Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TTTGTGAAGGATCACT-P0023_1, CGGAGTCTCTTAGCGG-P0023_1, AGCGCCTAGTGAGCAA-P0023_1, CCTTATGTCATGTGGT-P0023_1, AAATGCCTCCGCTAGA-P0023_1 (top 5 of 2354 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
139,370,641
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 139370641
chr1 11114968
chr2 9079843
chr3 6421964
chr4 7515757
chr5 11804221
chr6 6863694
chr7 9267871
chr8 5482630
chr9 6942337
chr10 7602570
chr11 7511015
chr12 7516656
chr13 5335955
chr14 5496491
chr15 5460742
chr16 3993783
chr17 2909899
chr18 2625567
chr19 2949096
chr20 2736158
chr21 1992588
chr22 5939054
chrUn_NW_026528016v1 15
chrUn_NW_026528017v1 372
chrUn_NW_026528021v1 573
chrUn_NW_026528026v1 348
chrUn_NW_026528029v1 369
chrUn_NW_026528038v1 379
chrUn_NW_026528039v1 571
chrUn_NW_026528065v1 228
chrUn_NW_026528075v1 125
chrUn_NW_026528103v1 29
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 46
chrUn_NW_026528140v1 485
chrUn_NW_026528210v1 63
chrUn_NW_026528215v1 258
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 10
chrUn_NW_026528219v1 18
chrUn_NW_026528220v1 3
chrUn_NW_026528221v1 4
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528224v1 9
chrUn_NW_026528225v1 43
chrUn_NW_026528226v1 81
chrUn_NW_026528228v1 140
chrUn_NW_026528230v1 217
chrUn_NW_026528232v1 1309
chrUn_NW_026528278v1 603
chrUn_NW_026528285v1 30
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 158
chrUn_NW_026528296v1 9671
chrUn_NW_026528310v1 88
chrUn_NW_026528320v1 28
chrUn_NW_026528327v1 22
chrUn_NW_026528332v1 18
chrUn_NW_026528335v1 21
chrUn_NW_026528338v1 28
chrUn_NW_026528339v1 39
chrUn_NW_026528345v1 12
chrUn_NW_026528347v1 13
chrUn_NW_026528350v1 24
chrUn_NW_026528353v1 30
chrUn_NW_026528356v1 17
chrUn_NW_026528358v1 1
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 169
chrUn_NW_026528370v1 110
chrUn_NW_026528371v1 713
chrUn_NW_026528372v1 243
chrUn_NW_026528373v1 592
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 5
chrUn_NW_026528384v1 31
chrUn_NW_026528385v1 57
chrUn_NW_026528390v1 27
chrUn_NW_026528393v1 13
chrUn_NW_026528396v1 6
chrUn_NW_026528397v1 9
chrUn_NW_026528402v1 3
chrUn_NW_026528403v1 4
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 11
chrUn_NW_026528409v1 11
chrUn_NW_026528412v1 11
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 7
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 2
chrUn_NW_026528423v1 36
chrUn_NW_026528431v1 167
chrUn_NW_026528432v1 553
chrUn_NW_026528433v1 3073
chrUn_NW_026528440v1 4
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 426
chrUn_NW_026528558v1 1193
chrUn_NW_026528559v1 88
chrUn_NW_026528561v1 336
chrUn_NW_026528588v1 16
chrUn_NW_026528589v1 19
chrUn_NW_026528590v1 1420
chrUn_NW_026528596v1 1915
chrUn_NW_026528609v1 23
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 26
chrUn_NW_026528621v1 41
chrUn_NW_026528631v1 304
chrUn_NW_026528634v1 267
chrUn_NW_026528635v1 3
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 22
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 3
chrUn_NW_026528668v1 9
chrUn_NW_026528670v1 6
chrUn_NW_026528677v1 20
chrUn_NW_026528708v1 1
chrUn_NW_026528719v1 375
chrUn_NW_026528737v1 56
chrUn_NW_026528739v1 39
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 19
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 6
chrUn_NW_026528752v1 9
chrUn_NW_026528754v1 11
chrUn_NW_026528755v1 83
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 10
chrUn_NW_026528777v1 7
chrUn_NW_026528784v1 18
chrUn_NW_026528785v1 10
chrUn_NW_026528786v1 19
chrUn_NW_026528788v1 7
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 8
chrUn_NW_026528793v1 91
chrUn_NW_026528795v1 54
chrUn_NW_026528796v1 112
chrUn_NW_026528797v1 1894
chrUn_NW_026528798v1 1104
chrUn_NW_026528799v1 323
chrUn_NW_026528880v1 30
chrUn_NW_026528882v1 11
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 3
chrUn_NW_026528885v1 6
chrUn_NW_026528887v1 105
chrUn_NW_026528888v1 31
chrUn_NW_026528889v1 14
chrUn_NW_026528891v1 45
chrUn_NW_026528893v1 11
chrUn_NW_026528894v1 662
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 16
chrUn_NW_026528900v1 181
chrUn_NW_026528902v1 167
chrUn_NW_026528903v1 717
chrUn_NW_026528917v1 171
chrUn_NW_026528926v1 67
chrUn_NW_026528928v1 538
chrUn_NW_026528937v1 52
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 13
chrUn_NW_026528952v1 4
chrUn_NW_026528957v1 679
chrUn_NW_026528960v1 506
chrUn_NW_026528975v1 98
chrUn_NW_026528984v1 62
chrUn_NW_026528985v1 4
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 10
chrUn_NW_026528988v1 110
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 25
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528996v1 24
chrUn_NW_026529007v1 276
chrUn_NW_026529008v1 2905
chrUn_NW_026529013v1 41
chrUn_NW_026529015v1 75
chrUn_NW_026529016v1 697
chrUn_NW_026529060v1 1259
chrUn_NW_026529081v1 316
chrUn_NW_026529085v1 1077
chrX 2684287
chrX_NW_026527892v1_random 224
chrX_NW_026527894v1_random 514
chrX_NW_026527897v1_random 97
chrY 54410
chrY_NW_026527906v1_random 9
chrY_NW_026527909v1_random 60
chrY_NW_026527911v1_random 204
chrY_NW_026527913v1_random 214
chrY_NW_026527914v1_random 244
chrY_NW_026527915v1_random 17
chrY_NW_026527916v1_random 84
chrY_NW_026527918v1_random 55
chrY_NW_026527919v1_random 278
chrY_NW_026527927v1_random 35
chrY_NW_026527928v1_random 6
chrY_NW_026527932v1_random 73
chrY_NW_026527938v1_random 294
chrY_NW_026527939v1_random 16
chrY_NW_026527942v1_random 483
chrY_NW_026527945v1_random 23
chrY_NW_026527948v1_random 50
chrY_NW_026527949v1_random 114
chrY_NW_026527950v1_random 835
chrY_NW_026527951v1_random 132
chrY_NW_026527955v1_random 187
chrY_NW_026527956v1_random 1727
chrY_NW_026527958v1_random 965
chrY_NW_026527960v1_random 91
chrY_NW_026527961v1_random 294
chrY_NW_026527966v1_random 15880
chrY_NW_026527967v1_random 290
chrY_NW_026527968v1_random 1478
chrY_NW_026527969v1_random 114
chrY_NW_026527974v1_random 84
chrY_NW_026527980v1_random 51

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 139370641 1 5038 160.35 129
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_1.gz 1.24 GB 8807dc2093e94c6a3d45f1c027b4f2ad
P0023_1.gz.tbi 839.77 KB 05706e138160405627013843fd552015
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB f2371d90b3b502f7043bbe5eeb0c8d96
statistics/