Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ATATGCTCACCTCACC-P0022_2, TAATCCGCACGTAATT-P0022_2, GTCTAACAGAGGCTAA-P0022_2, TTGTTGTTCGGTACGC-P0022_2, TGTGGCTCACTGACCG-P0022_2 (top 5 of 2554 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
134,370,892
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 134370892
chr1 10621592
chr2 8926891
chr3 6435553
chr4 7545251
chr5 10839768
chr6 6785602
chr7 8762197
chr8 5461296
chr9 6685927
chr10 7308774
chr11 7189112
chr12 7095161
chr13 5292140
chr14 5232054
chr15 5140202
chr16 3982980
chr17 3016550
chr18 2577807
chr19 2767759
chr20 2622259
chr21 1975947
chr22 5324762
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 312
chrUn_NW_026528021v1 438
chrUn_NW_026528026v1 370
chrUn_NW_026528029v1 341
chrUn_NW_026528038v1 300
chrUn_NW_026528039v1 583
chrUn_NW_026528065v1 208
chrUn_NW_026528075v1 156
chrUn_NW_026528103v1 20
chrUn_NW_026528123v1 3
chrUn_NW_026528125v1 61
chrUn_NW_026528140v1 477
chrUn_NW_026528210v1 67
chrUn_NW_026528215v1 302
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 2
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 41
chrUn_NW_026528226v1 59
chrUn_NW_026528228v1 115
chrUn_NW_026528230v1 270
chrUn_NW_026528232v1 1528
chrUn_NW_026528259v1 3
chrUn_NW_026528278v1 431
chrUn_NW_026528285v1 34
chrUn_NW_026528292v1 21
chrUn_NW_026528295v1 110
chrUn_NW_026528296v1 8561
chrUn_NW_026528310v1 62
chrUn_NW_026528320v1 28
chrUn_NW_026528327v1 16
chrUn_NW_026528332v1 10
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 30
chrUn_NW_026528339v1 26
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 14
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 31
chrUn_NW_026528356v1 20
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 4
chrUn_NW_026528363v1 141
chrUn_NW_026528370v1 153
chrUn_NW_026528371v1 653
chrUn_NW_026528372v1 201
chrUn_NW_026528373v1 452
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 10
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 19
chrUn_NW_026528385v1 59
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 14
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 15
chrUn_NW_026528412v1 12
chrUn_NW_026528413v1 9
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528420v1 5
chrUn_NW_026528423v1 51
chrUn_NW_026528431v1 167
chrUn_NW_026528432v1 480
chrUn_NW_026528433v1 4024
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 277
chrUn_NW_026528558v1 1244
chrUn_NW_026528559v1 71
chrUn_NW_026528561v1 202
chrUn_NW_026528588v1 28
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1710
chrUn_NW_026528596v1 1810
chrUn_NW_026528609v1 29
chrUn_NW_026528611v1 3
chrUn_NW_026528615v1 12
chrUn_NW_026528621v1 30
chrUn_NW_026528631v1 245
chrUn_NW_026528634v1 238
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 10
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 5
chrUn_NW_026528668v1 16
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 9
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 297
chrUn_NW_026528737v1 45
chrUn_NW_026528739v1 26
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 16
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 8
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 86
chrUn_NW_026528772v1 14
chrUn_NW_026528775v1 12
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 15
chrUn_NW_026528785v1 6
chrUn_NW_026528786v1 22
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 81
chrUn_NW_026528795v1 40
chrUn_NW_026528796v1 107
chrUn_NW_026528797v1 1799
chrUn_NW_026528798v1 858
chrUn_NW_026528799v1 265
chrUn_NW_026528880v1 25
chrUn_NW_026528882v1 9
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 6
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528887v1 70
chrUn_NW_026528888v1 24
chrUn_NW_026528889v1 11
chrUn_NW_026528891v1 58
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 713
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 13
chrUn_NW_026528900v1 127
chrUn_NW_026528902v1 200
chrUn_NW_026528903v1 700
chrUn_NW_026528917v1 151
chrUn_NW_026528926v1 55
chrUn_NW_026528928v1 544
chrUn_NW_026528937v1 61
chrUn_NW_026528938v1 6
chrUn_NW_026528950v1 15
chrUn_NW_026528952v1 2
chrUn_NW_026528957v1 739
chrUn_NW_026528960v1 406
chrUn_NW_026528975v1 119
chrUn_NW_026528984v1 63
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 5
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 98
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528990v1 1
chrUn_NW_026528992v1 15
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 24
chrUn_NW_026529007v1 396
chrUn_NW_026529008v1 2813
chrUn_NW_026529013v1 52
chrUn_NW_026529015v1 79
chrUn_NW_026529016v1 772
chrUn_NW_026529060v1 1143
chrUn_NW_026529081v1 350
chrUn_NW_026529085v1 1072
chrX 2658072
chrX_NW_026527892v1_random 221
chrX_NW_026527894v1_random 399
chrX_NW_026527897v1_random 105
chrY 55316
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 47
chrY_NW_026527911v1_random 203
chrY_NW_026527913v1_random 230
chrY_NW_026527914v1_random 266
chrY_NW_026527915v1_random 24
chrY_NW_026527916v1_random 87
chrY_NW_026527918v1_random 53
chrY_NW_026527919v1_random 210
chrY_NW_026527927v1_random 34
chrY_NW_026527928v1_random 7
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 89
chrY_NW_026527938v1_random 301
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 432
chrY_NW_026527945v1_random 25
chrY_NW_026527948v1_random 67
chrY_NW_026527949v1_random 120
chrY_NW_026527950v1_random 810
chrY_NW_026527951v1_random 105
chrY_NW_026527955v1_random 201
chrY_NW_026527956v1_random 2090
chrY_NW_026527958v1_random 1102
chrY_NW_026527960v1_random 62
chrY_NW_026527961v1_random 245
chrY_NW_026527966v1_random 15876
chrY_NW_026527967v1_random 298
chrY_NW_026527968v1_random 1600
chrY_NW_026527969v1_random 74
chrY_NW_026527974v1_random 76
chrY_NW_026527980v1_random 43

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 134370892 1 5040 195.44 169
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_2.gz 1.24 GB cd7343ab17080b1588dbd3b4289c3032
P0022_2.gz.tbi 840.47 KB 0768f52208437a12997f8ec65c3c7ec1
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB a5eeb5548d584cc590e9006c8495afeb
statistics/