Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0022_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0022_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0022_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0022_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell GCCTGACAGACTTACA-P0022_4, AGCTACGTCATTATGG-P0022_4, TTCAGGTAGGTAGCTT-P0022_4, CCCGCAACAGGTCCTG-P0022_4, CCTCCTCTCGCTTGCT-P0022_4 (top 5 of 4829 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
147,969,982
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 147969982
chr1 11760417
chr2 9526324
chr3 6698629
chr4 8093464
chr5 12504815
chr6 7328195
chr7 9656253
chr8 5674824
chr9 7172838
chr10 8076952
chr11 8115886
chr12 7994960
chr13 5507650
chr14 5589541
chr15 5729067
chr16 4145185
chr17 3236297
chr18 2967846
chr19 3182743
chr20 2992042
chr21 2059834
chr22 7006011
chrUn_NW_026528016v1 12
chrUn_NW_026528017v1 223
chrUn_NW_026528021v1 470
chrUn_NW_026528026v1 214
chrUn_NW_026528029v1 348
chrUn_NW_026528038v1 307
chrUn_NW_026528039v1 564
chrUn_NW_026528065v1 248
chrUn_NW_026528075v1 106
chrUn_NW_026528103v1 18
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 34
chrUn_NW_026528140v1 670
chrUn_NW_026528210v1 44
chrUn_NW_026528215v1 191
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 3
chrUn_NW_026528219v1 20
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 6
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 48
chrUn_NW_026528226v1 146
chrUn_NW_026528228v1 81
chrUn_NW_026528230v1 128
chrUn_NW_026528232v1 1104
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 495
chrUn_NW_026528285v1 43
chrUn_NW_026528292v1 16
chrUn_NW_026528295v1 82
chrUn_NW_026528296v1 11205
chrUn_NW_026528310v1 35
chrUn_NW_026528320v1 10
chrUn_NW_026528327v1 11
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 15
chrUn_NW_026528339v1 17
chrUn_NW_026528345v1 9
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 10
chrUn_NW_026528353v1 21
chrUn_NW_026528356v1 18
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 124
chrUn_NW_026528370v1 211
chrUn_NW_026528371v1 688
chrUn_NW_026528372v1 177
chrUn_NW_026528373v1 398
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528382v1 3
chrUn_NW_026528384v1 13
chrUn_NW_026528385v1 39
chrUn_NW_026528390v1 18
chrUn_NW_026528393v1 16
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 1
chrUn_NW_026528402v1 2
chrUn_NW_026528403v1 5
chrUn_NW_026528408v1 6
chrUn_NW_026528409v1 1
chrUn_NW_026528412v1 3
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 31
chrUn_NW_026528431v1 142
chrUn_NW_026528432v1 327
chrUn_NW_026528433v1 7391
chrUn_NW_026528480v1 174
chrUn_NW_026528558v1 855
chrUn_NW_026528559v1 39
chrUn_NW_026528561v1 166
chrUn_NW_026528588v1 23
chrUn_NW_026528589v1 26
chrUn_NW_026528590v1 1151
chrUn_NW_026528596v1 1033
chrUn_NW_026528609v1 26
chrUn_NW_026528611v1 1
chrUn_NW_026528615v1 17
chrUn_NW_026528621v1 33
chrUn_NW_026528631v1 256
chrUn_NW_026528634v1 125
chrUn_NW_026528635v1 4
chrUn_NW_026528644v1 9
chrUn_NW_026528650v1 8
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 4
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 7
chrUn_NW_026528708v1 2
chrUn_NW_026528719v1 265
chrUn_NW_026528737v1 88
chrUn_NW_026528739v1 23
chrUn_NW_026528741v1 2
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 4
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 2
chrUn_NW_026528755v1 65
chrUn_NW_026528772v1 11
chrUn_NW_026528775v1 8
chrUn_NW_026528777v1 3
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 7
chrUn_NW_026528786v1 9
chrUn_NW_026528788v1 2
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 57
chrUn_NW_026528795v1 56
chrUn_NW_026528796v1 96
chrUn_NW_026528797v1 2189
chrUn_NW_026528798v1 1116
chrUn_NW_026528799v1 223
chrUn_NW_026528880v1 24
chrUn_NW_026528882v1 13
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 72
chrUn_NW_026528888v1 13
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 21
chrUn_NW_026528893v1 4
chrUn_NW_026528894v1 356
chrUn_NW_026528899v1 22
chrUn_NW_026528900v1 104
chrUn_NW_026528902v1 121
chrUn_NW_026528903v1 692
chrUn_NW_026528917v1 189
chrUn_NW_026528926v1 35
chrUn_NW_026528928v1 349
chrUn_NW_026528937v1 36
chrUn_NW_026528938v1 8
chrUn_NW_026528950v1 8
chrUn_NW_026528952v1 6
chrUn_NW_026528957v1 514
chrUn_NW_026528960v1 362
chrUn_NW_026528975v1 54
chrUn_NW_026528984v1 27
chrUn_NW_026528985v1 3
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 9
chrUn_NW_026528988v1 64
chrUn_NW_026528989v1 4
chrUn_NW_026528992v1 10
chrUn_NW_026528994v1 4
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 447
chrUn_NW_026529008v1 3717
chrUn_NW_026529013v1 31
chrUn_NW_026529015v1 45
chrUn_NW_026529016v1 439
chrUn_NW_026529060v1 1000
chrUn_NW_026529081v1 272
chrUn_NW_026529085v1 871
chrX 2803435
chrX_NW_026527892v1_random 147
chrX_NW_026527894v1_random 354
chrX_NW_026527897v1_random 70
chrY 62084
chrY_NW_026527906v1_random 12
chrY_NW_026527909v1_random 51
chrY_NW_026527911v1_random 185
chrY_NW_026527913v1_random 202
chrY_NW_026527914v1_random 254
chrY_NW_026527915v1_random 11
chrY_NW_026527916v1_random 67
chrY_NW_026527918v1_random 52
chrY_NW_026527919v1_random 220
chrY_NW_026527927v1_random 28
chrY_NW_026527928v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 65
chrY_NW_026527938v1_random 195
chrY_NW_026527939v1_random 13
chrY_NW_026527942v1_random 340
chrY_NW_026527945v1_random 13
chrY_NW_026527948v1_random 46
chrY_NW_026527949v1_random 93
chrY_NW_026527950v1_random 1305
chrY_NW_026527951v1_random 89
chrY_NW_026527955v1_random 159
chrY_NW_026527956v1_random 5237
chrY_NW_026527958v1_random 2174
chrY_NW_026527960v1_random 51
chrY_NW_026527961v1_random 198
chrY_NW_026527966v1_random 27046
chrY_NW_026527967v1_random 181
chrY_NW_026527968v1_random 853
chrY_NW_026527969v1_random 63
chrY_NW_026527974v1_random 40
chrY_NW_026527980v1_random 29

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 147969982 1 5040 166.39 146
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0022_4.gz 1.36 GB 3f163127ae013c4405c06b8acdfada20
P0022_4.gz.tbi 863.4 KB ca463abe743b8b89ca190fef89994acb
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB d83a177cf868ec7c21311224c567a68d
statistics/