Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AGCTACGTCATTATGG-P0022_4, TTCAGGTAGGTAGCTT-P0022_4, CCCGCAACAGGTCCTG-P0022_4, AGGAGCTAGCAAGATG-P0022_4, ATCCATAAGGACTTAC-P0022_4 (top 5 of 4698 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
142,880,972
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 142880972
chr1 11358690
chr2 9183561
chr3 6468986
chr4 7801902
chr5 12089079
chr6 7075014
chr7 9330423
chr8 5476684
chr9 6919203
chr10 7804906
chr11 7852172
chr12 7725222
chr13 5319240
chr14 5395225
chr15 5541115
chr16 3990723
chr17 3114792
chr18 2862882
chr19 3076685
chr20 2891956
chr21 1981663
chr22 6779495
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 204
chrUn_NW_026528021v1 453
chrUn_NW_026528026v1 202
chrUn_NW_026528029v1 326
chrUn_NW_026528038v1 301
chrUn_NW_026528039v1 545
chrUn_NW_026528065v1 241
chrUn_NW_026528075v1 101
chrUn_NW_026528103v1 18
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 29
chrUn_NW_026528140v1 637
chrUn_NW_026528210v1 42
chrUn_NW_026528215v1 174
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 46
chrUn_NW_026528226v1 130
chrUn_NW_026528228v1 74
chrUn_NW_026528230v1 123
chrUn_NW_026528232v1 1077
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 477
chrUn_NW_026528285v1 41
chrUn_NW_026528292v1 14
chrUn_NW_026528295v1 75
chrUn_NW_026528296v1 10861
chrUn_NW_026528310v1 32
chrUn_NW_026528320v1 10
chrUn_NW_026528327v1 10
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 15
chrUn_NW_026528339v1 17
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 9
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 21
chrUn_NW_026528356v1 15
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 118
chrUn_NW_026528370v1 205
chrUn_NW_026528371v1 656
chrUn_NW_026528372v1 171
chrUn_NW_026528373v1 362
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 13
chrUn_NW_026528385v1 37
chrUn_NW_026528390v1 17
chrUn_NW_026528393v1 15
chrUn_NW_026528396v1 3
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 5
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 30
chrUn_NW_026528431v1 137
chrUn_NW_026528432v1 313
chrUn_NW_026528433v1 7286
chrUn_NW_026528480v1 157
chrUn_NW_026528558v1 800
chrUn_NW_026528559v1 38
chrUn_NW_026528561v1 156
chrUn_NW_026528588v1 21
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1069
chrUn_NW_026528596v1 972
chrUn_NW_026528609v1 26
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 16
chrUn_NW_026528621v1 31
chrUn_NW_026528631v1 253
chrUn_NW_026528634v1 124
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 7
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 6
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 254
chrUn_NW_026528737v1 79
chrUn_NW_026528739v1 23
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 9
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 62
chrUn_NW_026528772v1 10
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 1
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 6
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 54
chrUn_NW_026528795v1 55
chrUn_NW_026528796v1 90
chrUn_NW_026528797v1 2123
chrUn_NW_026528798v1 1087
chrUn_NW_026528799v1 215
chrUn_NW_026528880v1 23
chrUn_NW_026528882v1 13
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 69
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 21
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 340
chrUn_NW_026528899v1 21
chrUn_NW_026528900v1 101
chrUn_NW_026528902v1 117
chrUn_NW_026528903v1 637
chrUn_NW_026528917v1 157
chrUn_NW_026528926v1 30
chrUn_NW_026528928v1 336
chrUn_NW_026528937v1 34
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 478
chrUn_NW_026528960v1 357
chrUn_NW_026528975v1 52
chrUn_NW_026528984v1 26
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 59
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 435
chrUn_NW_026529008v1 3592
chrUn_NW_026529013v1 30
chrUn_NW_026529015v1 42
chrUn_NW_026529016v1 418
chrUn_NW_026529060v1 966
chrUn_NW_026529081v1 243
chrUn_NW_026529085v1 816
chrX 2700049
chrX_NW_026527892v1_random 139
chrX_NW_026527894v1_random 336
chrX_NW_026527897v1_random 67
chrY 59560
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 50
chrY_NW_026527911v1_random 177
chrY_NW_026527913v1_random 198
chrY_NW_026527914v1_random 240
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 59
chrY_NW_026527918v1_random 42
chrY_NW_026527919v1_random 213
chrY_NW_026527927v1_random 27
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 64
chrY_NW_026527938v1_random 180
chrY_NW_026527939v1_random 11
chrY_NW_026527942v1_random 321
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 42
chrY_NW_026527949v1_random 89
chrY_NW_026527950v1_random 1202
chrY_NW_026527951v1_random 88
chrY_NW_026527955v1_random 153
chrY_NW_026527956v1_random 5124
chrY_NW_026527958v1_random 2132
chrY_NW_026527960v1_random 51
chrY_NW_026527961v1_random 187
chrY_NW_026527966v1_random 26225
chrY_NW_026527967v1_random 171
chrY_NW_026527968v1_random 819
chrY_NW_026527969v1_random 62
chrY_NW_026527974v1_random 36
chrY_NW_026527980v1_random 28

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 142880972 1 5040 166.26 146
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_4.h5ad.gz 1.32 GB ced53920cf6d42164c7fc84db76ae800
P0022_4.h5ad.gz.tbi 852.78 KB 0b3a99509bb6ea3087221142f726f5c3
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 2468944e14c28eefa263377cb6577ca1
statistics/