Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0018_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0018_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0018_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0018_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CCACAGGGTTAACGAT-P0018_2, TCCTCTAAGTAACTCA-P0018_2, ATTAGCGGTGTAACCA-P0018_2, AGGTGAATCGAAGTGA-P0018_2, AGGTTAGAGGTCGATT-P0018_2 (top 5 of 5003 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
204,690,967
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 204690967
chr1 16577985
chr2 13543327
chr3 10004804
chr4 11222369
chr5 16623309
chr6 10754592
chr7 13174585
chr8 8032919
chr9 9783207
chr10 10887240
chr11 10910863
chr12 10866762
chr13 7915100
chr14 7869081
chr15 7918879
chr16 6159280
chr17 4685757
chr18 3946548
chr19 4426885
chr20 4147120
chr21 2862336
chr22 8257807
chrUn_NW_026528016v1 19
chrUn_NW_026528017v1 368
chrUn_NW_026528021v1 733
chrUn_NW_026528026v1 358
chrUn_NW_026528029v1 531
chrUn_NW_026528038v1 363
chrUn_NW_026528039v1 739
chrUn_NW_026528065v1 373
chrUn_NW_026528075v1 120
chrUn_NW_026528103v1 24
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 52
chrUn_NW_026528140v1 1008
chrUn_NW_026528210v1 114
chrUn_NW_026528215v1 350
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 15
chrUn_NW_026528219v1 36
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 5
chrUn_NW_026528222v1 8
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 105
chrUn_NW_026528226v1 391
chrUn_NW_026528228v1 108
chrUn_NW_026528230v1 343
chrUn_NW_026528232v1 1385
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 582
chrUn_NW_026528285v1 40
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 118
chrUn_NW_026528296v1 14578
chrUn_NW_026528310v1 83
chrUn_NW_026528320v1 33
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 9
chrUn_NW_026528335v1 17
chrUn_NW_026528338v1 28
chrUn_NW_026528339v1 37
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 19
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 38
chrUn_NW_026528356v1 26
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 174
chrUn_NW_026528370v1 327
chrUn_NW_026528371v1 1051
chrUn_NW_026528372v1 344
chrUn_NW_026528373v1 706
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 5
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 73
chrUn_NW_026528390v1 53
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 9
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 8
chrUn_NW_026528413v1 7
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 60
chrUn_NW_026528431v1 321
chrUn_NW_026528432v1 652
chrUn_NW_026528433v1 8292
chrUn_NW_026528440v1 2
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 347
chrUn_NW_026528558v1 1014
chrUn_NW_026528559v1 96
chrUn_NW_026528561v1 328
chrUn_NW_026528588v1 30
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1850
chrUn_NW_026528596v1 1720
chrUn_NW_026528609v1 21
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 22
chrUn_NW_026528631v1 220
chrUn_NW_026528634v1 180
chrUn_NW_026528635v1 6
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 34
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 7
chrUn_NW_026528677v1 19
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 229
chrUn_NW_026528737v1 93
chrUn_NW_026528739v1 39
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 14
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 12
chrUn_NW_026528754v1 6
chrUn_NW_026528755v1 120
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 17
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 8
chrUn_NW_026528786v1 26
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 150
chrUn_NW_026528795v1 143
chrUn_NW_026528796v1 249
chrUn_NW_026528797v1 4521
chrUn_NW_026528798v1 1276
chrUn_NW_026528799v1 147
chrUn_NW_026528880v1 50
chrUn_NW_026528882v1 13
chrUn_NW_026528884v1 15
chrUn_NW_026528885v1 7
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 138
chrUn_NW_026528888v1 21
chrUn_NW_026528889v1 16
chrUn_NW_026528891v1 58
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 577
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 20
chrUn_NW_026528900v1 218
chrUn_NW_026528902v1 201
chrUn_NW_026528903v1 1237
chrUn_NW_026528917v1 226
chrUn_NW_026528926v1 51
chrUn_NW_026528928v1 461
chrUn_NW_026528937v1 45
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 12
chrUn_NW_026528952v1 1
chrUn_NW_026528957v1 608
chrUn_NW_026528960v1 216
chrUn_NW_026528975v1 79
chrUn_NW_026528984v1 79
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 8
chrUn_NW_026528987v1 12
chrUn_NW_026528988v1 119
chrUn_NW_026528989v1 13
chrUn_NW_026528992v1 17
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 43
chrUn_NW_026529007v1 555
chrUn_NW_026529008v1 6543
chrUn_NW_026529013v1 23
chrUn_NW_026529015v1 68
chrUn_NW_026529016v1 559
chrUn_NW_026529060v1 1551
chrUn_NW_026529081v1 586
chrUn_NW_026529085v1 1793
chrX 3928486
chrX_NW_026527892v1_random 237
chrX_NW_026527894v1_random 660
chrX_NW_026527897v1_random 104
chrY 82973
chrY_NW_026527906v1_random 15
chrY_NW_026527909v1_random 57
chrY_NW_026527911v1_random 344
chrY_NW_026527913v1_random 279
chrY_NW_026527914v1_random 412
chrY_NW_026527915v1_random 19
chrY_NW_026527916v1_random 98
chrY_NW_026527918v1_random 58
chrY_NW_026527919v1_random 345
chrY_NW_026527927v1_random 57
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 96
chrY_NW_026527938v1_random 234
chrY_NW_026527939v1_random 19
chrY_NW_026527942v1_random 475
chrY_NW_026527945v1_random 18
chrY_NW_026527948v1_random 93
chrY_NW_026527949v1_random 77
chrY_NW_026527950v1_random 2642
chrY_NW_026527951v1_random 235
chrY_NW_026527955v1_random 231
chrY_NW_026527956v1_random 4950
chrY_NW_026527958v1_random 2028
chrY_NW_026527960v1_random 91
chrY_NW_026527961v1_random 392
chrY_NW_026527966v1_random 27533
chrY_NW_026527967v1_random 299
chrY_NW_026527968v1_random 1637
chrY_NW_026527969v1_random 138
chrY_NW_026527974v1_random 81
chrY_NW_026527980v1_random 46

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 204690967 1 5043 146.63 142
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0018_2.gz 1.88 GB 61e0d9e3f8e54a2a735fbd48d58319ea
P0018_2.gz.tbi 1007.17 KB 5ff5d186a0b63e6b2d96afa08e147663
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 4b54d2d5583694ac653d417ee6959f8d
statistics/