Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATATGCTCACCTCACC-P0022_2, TAATCCGCACGTAATT-P0022_2, GTCTAACAGAGGCTAA-P0022_2, TTGTTGTTCGGTACGC-P0022_2, TGTGGCTCACTGACCG-P0022_2 (top 5 of 2485 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
130,361,799
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 130361799
chr1 10304488
chr2 8654511
chr3 6242612
chr4 7319334
chr5 10518282
chr6 6570328
chr7 8503267
chr8 5299171
chr9 6486114
chr10 7100750
chr11 6984032
chr12 6883065
chr13 5131591
chr14 5071509
chr15 4991574
chr16 3851730
chr17 2922768
chr18 2500990
chr19 2684258
chr20 2544066
chr21 1915395
chr22 5182327
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 305
chrUn_NW_026528021v1 421
chrUn_NW_026528026v1 356
chrUn_NW_026528029v1 332
chrUn_NW_026528038v1 280
chrUn_NW_026528039v1 566
chrUn_NW_026528065v1 205
chrUn_NW_026528075v1 146
chrUn_NW_026528103v1 20
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 60
chrUn_NW_026528140v1 470
chrUn_NW_026528210v1 65
chrUn_NW_026528215v1 291
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 40
chrUn_NW_026528226v1 53
chrUn_NW_026528228v1 108
chrUn_NW_026528230v1 260
chrUn_NW_026528232v1 1480
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 410
chrUn_NW_026528285v1 31
chrUn_NW_026528292v1 21
chrUn_NW_026528295v1 107
chrUn_NW_026528296v1 8329
chrUn_NW_026528310v1 62
chrUn_NW_026528320v1 26
chrUn_NW_026528327v1 16
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 29
chrUn_NW_026528339v1 26
chrUn_NW_026528345v1 5
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 30
chrUn_NW_026528356v1 20
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 135
chrUn_NW_026528370v1 151
chrUn_NW_026528371v1 638
chrUn_NW_026528372v1 190
chrUn_NW_026528373v1 426
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 8
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 18
chrUn_NW_026528385v1 57
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 12
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 51
chrUn_NW_026528431v1 158
chrUn_NW_026528432v1 459
chrUn_NW_026528433v1 3956
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 268
chrUn_NW_026528558v1 1215
chrUn_NW_026528559v1 67
chrUn_NW_026528561v1 193
chrUn_NW_026528588v1 28
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1665
chrUn_NW_026528596v1 1762
chrUn_NW_026528609v1 29
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 30
chrUn_NW_026528631v1 239
chrUn_NW_026528634v1 232
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 10
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 4
chrUn_NW_026528668v1 16
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 284
chrUn_NW_026528737v1 45
chrUn_NW_026528739v1 25
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 16
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 8
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 85
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 11
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 15
chrUn_NW_026528785v1 6
chrUn_NW_026528786v1 20
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 76
chrUn_NW_026528795v1 36
chrUn_NW_026528796v1 102
chrUn_NW_026528797v1 1729
chrUn_NW_026528798v1 847
chrUn_NW_026528799v1 262
chrUn_NW_026528880v1 24
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 69
chrUn_NW_026528888v1 23
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 56
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 692
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 12
chrUn_NW_026528900v1 122
chrUn_NW_026528902v1 195
chrUn_NW_026528903v1 683
chrUn_NW_026528917v1 146
chrUn_NW_026528926v1 54
chrUn_NW_026528928v1 531
chrUn_NW_026528937v1 59
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 715
chrUn_NW_026528960v1 398
chrUn_NW_026528975v1 115
chrUn_NW_026528984v1 61
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 97
chrUn_NW_026528989v1 7
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 15
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 23
chrUn_NW_026529007v1 383
chrUn_NW_026529008v1 2695
chrUn_NW_026529013v1 50
chrUn_NW_026529015v1 79
chrUn_NW_026529016v1 749
chrUn_NW_026529060v1 1118
chrUn_NW_026529081v1 334
chrUn_NW_026529085v1 1019
chrX 2579975
chrX_NW_026527892v1_random 212
chrX_NW_026527894v1_random 382
chrX_NW_026527897v1_random 104
chrY 53542
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 46
chrY_NW_026527911v1_random 194
chrY_NW_026527913v1_random 220
chrY_NW_026527914v1_random 253
chrY_NW_026527915v1_random 24
chrY_NW_026527916v1_random 83
chrY_NW_026527918v1_random 53
chrY_NW_026527919v1_random 200
chrY_NW_026527927v1_random 32
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 88
chrY_NW_026527938v1_random 297
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 412
chrY_NW_026527945v1_random 23
chrY_NW_026527948v1_random 67
chrY_NW_026527949v1_random 118
chrY_NW_026527950v1_random 782
chrY_NW_026527951v1_random 104
chrY_NW_026527955v1_random 193
chrY_NW_026527956v1_random 2074
chrY_NW_026527958v1_random 1090
chrY_NW_026527960v1_random 60
chrY_NW_026527961v1_random 236
chrY_NW_026527966v1_random 15602
chrY_NW_026527967v1_random 285
chrY_NW_026527968v1_random 1539
chrY_NW_026527969v1_random 74
chrY_NW_026527974v1_random 76
chrY_NW_026527980v1_random 40

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 130361799 1 5040 195.06 168
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_2.h5ad.gz 1.2 GB 2073c17a626b812bab052ff9c2504179
P0022_2.h5ad.gz.tbi 828.54 KB ecc1983af0b31f4bf6f14de2d082a2f4
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 7e062341cfc2f01660f733f492cdf4b2
statistics/