Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGTGGAGCATTGACAT-P0022_1, TCAGTAATCCTACCTA-P0022_1, TGTAACTCACAACAAA-P0022_1, CAGCCTAAGATGCCTG-P0022_1, GTTTATCTCAGGCTAT-P0022_1 (top 5 of 1606 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
86,472,231
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 86472231
chr1 6764990
chr2 5682801
chr3 4100204
chr4 4813339
chr5 7109743
chr6 4335284
chr7 5664426
chr8 3470575
chr9 4282642
chr10 4718914
chr11 4639965
chr12 4601713
chr13 3372193
chr14 3347660
chr15 3367742
chr16 2497045
chr17 1938692
chr18 1665627
chr19 1809467
chr20 1703089
chr21 1244707
chr22 3566620
chrUn_NW_026528016v1 15
chrUn_NW_026528017v1 191
chrUn_NW_026528021v1 222
chrUn_NW_026528026v1 225
chrUn_NW_026528029v1 223
chrUn_NW_026528038v1 217
chrUn_NW_026528039v1 370
chrUn_NW_026528065v1 162
chrUn_NW_026528075v1 82
chrUn_NW_026528103v1 21
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 20
chrUn_NW_026528140v1 334
chrUn_NW_026528210v1 47
chrUn_NW_026528215v1 206
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 14
chrUn_NW_026528220v1 4
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 30
chrUn_NW_026528226v1 55
chrUn_NW_026528228v1 53
chrUn_NW_026528230v1 174
chrUn_NW_026528232v1 905
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 283
chrUn_NW_026528285v1 19
chrUn_NW_026528292v1 9
chrUn_NW_026528295v1 79
chrUn_NW_026528296v1 5495
chrUn_NW_026528310v1 46
chrUn_NW_026528320v1 18
chrUn_NW_026528327v1 13
chrUn_NW_026528332v1 8
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 11
chrUn_NW_026528339v1 20
chrUn_NW_026528345v1 7
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 4
chrUn_NW_026528353v1 13
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 73
chrUn_NW_026528370v1 120
chrUn_NW_026528371v1 412
chrUn_NW_026528372v1 137
chrUn_NW_026528373v1 295
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 41
chrUn_NW_026528390v1 28
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528402v1 6
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528404v1 3
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 3
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 5
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 6
chrUn_NW_026528423v1 31
chrUn_NW_026528431v1 97
chrUn_NW_026528432v1 267
chrUn_NW_026528433v1 2972
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 155
chrUn_NW_026528558v1 703
chrUn_NW_026528559v1 29
chrUn_NW_026528561v1 138
chrUn_NW_026528588v1 19
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 1102
chrUn_NW_026528596v1 879
chrUn_NW_026528609v1 14
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 13
chrUn_NW_026528621v1 30
chrUn_NW_026528631v1 182
chrUn_NW_026528634v1 135
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 16
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 8
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 203
chrUn_NW_026528737v1 41
chrUn_NW_026528739v1 17
chrUn_NW_026528745v1 5
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 2
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 1
chrUn_NW_026528755v1 58
chrUn_NW_026528772v1 17
chrUn_NW_026528775v1 13
chrUn_NW_026528777v1 4
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 5
chrUn_NW_026528793v1 41
chrUn_NW_026528795v1 20
chrUn_NW_026528796v1 64
chrUn_NW_026528797v1 1215
chrUn_NW_026528798v1 615
chrUn_NW_026528799v1 168
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 5
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 47
chrUn_NW_026528888v1 15
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 34
chrUn_NW_026528893v1 10
chrUn_NW_026528894v1 363
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 10
chrUn_NW_026528900v1 77
chrUn_NW_026528902v1 108
chrUn_NW_026528903v1 400
chrUn_NW_026528917v1 97
chrUn_NW_026528926v1 28
chrUn_NW_026528928v1 334
chrUn_NW_026528937v1 39
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 432
chrUn_NW_026528960v1 282
chrUn_NW_026528975v1 64
chrUn_NW_026528984v1 34
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 5
chrUn_NW_026528988v1 63
chrUn_NW_026528989v1 6
chrUn_NW_026528992v1 8
chrUn_NW_026528994v1 7
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 17
chrUn_NW_026529007v1 267
chrUn_NW_026529008v1 2003
chrUn_NW_026529013v1 33
chrUn_NW_026529015v1 46
chrUn_NW_026529016v1 436
chrUn_NW_026529060v1 768
chrUn_NW_026529081v1 239
chrUn_NW_026529085v1 678
chrX 1693721
chrX_NW_026527892v1_random 104
chrX_NW_026527894v1_random 286
chrX_NW_026527897v1_random 69
chrY 34514
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 34
chrY_NW_026527911v1_random 104
chrY_NW_026527913v1_random 144
chrY_NW_026527914v1_random 177
chrY_NW_026527915v1_random 8
chrY_NW_026527916v1_random 51
chrY_NW_026527918v1_random 37
chrY_NW_026527919v1_random 139
chrY_NW_026527927v1_random 23
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 49
chrY_NW_026527938v1_random 181
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 239
chrY_NW_026527945v1_random 8
chrY_NW_026527948v1_random 49
chrY_NW_026527949v1_random 93
chrY_NW_026527950v1_random 532
chrY_NW_026527951v1_random 63
chrY_NW_026527955v1_random 114
chrY_NW_026527956v1_random 1844
chrY_NW_026527958v1_random 973
chrY_NW_026527960v1_random 39
chrY_NW_026527961v1_random 178
chrY_NW_026527966v1_random 12506
chrY_NW_026527967v1_random 178
chrY_NW_026527968v1_random 984
chrY_NW_026527969v1_random 43
chrY_NW_026527974v1_random 43
chrY_NW_026527980v1_random 36

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 86472231 1 5039 205.67 174
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_1.gz 800.82 MB 4685ee042b4be2eca5eed2edd075869b
P0022_1.gz.tbi 702.8 KB 744890819057d037835f27c397b1cf03
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 8d29489ed88e816d6d05e88b033f42a1
statistics/