Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0021_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0021_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0021_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0021_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GGTTGCATCATTAGTG-P0021_2, GTGGCTTCATGAATCT-P0021_2, CTCATGACATAATCGT-P0021_2, GTGCGGTTCCTCGATC-P0021_2, ACGACAAAGCTAATCA-P0021_2 (top 5 of 4730 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
202,684,640
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 202684640
chr1 15935838
chr2 13623808
chr3 9931848
chr4 10989021
chr5 16616804
chr6 10580370
chr7 13361532
chr8 8033034
chr9 10008433
chr10 10736037
chr11 10705625
chr12 10481691
chr13 7845850
chr14 7688599
chr15 8229455
chr16 6143929
chr17 4547578
chr18 3831704
chr19 4225183
chr20 3827518
chr21 3062236
chr22 7896297
chrUn_NW_026528016v1 36
chrUn_NW_026528017v1 541
chrUn_NW_026528021v1 801
chrUn_NW_026528026v1 615
chrUn_NW_026528029v1 596
chrUn_NW_026528038v1 643
chrUn_NW_026528039v1 1080
chrUn_NW_026528065v1 245
chrUn_NW_026528075v1 247
chrUn_NW_026528103v1 56
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 97
chrUn_NW_026528140v1 715
chrUn_NW_026528210v1 115
chrUn_NW_026528215v1 343
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 18
chrUn_NW_026528219v1 29
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 8
chrUn_NW_026528224v1 15
chrUn_NW_026528225v1 92
chrUn_NW_026528226v1 146
chrUn_NW_026528228v1 208
chrUn_NW_026528230v1 404
chrUn_NW_026528232v1 1936
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 806
chrUn_NW_026528285v1 58
chrUn_NW_026528292v1 14
chrUn_NW_026528295v1 249
chrUn_NW_026528296v1 14272
chrUn_NW_026528310v1 163
chrUn_NW_026528320v1 42
chrUn_NW_026528327v1 27
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 28
chrUn_NW_026528338v1 38
chrUn_NW_026528339v1 47
chrUn_NW_026528345v1 21
chrUn_NW_026528347v1 17
chrUn_NW_026528350v1 31
chrUn_NW_026528353v1 54
chrUn_NW_026528356v1 28
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 264
chrUn_NW_026528370v1 155
chrUn_NW_026528371v1 1074
chrUn_NW_026528372v1 519
chrUn_NW_026528373v1 917
chrUn_NW_026528378v1 12
chrUn_NW_026528380v1 16
chrUn_NW_026528381v1 4
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 44
chrUn_NW_026528385v1 64
chrUn_NW_026528390v1 82
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 9
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 7
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 13
chrUn_NW_026528409v1 9
chrUn_NW_026528412v1 20
chrUn_NW_026528413v1 20
chrUn_NW_026528416v1 12
chrUn_NW_026528419v1 6
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 87
chrUn_NW_026528431v1 356
chrUn_NW_026528432v1 803
chrUn_NW_026528433v1 3283
chrUn_NW_026528440v1 5
chrUn_NW_026528471v1 4
chrUn_NW_026528480v1 603
chrUn_NW_026528558v1 2394
chrUn_NW_026528559v1 114
chrUn_NW_026528561v1 411
chrUn_NW_026528588v1 41
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 2233
chrUn_NW_026528596v1 2454
chrUn_NW_026528609v1 64
chrUn_NW_026528611v1 9
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 97
chrUn_NW_026528631v1 338
chrUn_NW_026528634v1 247
chrUn_NW_026528635v1 11
chrUn_NW_026528644v1 11
chrUn_NW_026528650v1 28
chrUn_NW_026528656v1 8
chrUn_NW_026528660v1 5
chrUn_NW_026528661v1 16
chrUn_NW_026528668v1 18
chrUn_NW_026528670v1 5
