Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTGGAGCATTGACAT-P0022_1, TCAGTAATCCTACCTA-P0022_1, CAGCCTAAGATGCCTG-P0022_1, GTTTATCTCAGGCTAT-P0022_1, AGAATCTGTGTAACCA-P0022_1 (top 5 of 1587 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
84,694,513
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 84694513
chr1 6626506
chr2 5558863
chr3 4009770
chr4 4712546
chr5 6966585
chr6 4239536
chr7 5548626
chr8 3398451
chr9 4195094
chr10 4626382
chr11 4547422
chr12 4511870
chr13 3302466
chr14 3276725
chr15 3295623
chr16 2443569
chr17 1896271
chr18 1630848
chr19 1772335
chr20 1669794
chr21 1217956
chr22 3509598
chrUn_NW_026528016v1 15
chrUn_NW_026528017v1 187
chrUn_NW_026528021v1 220
chrUn_NW_026528026v1 218
chrUn_NW_026528029v1 217
chrUn_NW_026528038v1 209
chrUn_NW_026528039v1 361
chrUn_NW_026528065v1 158
chrUn_NW_026528075v1 78
chrUn_NW_026528103v1 21
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 19
chrUn_NW_026528140v1 330
chrUn_NW_026528210v1 47
chrUn_NW_026528215v1 201
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 29
chrUn_NW_026528226v1 53
chrUn_NW_026528228v1 50
chrUn_NW_026528230v1 157
chrUn_NW_026528232v1 891
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 277
chrUn_NW_026528285v1 17
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 75
chrUn_NW_026528296v1 5369
chrUn_NW_026528310v1 45
chrUn_NW_026528320v1 16
chrUn_NW_026528327v1 13
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 19
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 4
chrUn_NW_026528353v1 13
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 69
chrUn_NW_026528370v1 117
chrUn_NW_026528371v1 398
chrUn_NW_026528372v1 132
chrUn_NW_026528373v1 278
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 41
chrUn_NW_026528390v1 24
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 6
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 2
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 6
chrUn_NW_026528423v1 30
chrUn_NW_026528431v1 93
chrUn_NW_026528432v1 260
chrUn_NW_026528433v1 2914
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 153
chrUn_NW_026528558v1 678
chrUn_NW_026528559v1 27
chrUn_NW_026528561v1 131
chrUn_NW_026528588v1 19
chrUn_NW_026528589v1 16
chrUn_NW_026528590v1 1080
chrUn_NW_026528596v1 862
chrUn_NW_026528609v1 14
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 29
chrUn_NW_026528631v1 179
chrUn_NW_026528634v1 130
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 16
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 197
chrUn_NW_026528737v1 39
chrUn_NW_026528739v1 17
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 4
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 55
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 13
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 4
chrUn_NW_026528793v1 41
chrUn_NW_026528795v1 20
chrUn_NW_026528796v1 62
chrUn_NW_026528797v1 1167
chrUn_NW_026528798v1 612
chrUn_NW_026528799v1 167
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 45
chrUn_NW_026528888v1 15
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 33
chrUn_NW_026528893v1 10
chrUn_NW_026528894v1 361
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 73
chrUn_NW_026528902v1 105
chrUn_NW_026528903v1 389
chrUn_NW_026528917v1 91
chrUn_NW_026528926v1 27
chrUn_NW_026528928v1 321
chrUn_NW_026528937v1 39
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 417
chrUn_NW_026528960v1 282
chrUn_NW_026528975v1 61
chrUn_NW_026528984v1 33
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 61
chrUn_NW_026528989v1 6
chrUn_NW_026528992v1 8
chrUn_NW_026528994v1 7
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 264
chrUn_NW_026529008v1 1969
chrUn_NW_026529013v1 33
chrUn_NW_026529015v1 44
chrUn_NW_026529016v1 427
chrUn_NW_026529060v1 756
chrUn_NW_026529081v1 233
chrUn_NW_026529085v1 659
chrX 1658517
chrX_NW_026527892v1_random 103
chrX_NW_026527894v1_random 283
chrX_NW_026527897v1_random 69
chrY 33592
chrY_NW_026527906v1_random 8
chrY_NW_026527909v1_random 34
chrY_NW_026527911v1_random 101
chrY_NW_026527913v1_random 141
chrY_NW_026527914v1_random 170
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 46
chrY_NW_026527918v1_random 36
chrY_NW_026527919v1_random 134
chrY_NW_026527927v1_random 21
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 45
chrY_NW_026527938v1_random 179
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 229
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 41
chrY_NW_026527949v1_random 93
chrY_NW_026527950v1_random 521
chrY_NW_026527951v1_random 58
chrY_NW_026527955v1_random 113
chrY_NW_026527956v1_random 1828
chrY_NW_026527958v1_random 962
chrY_NW_026527960v1_random 38
chrY_NW_026527961v1_random 174
chrY_NW_026527966v1_random 12304
chrY_NW_026527967v1_random 174
chrY_NW_026527968v1_random 962
chrY_NW_026527969v1_random 43
chrY_NW_026527974v1_random 42
chrY_NW_026527980v1_random 35

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 84694513 1 5039 205.51 174
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_1.h5ad.gz 784.07 MB 6d6108c8884b40df2426bab635272961
P0022_1.h5ad.gz.tbi 698.28 KB d66a2828b415508043f52c13ef42f26f
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 83399d7adb9855526e0df453aa9bac6b
statistics/