Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0021_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0021_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0021_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0021_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TAGTTTGAGGTTACAC-P0021_4, AATCCATCATAGCTTG-P0021_4, ACCTAAATCGTTACAA-P0021_4, GTTAAGCTCACTCAAA-P0021_4, CTACTTAGTCGACTAA-P0021_4 (top 5 of 2257 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
39,750,944
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 39750944
chr1 3140626
chr2 2644385
chr3 1950856
chr4 2160625
chr5 3220755
chr6 2042635
chr7 2579130
chr8 1566542
chr9 1973725
chr10 2160386
chr11 2120951
chr12 2059141
chr13 1536959
chr14 1501817
chr15 1560910
chr16 1194196
chr17 916455
chr18 773194
chr19 812594
chr20 769497
chr21 599362
chr22 1611459
chrUn_NW_026528016v1 9
chrUn_NW_026528017v1 124
chrUn_NW_026528021v1 179
chrUn_NW_026528026v1 104
chrUn_NW_026528029v1 136
chrUn_NW_026528038v1 109
chrUn_NW_026528039v1 166
chrUn_NW_026528065v1 61
chrUn_NW_026528075v1 51
chrUn_NW_026528103v1 11
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 15
chrUn_NW_026528140v1 151
chrUn_NW_026528210v1 22
chrUn_NW_026528215v1 70
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 6
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 20
chrUn_NW_026528226v1 25
chrUn_NW_026528228v1 34
chrUn_NW_026528230v1 50
chrUn_NW_026528232v1 364
chrUn_NW_026528278v1 129
chrUn_NW_026528285v1 10
chrUn_NW_026528292v1 6
chrUn_NW_026528295v1 54
chrUn_NW_026528296v1 2604
chrUn_NW_026528310v1 29
chrUn_NW_026528320v1 11
chrUn_NW_026528327v1 7
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 6
chrUn_NW_026528338v1 7
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 4
chrUn_NW_026528347v1 4
chrUn_NW_026528350v1 4
chrUn_NW_026528353v1 8
chrUn_NW_026528356v1 2
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 70
chrUn_NW_026528370v1 39
chrUn_NW_026528371v1 168
chrUn_NW_026528372v1 78
chrUn_NW_026528373v1 195
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 9
chrUn_NW_026528385v1 11
chrUn_NW_026528390v1 10
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528397v1 2
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 13
chrUn_NW_026528431v1 53
chrUn_NW_026528432v1 174
chrUn_NW_026528433v1 962
chrUn_NW_026528480v1 103
chrUn_NW_026528558v1 434
chrUn_NW_026528559v1 28
chrUn_NW_026528561v1 58
chrUn_NW_026528588v1 2
chrUn_NW_026528589v1 6
chrUn_NW_026528590v1 411
chrUn_NW_026528596v1 491
chrUn_NW_026528609v1 9
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 2
chrUn_NW_026528621v1 13
chrUn_NW_026528631v1 42
chrUn_NW_026528634v1 57
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 4
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 128
chrUn_NW_026528737v1 23
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 7
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 27
chrUn_NW_026528772v1 5
chrUn_NW_026528775v1 4
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 2
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528793v1 21
chrUn_NW_026528795v1 23
chrUn_NW_026528796v1 52
chrUn_NW_026528797v1 627
chrUn_NW_026528798v1 257
chrUn_NW_026528799v1 62
chrUn_NW_026528880v1 5
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528884v1 5
chrUn_NW_026528887v1 28
chrUn_NW_026528888v1 4
chrUn_NW_026528889v1 2
chrUn_NW_026528891v1 14
chrUn_NW_026528893v1 1
chrUn_NW_026528894v1 150
chrUn_NW_026528899v1 5
chrUn_NW_026528900v1 46
chrUn_NW_026528902v1 46
chrUn_NW_026528903v1 173
chrUn_NW_026528917v1 73
chrUn_NW_026528926v1 25
chrUn_NW_026528928v1 196
chrUn_NW_026528937v1 15
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 245
chrUn_NW_026528960v1 58
chrUn_NW_026528975v1 41
chrUn_NW_026528984v1 7
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 24
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528992v1 4
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 7
chrUn_NW_026529007v1 98
chrUn_NW_026529008v1 1069
chrUn_NW_026529013v1 17
chrUn_NW_026529015v1 22
chrUn_NW_026529016v1 227
chrUn_NW_026529060v1 348
chrUn_NW_026529081v1 116
chrUn_NW_026529085v1 276
chrX 817112
chrX_NW_026527892v1_random 65
chrX_NW_026527894v1_random 140
chrX_NW_026527897v1_random 27
chrY 16750
chrY_NW_026527906v1_random 4
chrY_NW_026527909v1_random 18
chrY_NW_026527911v1_random 38
chrY_NW_026527913v1_random 76
chrY_NW_026527914v1_random 67
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 35
chrY_NW_026527918v1_random 17
chrY_NW_026527919v1_random 54
chrY_NW_026527927v1_random 10
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 18
chrY_NW_026527938v1_random 123
chrY_NW_026527939v1_random 4
chrY_NW_026527942v1_random 129
chrY_NW_026527945v1_random 3
chrY_NW_026527948v1_random 23
chrY_NW_026527949v1_random 22
chrY_NW_026527950v1_random 326
chrY_NW_026527951v1_random 25
chrY_NW_026527955v1_random 47
chrY_NW_026527956v1_random 786
chrY_NW_026527958v1_random 333
chrY_NW_026527960v1_random 20
chrY_NW_026527961v1_random 86
chrY_NW_026527966v1_random 5167
chrY_NW_026527967v1_random 59
chrY_NW_026527968v1_random 376
chrY_NW_026527969v1_random 19
chrY_NW_026527974v1_random 16
chrY_NW_026527980v1_random 9

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 39750944 1 5032 141.18 107
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0021_4.h5ad.gz 398.46 MB e78039874d8abe50fa8c373b1b5d4b52
P0021_4.h5ad.gz.tbi 583.52 KB 7599a876671ff452f188c1279c466522
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 0e887b481693d333b318c8a305c51093
statistics/