chrUn_NW_026528677v1 24
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 692
chrUn_NW_026528737v1 118
chrUn_NW_026528739v1 44
chrUn_NW_026528740v1 2
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 20
chrUn_NW_026528748v1 7
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 9
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 9
chrUn_NW_026528754v1 7
chrUn_NW_026528755v1 136
chrUn_NW_026528772v1 31
chrUn_NW_026528775v1 26
chrUn_NW_026528777v1 11
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 21
chrUn_NW_026528786v1 46
chrUn_NW_026528788v1 18
chrUn_NW_026528791v1 8
chrUn_NW_026528792v1 5
chrUn_NW_026528793v1 170
chrUn_NW_026528795v1 83
chrUn_NW_026528796v1 217
chrUn_NW_026528797v1 2946
chrUn_NW_026528798v1 1093
chrUn_NW_026528799v1 275
chrUn_NW_026528880v1 39
chrUn_NW_026528882v1 21
chrUn_NW_026528883v1 5
chrUn_NW_026528884v1 11
chrUn_NW_026528885v1 10
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 167
chrUn_NW_026528888v1 46
chrUn_NW_026528889v1 38
chrUn_NW_026528891v1 89
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 660
chrUn_NW_026528896v1 6
chrUn_NW_026528899v1 45
chrUn_NW_026528900v1 247
chrUn_NW_026528902v1 292
chrUn_NW_026528903v1 1416
chrUn_NW_026528917v1 301
chrUn_NW_026528926v1 95
chrUn_NW_026528928v1 1101
chrUn_NW_026528937v1 99
chrUn_NW_026528938v1 21
chrUn_NW_026528950v1 20
chrUn_NW_026528952v1 8
chrUn_NW_026528957v1 1290
chrUn_NW_026528960v1 301
chrUn_NW_026528975v1 180
chrUn_NW_026528984v1 85
chrUn_NW_026528985v1 10
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 20
chrUn_NW_026528988v1 144
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528992v1 26
chrUn_NW_026528994v1 15
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 64
chrUn_NW_026529007v1 461
chrUn_NW_026529008v1 4970
chrUn_NW_026529013v1 70
chrUn_NW_026529015v1 143
chrUn_NW_026529016v1 1270
chrUn_NW_026529060v1 1874
chrUn_NW_026529081v1 827
chrUn_NW_026529085v1 2228
chrX 4190029
chrX_NW_026527892v1_random 331
chrX_NW_026527894v1_random 770
chrX_NW_026527897v1_random 151
chrY 88992
chrY_NW_026527906v1_random 23
chrY_NW_026527909v1_random 93
chrY_NW_026527911v1_random 341
chrY_NW_026527913v1_random 421
chrY_NW_026527914v1_random 500
chrY_NW_026527915v1_random 28
chrY_NW_026527916v1_random 127
chrY_NW_026527918v1_random 96
chrY_NW_026527919v1_random 284
chrY_NW_026527927v1_random 59
chrY_NW_026527928v1_random 5
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 154
chrY_NW_026527938v1_random 561
chrY_NW_026527939v1_random 29
chrY_NW_026527942v1_random 788
chrY_NW_026527945v1_random 27
chrY_NW_026527948v1_random 122
chrY_NW_026527949v1_random 147
chrY_NW_026527950v1_random 1440
chrY_NW_026527951v1_random 212
chrY_NW_026527955v1_random 284
chrY_NW_026527956v1_random 2339
chrY_NW_026527958v1_random 1255
chrY_NW_026527960v1_random 103
chrY_NW_026527961v1_random 392
chrY_NW_026527966v1_random 22237
chrY_NW_026527967v1_random 478
chrY_NW_026527968v1_random 2400
chrY_NW_026527969v1_random 150
chrY_NW_026527974v1_random 101
chrY_NW_026527980v1_random 83

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 202684640 1 5041 181.49 148
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0021_2.gz 1.87 GB cb3d6c5ef5b519ed9bd3ae8212bab989
P0021_2.gz.tbi 1.0 MB 7587035a34013b6d9e9260edb0f60793
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 91ae0a185157eb54e43e5a52bbcef1cb
statistics/