
chrUn_NW_026528891v1 21
chrUn_NW_026528893v1 2
chrUn_NW_026528894v1 293
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 6
chrUn_NW_026528900v1 76
chrUn_NW_026528902v1 84
chrUn_NW_026528903v1 366
chrUn_NW_026528917v1 106
chrUn_NW_026528926v1 21
chrUn_NW_026528928v1 212
chrUn_NW_026528937v1 19
chrUn_NW_026528938v1 1
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528957v1 297
chrUn_NW_026528960v1 78
chrUn_NW_026528975v1 43
chrUn_NW_026528984v1 25
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 60
chrUn_NW_026528989v1 5
chrUn_NW_026528992v1 8
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 16
chrUn_NW_026529007v1 280
chrUn_NW_026529008v1 2918
chrUn_NW_026529013v1 12
chrUn_NW_026529015v1 33
chrUn_NW_026529016v1 264
chrUn_NW_026529060v1 419
chrUn_NW_026529081v1 177
chrUn_NW_026529085v1 578
chrX 1604408
chrX_NW_026527892v1_random 69
chrX_NW_026527894v1_random 141
chrX_NW_026527897v1_random 33
chrY 36929
chrY_NW_026527906v1_random 5
chrY_NW_026527909v1_random 24
chrY_NW_026527911v1_random 90
chrY_NW_026527913v1_random 72
chrY_NW_026527914v1_random 140
chrY_NW_026527915v1_random 12
chrY_NW_026527916v1_random 49
chrY_NW_026527918v1_random 28
chrY_NW_026527919v1_random 76
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527928v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 32
chrY_NW_026527938v1_random 99
chrY_NW_026527939v1_random 7
chrY_NW_026527942v1_random 233
chrY_NW_026527945v1_random 10
chrY_NW_026527948v1_random 39
chrY_NW_026527949v1_random 29
chrY_NW_026527950v1_random 1074
chrY_NW_026527951v1_random 124
chrY_NW_026527955v1_random 109
chrY_NW_026527956v1_random 3218
chrY_NW_026527958v1_random 1352
chrY_NW_026527960v1_random 37
chrY_NW_026527961v1_random 159
chrY_NW_026527966v1_random 16963
chrY_NW_026527967v1_random 116
chrY_NW_026527968v1_random 711
chrY_NW_026527969v1_random 39
chrY_NW_026527974v1_random 40
chrY_NW_026527980v1_random 24

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 85770787 1 5043 138.15 122
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0018_2.h5ad.gz 815.76 MB 2caa4f31077f0f8b67bad7a98e2cd7a1
P0018_2.h5ad.gz.tbi 699.07 KB 8602bc2bf2fa939782ddc3062fddc4c5
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB a5924f7a0d9436235ade1ba452fdbb34
statistics/