Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_3.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_3.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_3.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATGACTTCCCGAACA-P0022_3, CGGTGAACAATTGACT-P0022_3, CAAACACTCATCACTT-P0022_3, TGAAGCAAGTAAGGGC-P0022_3, CCTTCGGTCAAAGGCA-P0022_3 (top 5 of 5463 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
153,007,713
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 153007713
chr1 12265298
chr2 9858181
chr3 6848111
chr4 8323008
chr5 13010470
chr6 7559184
chr7 10024250
chr8 5852181
chr9 7407561
chr10 8376566
chr11 8389726
chr12 8315491
chr13 5658808
chr14 5765313
chr15 5868377
chr16 4315359
chr17 3328496
chr18 3033255
chr19 3256833
chr20 3076715
chr21 2105836
chr22 7325364
chrUn_NW_026528016v1 22
chrUn_NW_026528017v1 215
chrUn_NW_026528021v1 507
chrUn_NW_026528026v1 244
chrUn_NW_026528029v1 423
chrUn_NW_026528038v1 275
chrUn_NW_026528039v1 589
chrUn_NW_026528065v1 339
chrUn_NW_026528075v1 85
chrUn_NW_026528103v1 20
chrUn_NW_026528125v1 29
chrUn_NW_026528140v1 705
chrUn_NW_026528210v1 61
chrUn_NW_026528215v1 217
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 13
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 51
chrUn_NW_026528226v1 159
chrUn_NW_026528228v1 86
chrUn_NW_026528230v1 148
chrUn_NW_026528232v1 1344
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 510
chrUn_NW_026528285v1 50
chrUn_NW_026528292v1 4
chrUn_NW_026528295v1 78
chrUn_NW_026528296v1 11761
chrUn_NW_026528310v1 44
chrUn_NW_026528320v1 21
chrUn_NW_026528327v1 19
chrUn_NW_026528332v1 6
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 27
chrUn_NW_026528339v1 16
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 14
chrUn_NW_026528353v1 13
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 112
chrUn_NW_026528370v1 213
chrUn_NW_026528371v1 735
chrUn_NW_026528372v1 186
chrUn_NW_026528373v1 452
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 3
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 39
chrUn_NW_026528390v1 28
chrUn_NW_026528393v1 19
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 38
chrUn_NW_026528431v1 133
chrUn_NW_026528432v1 317
chrUn_NW_026528433v1 7646
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 181
chrUn_NW_026528558v1 783
chrUn_NW_026528559v1 56
chrUn_NW_026528561v1 165
chrUn_NW_026528588v1 19
chrUn_NW_026528589v1 25
chrUn_NW_026528590v1 1150
chrUn_NW_026528596v1 1100
chrUn_NW_026528609v1 18
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 23
chrUn_NW_026528631v1 246
chrUn_NW_026528634v1 159
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528719v1 222
chrUn_NW_026528737v1 86
chrUn_NW_026528739v1 17
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528752v1 5
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 47
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 12
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 52
chrUn_NW_026528795v1 55
chrUn_NW_026528796v1 82
chrUn_NW_026528797v1 2090
chrUn_NW_026528798v1 1155
chrUn_NW_026528799v1 273
chrUn_NW_026528880v1 34
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 83
chrUn_NW_026528888v1 31
chrUn_NW_026528889v1 17
chrUn_NW_026528891v1 29
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 467
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 128
chrUn_NW_026528902v1 120
chrUn_NW_026528903v1 628
chrUn_NW_026528917v1 195
chrUn_NW_026528926v1 42
chrUn_NW_026528928v1 375
chrUn_NW_026528937v1 36
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 5
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 456
chrUn_NW_026528960v1 379
chrUn_NW_026528975v1 56
chrUn_NW_026528984v1 33
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 77
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528992v1 13
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528996v1 18
chrUn_NW_026529007v1 444
chrUn_NW_026529008v1 3757
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 56
chrUn_NW_026529016v1 476
chrUn_NW_026529060v1 992
chrUn_NW_026529081v1 264
chrUn_NW_026529085v1 924
chrX 2894305
chrX_NW_026527892v1_random 156
chrX_NW_026527894v1_random 358
chrX_NW_026527897v1_random 82
chrY 63141
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 29
chrY_NW_026527911v1_random 157
chrY_NW_026527913v1_random 174
chrY_NW_026527914v1_random 211
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 51
chrY_NW_026527918v1_random 37
chrY_NW_026527919v1_random 234
chrY_NW_026527927v1_random 19
chrY_NW_026527932v1_random 51
chrY_NW_026527938v1_random 189
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 229
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 44
chrY_NW_026527949v1_random 90
chrY_NW_026527950v1_random 1272
chrY_NW_026527951v1_random 89
chrY_NW_026527955v1_random 137
chrY_NW_026527956v1_random 5212
chrY_NW_026527958v1_random 2165
chrY_NW_026527960v1_random 46
chrY_NW_026527961v1_random 160
chrY_NW_026527966v1_random 26880
chrY_NW_026527967v1_random 147
chrY_NW_026527968v1_random 952
chrY_NW_026527969v1_random 62
chrY_NW_026527974v1_random 40
chrY_NW_026527980v1_random 41

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 153007713 1 5041 166.66 148
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_3.h5ad.gz 1.42 GB 6eb7171d44876591193de658e3ad107b
P0022_3.h5ad.gz.tbi 881.77 KB cb2706054d37550a4979b83205c468d8
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB da17c30c1320e89705890913cb48d8ae
statistics/