Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GATGACTTCCCGAACA-P0022_3, CGGTGAACAATTGACT-P0022_3, CAAACACTCATCACTT-P0022_3, TGAAGCAAGTAAGGGC-P0022_3, CCTTCGGTCAAAGGCA-P0022_3 (top 5 of 5597 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
157,898,005
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 157898005
chr1 12645144
chr2 10186033
chr3 7093836
chr4 8601173
chr5 13400274
chr6 7828154
chr7 10332646
chr8 6039822
chr9 7644694
chr10 8636268
chr11 8646928
chr12 8567960
chr13 5856541
chr14 5956492
chr15 6051607
chr16 4465002
chr17 3442696
chr18 3132082
chr19 3354940
chr20 3169702
chr21 2175461
chr22 7525121
chrUn_NW_026528016v1 22
chrUn_NW_026528017v1 235
chrUn_NW_026528021v1 528
chrUn_NW_026528026v1 256
chrUn_NW_026528029v1 431
chrUn_NW_026528038v1 279
chrUn_NW_026528039v1 610
chrUn_NW_026528065v1 339
chrUn_NW_026528075v1 89
chrUn_NW_026528103v1 22
chrUn_NW_026528125v1 31
chrUn_NW_026528140v1 727
chrUn_NW_026528210v1 65
chrUn_NW_026528215v1 228
chrUn_NW_026528217v1 2
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 13
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 4
chrUn_NW_026528225v1 55
chrUn_NW_026528226v1 166
chrUn_NW_026528228v1 91
chrUn_NW_026528230v1 154
chrUn_NW_026528232v1 1380
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 528
chrUn_NW_026528285v1 52
chrUn_NW_026528292v1 6
chrUn_NW_026528295v1 79
chrUn_NW_026528296v1 12096
chrUn_NW_026528310v1 47
chrUn_NW_026528320v1 23
chrUn_NW_026528327v1 20
chrUn_NW_026528332v1 7
chrUn_NW_026528335v1 13
chrUn_NW_026528338v1 27
chrUn_NW_026528339v1 18
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 16
chrUn_NW_026528353v1 14
chrUn_NW_026528356v1 10
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 119
chrUn_NW_026528370v1 216
chrUn_NW_026528371v1 765
chrUn_NW_026528372v1 191
chrUn_NW_026528373v1 468
chrUn_NW_026528378v1 4
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528381v1 3
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 16
chrUn_NW_026528385v1 40
chrUn_NW_026528390v1 29
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 2
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 4
chrUn_NW_026528412v1 4
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 38
chrUn_NW_026528431v1 135
chrUn_NW_026528432v1 334
chrUn_NW_026528433v1 7716
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 191
chrUn_NW_026528558v1 823
chrUn_NW_026528559v1 59
chrUn_NW_026528561v1 174
chrUn_NW_026528588v1 21
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1223
chrUn_NW_026528596v1 1162
chrUn_NW_026528609v1 19
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 18
chrUn_NW_026528621v1 24
chrUn_NW_026528631v1 250
chrUn_NW_026528634v1 164
chrUn_NW_026528635v1 7
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 11
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 247
chrUn_NW_026528737v1 92
chrUn_NW_026528739v1 17
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 1
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 4
chrUn_NW_026528755v1 51
chrUn_NW_026528772v1 12
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 14
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 3
chrUn_NW_026528793v1 56
chrUn_NW_026528795v1 56
chrUn_NW_026528796v1 86
chrUn_NW_026528797v1 2162
chrUn_NW_026528798v1 1195
chrUn_NW_026528799v1 281
chrUn_NW_026528880v1 35
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 86
chrUn_NW_026528888v1 32
chrUn_NW_026528889v1 17
chrUn_NW_026528891v1 31
chrUn_NW_026528893v1 5
chrUn_NW_026528894v1 477
chrUn_NW_026528899v1 8
chrUn_NW_026528900v1 131
chrUn_NW_026528902v1 122
chrUn_NW_026528903v1 687
chrUn_NW_026528917v1 219
chrUn_NW_026528926v1 44
chrUn_NW_026528928v1 393
chrUn_NW_026528937v1 41
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 6
chrUn_NW_026528952v1 5
chrUn_NW_026528957v1 486
chrUn_NW_026528960v1 386
chrUn_NW_026528975v1 59
chrUn_NW_026528984v1 37
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 3
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 79
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528992v1 14
chrUn_NW_026528994v1 6
chrUn_NW_026528996v1 19
chrUn_NW_026529007v1 453
chrUn_NW_026529008v1 3894
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 57
chrUn_NW_026529016v1 496
chrUn_NW_026529060v1 1021
chrUn_NW_026529081v1 282
chrUn_NW_026529085v1 988
chrX 2991556
chrX_NW_026527892v1_random 162
chrX_NW_026527894v1_random 373
chrX_NW_026527897v1_random 84
chrY 65525
chrY_NW_026527906v1_random 6
chrY_NW_026527909v1_random 31
chrY_NW_026527911v1_random 167
chrY_NW_026527913v1_random 183
chrY_NW_026527914v1_random 221
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 54
chrY_NW_026527918v1_random 39
chrY_NW_026527919v1_random 245
chrY_NW_026527927v1_random 20
chrY_NW_026527932v1_random 53
chrY_NW_026527938v1_random 196
chrY_NW_026527939v1_random 14
chrY_NW_026527942v1_random 238
chrY_NW_026527945v1_random 9
chrY_NW_026527948v1_random 45
chrY_NW_026527949v1_random 92
chrY_NW_026527950v1_random 1342
chrY_NW_026527951v1_random 92
chrY_NW_026527955v1_random 150
chrY_NW_026527956v1_random 5301
chrY_NW_026527958v1_random 2195
chrY_NW_026527960v1_random 48
chrY_NW_026527961v1_random 170
chrY_NW_026527966v1_random 27411
chrY_NW_026527967v1_random 160
chrY_NW_026527968v1_random 1002
chrY_NW_026527969v1_random 63
chrY_NW_026527974v1_random 42
chrY_NW_026527980v1_random 43

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 157898005 1 5041 166.81 148
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_3.gz 1.46 GB b85ef438039a8e79ef84e467355dc72f
P0022_3.gz.tbi 896.76 KB 564c1661f729973d49fdefce064f7b70
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB e996cf9c63dee61ed7a99757f22adbe5
statistics/