Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0021_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0021_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0021_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0021_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GAGGAGGCAAGGTCCT-P0021_4, TAGTTTGAGGTTACAC-P0021_4, CGTAACTAGACAACAG-P0021_4, AAGTGTTGTACCGAAC-P0021_4, AATCCATCATAGCTTG-P0021_4 (top 5 of 4883 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
105,293,473
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 105293473
chr1 8317782
chr2 7044876
chr3 5338186
chr4 5765382
chr5 8436257
chr6 5508925
chr7 6866404
chr8 4273907
chr9 5202139
chr10 5552408
chr11 5533721
chr12 5408630
chr13 4116274
chr14 3992067
chr15 4224140
chr16 3241693
chr17 2417386
chr18 1975023
chr19 2175924
chr20 2013044
chr21 1625443
chr22 3963281
chrUn_NW_026528016v1 25
chrUn_NW_026528017v1 318
chrUn_NW_026528021v1 458
chrUn_NW_026528026v1 274
chrUn_NW_026528029v1 326
chrUn_NW_026528038v1 310
chrUn_NW_026528039v1 529
chrUn_NW_026528065v1 146
chrUn_NW_026528075v1 138
chrUn_NW_026528103v1 31
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 49
chrUn_NW_026528140v1 409
chrUn_NW_026528210v1 74
chrUn_NW_026528215v1 190
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 4
chrUn_NW_026528219v1 29
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 7
chrUn_NW_026528225v1 56
chrUn_NW_026528226v1 80
chrUn_NW_026528228v1 90
chrUn_NW_026528230v1 189
chrUn_NW_026528232v1 959
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 369
chrUn_NW_026528285v1 31
chrUn_NW_026528292v1 15
chrUn_NW_026528295v1 120
chrUn_NW_026528296v1 7115
chrUn_NW_026528310v1 88
chrUn_NW_026528320v1 26
chrUn_NW_026528327v1 24
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 15
chrUn_NW_026528339v1 23
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 8
chrUn_NW_026528350v1 12
chrUn_NW_026528353v1 19
chrUn_NW_026528356v1 14
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 158
chrUn_NW_026528370v1 84
chrUn_NW_026528371v1 500
chrUn_NW_026528372v1 200
chrUn_NW_026528373v1 462
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 18
chrUn_NW_026528385v1 38
chrUn_NW_026528390v1 40
chrUn_NW_026528393v1 17
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 6
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 38
chrUn_NW_026528431v1 159
chrUn_NW_026528432v1 468
chrUn_NW_026528433v1 1753
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 259
chrUn_NW_026528558v1 1117
chrUn_NW_026528559v1 80
chrUn_NW_026528561v1 174
chrUn_NW_026528588v1 9
chrUn_NW_026528589v1 16
chrUn_NW_026528590v1 1205
chrUn_NW_026528596v1 1420
chrUn_NW_026528609v1 20
chrUn_NW_026528611v1 6
chrUn_NW_026528615v1 15
chrUn_NW_026528621v1 25
chrUn_NW_026528631v1 171
chrUn_NW_026528634v1 148
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 14
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528677v1 12
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 344
chrUn_NW_026528737v1 53
chrUn_NW_026528739v1 18
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 16
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 9
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 82
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 13
chrUn_NW_026528786v1 20
chrUn_NW_026528788v1 4
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 64
chrUn_NW_026528795v1 55
chrUn_NW_026528796v1 133
chrUn_NW_026528797v1 1759
chrUn_NW_026528798v1 510
chrUn_NW_026528799v1 123
chrUn_NW_026528880v1 14
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 4
chrUn_NW_026528887v1 84
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 7
chrUn_NW_026528891v1 33
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 337
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 15
chrUn_NW_026528900v1 138
chrUn_NW_026528902v1 145
chrUn_NW_026528903v1 770
chrUn_NW_026528917v1 148
chrUn_NW_026528926v1 56
chrUn_NW_026528928v1 549
chrUn_NW_026528937v1 55
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 16
chrUn_NW_026528952v1 7
chrUn_NW_026528957v1 676
chrUn_NW_026528960v1 165
chrUn_NW_026528975v1 104
chrUn_NW_026528984v1 44
chrUn_NW_026528985v1 9
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 2
chrUn_NW_026528988v1 73
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 2
chrUn_NW_026528992v1 12
chrUn_NW_026528994v1 5
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 18
chrUn_NW_026529007v1 233
chrUn_NW_026529008v1 2542
chrUn_NW_026529013v1 37
chrUn_NW_026529015v1 70
chrUn_NW_026529016v1 620
chrUn_NW_026529060v1 923
chrUn_NW_026529081v1 455
chrUn_NW_026529085v1 1140
chrX 2202067
chrX_NW_026527892v1_random 179
chrX_NW_026527894v1_random 385
chrX_NW_026527897v1_random 81
chrY 46270
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 60
chrY_NW_026527911v1_random 150
chrY_NW_026527913v1_random 215
chrY_NW_026527914v1_random 251
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 83
chrY_NW_026527918v1_random 55
chrY_NW_026527919v1_random 138
chrY_NW_026527927v1_random 31
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527932v1_random 73
chrY_NW_026527938v1_random 297
chrY_NW_026527939v1_random 12
chrY_NW_026527942v1_random 421
chrY_NW_026527945v1_random 19
chrY_NW_026527948v1_random 60
chrY_NW_026527949v1_random 69
chrY_NW_026527950v1_random 767
chrY_NW_026527951v1_random 77
chrY_NW_026527955v1_random 145
chrY_NW_026527956v1_random 1424
chrY_NW_026527958v1_random 616
chrY_NW_026527960v1_random 58
chrY_NW_026527961v1_random 242
chrY_NW_026527966v1_random 10601
chrY_NW_026527967v1_random 227
chrY_NW_026527968v1_random 1151
chrY_NW_026527969v1_random 68
chrY_NW_026527974v1_random 53
chrY_NW_026527980v1_random 35

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 105293473 1 5032 144.87 112
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0021_4.gz 1.03 GB e177e4b3f6f04dd7b4d5e8f543be6234
P0021_4.gz.tbi 790.37 KB 11b56e63dee52f7ef35f37482ca76599
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 0620ce8bc2c86e52b1a7e2028608f195
statistics/