Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TTTGTGAAGGATCACT-P0023_1, CGGAGTCTCTTAGCGG-P0023_1, CCTTATGTCATGTGGT-P0023_1, AAATGCCTCCGCTAGA-P0023_1, TTGCCCGTCAAAGGCA-P0023_1 (top 5 of 2175 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
125,134,395
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 125134395
chr1 9993423
chr2 8088387
chr3 5792257
chr4 6718410
chr5 10570956
chr6 6089089
chr7 8267208
chr8 4909572
chr9 6276995
chr10 6853587
chr11 6814991
chr12 6786353
chr13 4800083
chr14 4935616
chr15 4928713
chr16 3555565
chr17 2630675
chr18 2356621
chr19 2639182
chr20 2451345
chr21 1788242
chr22 5357593
chrUn_NW_026528016v1 15
chrUn_NW_026528017v1 338
chrUn_NW_026528021v1 522
chrUn_NW_026528026v1 308
chrUn_NW_026528029v1 342
chrUn_NW_026528038v1 313
chrUn_NW_026528039v1 500
chrUn_NW_026528065v1 198
chrUn_NW_026528075v1 112
chrUn_NW_026528103v1 24
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 45
chrUn_NW_026528140v1 381
chrUn_NW_026528210v1 61
chrUn_NW_026528215v1 230
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 17
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 43
chrUn_NW_026528226v1 77
chrUn_NW_026528228v1 129
chrUn_NW_026528230v1 176
chrUn_NW_026528232v1 1207
chrUn_NW_026528278v1 527
chrUn_NW_026528285v1 29
chrUn_NW_026528292v1 10
chrUn_NW_026528295v1 140
chrUn_NW_026528296v1 8697
chrUn_NW_026528310v1 77
chrUn_NW_026528320v1 26
chrUn_NW_026528327v1 18
chrUn_NW_026528332v1 17
chrUn_NW_026528335v1 19
chrUn_NW_026528338v1 27
chrUn_NW_026528339v1 36
chrUn_NW_026528345v1 11
chrUn_NW_026528347v1 11
chrUn_NW_026528350v1 23
chrUn_NW_026528353v1 29
chrUn_NW_026528356v1 16
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528363v1 152
chrUn_NW_026528370v1 104
chrUn_NW_026528371v1 656
chrUn_NW_026528372v1 205
chrUn_NW_026528373v1 513
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 30
chrUn_NW_026528385v1 54
chrUn_NW_026528390v1 26
chrUn_NW_026528393v1 12
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 9
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 10
chrUn_NW_026528412v1 9
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 7
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 34
chrUn_NW_026528431v1 148
chrUn_NW_026528432v1 478
chrUn_NW_026528433v1 2868
chrUn_NW_026528440v1 3
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 372
chrUn_NW_026528558v1 1092
chrUn_NW_026528559v1 71
chrUn_NW_026528561v1 285
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 19
chrUn_NW_026528590v1 1306
chrUn_NW_026528596v1 1769
chrUn_NW_026528609v1 22
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 22
chrUn_NW_026528621v1 39
chrUn_NW_026528631v1 293
chrUn_NW_026528634v1 244
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 21
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528661v1 2
chrUn_NW_026528668v1 8
chrUn_NW_026528670v1 5
chrUn_NW_026528677v1 20
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 326
chrUn_NW_026528737v1 53
chrUn_NW_026528739v1 34
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 16
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528752v1 8
chrUn_NW_026528754v1 9
chrUn_NW_026528755v1 75
chrUn_NW_026528772v1 19
chrUn_NW_026528775v1 9
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 17
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 7
chrUn_NW_026528793v1 79
chrUn_NW_026528795v1 46
chrUn_NW_026528796v1 97
chrUn_NW_026528797v1 1569
chrUn_NW_026528798v1 1035
chrUn_NW_026528799v1 300
chrUn_NW_026528880v1 28
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 87
chrUn_NW_026528888v1 30
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 39
chrUn_NW_026528893v1 10
chrUn_NW_026528894v1 617
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 162
chrUn_NW_026528902v1 155
chrUn_NW_026528903v1 597
chrUn_NW_026528917v1 145
chrUn_NW_026528926v1 59
chrUn_NW_026528928v1 481
chrUn_NW_026528937v1 51
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 11
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 621
chrUn_NW_026528960v1 487
chrUn_NW_026528975v1 85
chrUn_NW_026528984v1 58
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 97
chrUn_NW_026528989v1 8
chrUn_NW_026528992v1 23
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528996v1 23
chrUn_NW_026529007v1 255
chrUn_NW_026529008v1 2537
chrUn_NW_026529013v1 38
chrUn_NW_026529015v1 68
chrUn_NW_026529016v1 632
chrUn_NW_026529060v1 1150
chrUn_NW_026529081v1 271
chrUn_NW_026529085v1 896
chrX 2418025
chrX_NW_026527892v1_random 203
chrX_NW_026527894v1_random 455
chrX_NW_026527897v1_random 81
chrY 49284
chrY_NW_026527906v1_random 8
chrY_NW_026527909v1_random 55
chrY_NW_026527911v1_random 187
chrY_NW_026527913v1_random 188
chrY_NW_026527914v1_random 211
chrY_NW_026527915v1_random 15
chrY_NW_026527916v1_random 78
chrY_NW_026527918v1_random 53
chrY_NW_026527919v1_random 267
chrY_NW_026527927v1_random 33
chrY_NW_026527928v1_random 6
chrY_NW_026527932v1_random 63
chrY_NW_026527938v1_random 269
chrY_NW_026527939v1_random 12
chrY_NW_026527942v1_random 455
chrY_NW_026527945v1_random 20
chrY_NW_026527948v1_random 45
chrY_NW_026527949v1_random 106
chrY_NW_026527950v1_random 731
chrY_NW_026527951v1_random 122
chrY_NW_026527955v1_random 171
chrY_NW_026527956v1_random 1615
chrY_NW_026527958v1_random 898
chrY_NW_026527960v1_random 79
chrY_NW_026527961v1_random 252
chrY_NW_026527966v1_random 14380
chrY_NW_026527967v1_random 261
chrY_NW_026527968v1_random 1360
chrY_NW_026527969v1_random 109
chrY_NW_026527974v1_random 78
chrY_NW_026527980v1_random 44

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 125134395 1 5038 160.15 129
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_1.h5ad.gz 1.11 GB ccf6c1378fa92a8bf2161562bd150a95
P0023_1.h5ad.gz.tbi 803.88 KB 51661eaf23c00305f8c087ac3ed86667
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB a712de95d5900601d67b25ceb01e65e1
statistics/