Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0021_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0021_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0021_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0021_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGTTGCATCATTAGTG-P0021_2, GTGCGGTTCCTCGATC-P0021_2, GGCGGTTTCGGTTTGG-P0021_2, CATGAGGCAAACCCTA-P0021_2, GTACAATGTTACCGGG-P0021_2 (top 5 of 2230 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
81,991,837
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 81991837
chr1 6399201
chr2 5456262
chr3 3960094
chr4 4476736
chr5 6768714
chr6 4206114
chr7 5374064
chr8 3209401
chr9 4086054
chr10 4470389
chr11 4339429
chr12 4259848
chr13 3194734
chr14 3085185
chr15 3235784
chr16 2445922
chr17 1849243
chr18 1575781
chr19 1682165
chr20 1575710
chr21 1226396
chr22 3353615
chrUn_NW_026528016v1 20
chrUn_NW_026528017v1 166
chrUn_NW_026528021v1 337
chrUn_NW_026528026v1 235
chrUn_NW_026528029v1 258
chrUn_NW_026528038v1 262
chrUn_NW_026528039v1 428
chrUn_NW_026528065v1 99
chrUn_NW_026528075v1 97
chrUn_NW_026528103v1 22
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 35
chrUn_NW_026528140v1 226
chrUn_NW_026528210v1 28
chrUn_NW_026528215v1 131
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 10
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 27
chrUn_NW_026528226v1 42
chrUn_NW_026528228v1 83
chrUn_NW_026528230v1 91
chrUn_NW_026528232v1 737
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 294
chrUn_NW_026528285v1 17
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 104
chrUn_NW_026528296v1 5437
chrUn_NW_026528310v1 70
chrUn_NW_026528320v1 19
chrUn_NW_026528327v1 13
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 17
chrUn_NW_026528339v1 19
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 7
chrUn_NW_026528350v1 11
chrUn_NW_026528353v1 21
chrUn_NW_026528356v1 13
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 111
chrUn_NW_026528370v1 62
chrUn_NW_026528371v1 399
chrUn_NW_026528372v1 219
chrUn_NW_026528373v1 462
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 12
chrUn_NW_026528385v1 26
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 4
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 31
chrUn_NW_026528431v1 131
chrUn_NW_026528432v1 346
chrUn_NW_026528433v1 1795
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 260
chrUn_NW_026528558v1 1122
chrUn_NW_026528559v1 44
chrUn_NW_026528561v1 146
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 5
chrUn_NW_026528590v1 775
chrUn_NW_026528596v1 841
chrUn_NW_026528609v1 20
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 42
chrUn_NW_026528631v1 116
chrUn_NW_026528634v1 100
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 4
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 7
chrUn_NW_026528677v1 15
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 295
chrUn_NW_026528737v1 57
chrUn_NW_026528739v1 13
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 2
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 64
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 4
chrUn_NW_026528785v1 11
chrUn_NW_026528786v1 11
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528793v1 53
chrUn_NW_026528795v1 28
chrUn_NW_026528796v1 71
chrUn_NW_026528797v1 1087
chrUn_NW_026528798v1 562
chrUn_NW_026528799v1 165
chrUn_NW_026528880v1 16
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 47
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 29
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 262
chrUn_NW_026528896v1 4
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 72
chrUn_NW_026528902v1 95
chrUn_NW_026528903v1 355
chrUn_NW_026528917v1 148
chrUn_NW_026528926v1 28
chrUn_NW_026528928v1 452
chrUn_NW_026528937v1 47
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 10
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 582
chrUn_NW_026528960v1 145
chrUn_NW_026528975v1 91
chrUn_NW_026528984v1 32
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 7
chrUn_NW_026528988v1 63
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 6
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528996v1 14
chrUn_NW_026529007v1 195
chrUn_NW_026529008v1 1922
chrUn_NW_026529013v1 38
chrUn_NW_026529015v1 67
chrUn_NW_026529016v1 539
chrUn_NW_026529060v1 718
chrUn_NW_026529081v1 212
chrUn_NW_026529085v1 614
chrX 1685083
chrX_NW_026527892v1_random 131
chrX_NW_026527894v1_random 324
chrX_NW_026527897v1_random 54
chrY 33827
chrY_NW_026527906v1_random 7
chrY_NW_026527909v1_random 30
chrY_NW_026527911v1_random 92
chrY_NW_026527913v1_random 170
chrY_NW_026527914v1_random 178
chrY_NW_026527915v1_random 9
chrY_NW_026527916v1_random 41
chrY_NW_026527918v1_random 37
chrY_NW_026527919v1_random 97
chrY_NW_026527927v1_random 22
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 46
chrY_NW_026527938v1_random 216
chrY_NW_026527939v1_random 6
chrY_NW_026527942v1_random 322
chrY_NW_026527945v1_random 7
chrY_NW_026527948v1_random 43
chrY_NW_026527949v1_random 67
chrY_NW_026527950v1_random 539
chrY_NW_026527951v1_random 76
chrY_NW_026527955v1_random 94
chrY_NW_026527956v1_random 1085
chrY_NW_026527958v1_random 557
chrY_NW_026527960v1_random 39
chrY_NW_026527961v1_random 128
chrY_NW_026527966v1_random 10649
chrY_NW_026527967v1_random 131
chrY_NW_026527968v1_random 725
chrY_NW_026527969v1_random 47
chrY_NW_026527974v1_random 35
chrY_NW_026527980v1_random 28

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 81991837 1 5038 174.18 135
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0021_2.h5ad.gz 777.82 MB a51c733e4858641ebb0d87cd315500da
P0021_2.h5ad.gz.tbi 691.0 KB 5f77d7be1e1affa09a823133e1bb38d2
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 1f97cec79e119759756069db6d69e556
statistics/