Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0023_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0023_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0023_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0023_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TAGCGGACAGCAGGTA-P0023_2, TGCTGGATCCGGTATG-P0023_2, TTCGGTACAACGTGCT-P0023_2, TAGACCAGTTTAGTCC-P0023_2, CAACAATGTTAATGAC-P0023_2 (top 5 of 3097 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
148,567,610
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 148567610
chr1 11528009
chr2 9675599
chr3 6703715
chr4 7988740
chr5 12656688
chr6 7390220
chr7 9822105
chr8 5831214
chr9 7421526
chr10 8294236
chr11 8005089
chr12 8058012
chr13 5673488
chr14 5777713
chr15 5852985
chr16 4245487
chr17 3176483
chr18 2825123
chr19 3145415
chr20 2995483
chr21 2117872
chr22 6403573
chrUn_NW_026528016v1 23
chrUn_NW_026528017v1 341
chrUn_NW_026528021v1 526
chrUn_NW_026528026v1 370
chrUn_NW_026528029v1 390
chrUn_NW_026528038v1 322
chrUn_NW_026528039v1 716
chrUn_NW_026528065v1 270
chrUn_NW_026528075v1 145
chrUn_NW_026528103v1 22
chrUn_NW_026528123v1 4
chrUn_NW_026528125v1 62
chrUn_NW_026528140v1 412
chrUn_NW_026528210v1 77
chrUn_NW_026528215v1 258
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 9
chrUn_NW_026528219v1 24
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 3
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 50
chrUn_NW_026528226v1 88
chrUn_NW_026528228v1 124
chrUn_NW_026528230v1 261
chrUn_NW_026528232v1 1346
chrUn_NW_026528259v1 2
chrUn_NW_026528278v1 609
chrUn_NW_026528285v1 32
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 147
chrUn_NW_026528296v1 10355
chrUn_NW_026528310v1 96
chrUn_NW_026528320v1 23
chrUn_NW_026528327v1 18
chrUn_NW_026528332v1 12
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 25
chrUn_NW_026528339v1 42
chrUn_NW_026528345v1 8
chrUn_NW_026528347v1 11
chrUn_NW_026528350v1 26
chrUn_NW_026528353v1 34
chrUn_NW_026528356v1 28
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 171
chrUn_NW_026528370v1 158
chrUn_NW_026528371v1 804
chrUn_NW_026528372v1 278
chrUn_NW_026528373v1 634
chrUn_NW_026528378v1 5
chrUn_NW_026528380v1 11
chrUn_NW_026528381v1 1
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 30
chrUn_NW_026528385v1 50
chrUn_NW_026528390v1 35
chrUn_NW_026528393v1 17
chrUn_NW_026528396v1 7
chrUn_NW_026528397v1 4
chrUn_NW_026528402v1 1
chrUn_NW_026528403v1 10
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 8
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 7
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 4
chrUn_NW_026528423v1 43
chrUn_NW_026528431v1 173
chrUn_NW_026528432v1 535
chrUn_NW_026528433v1 3074
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 376
chrUn_NW_026528558v1 1336
chrUn_NW_026528559v1 75
chrUn_NW_026528561v1 312
chrUn_NW_026528588v1 33
chrUn_NW_026528589v1 27
chrUn_NW_026528590v1 1594
chrUn_NW_026528596v1 1694
chrUn_NW_026528609v1 23
chrUn_NW_026528611v1 7
chrUn_NW_026528615v1 22
chrUn_NW_026528621v1 44
chrUn_NW_026528631v1 341
chrUn_NW_026528634v1 255
chrUn_NW_026528644v1 17
chrUn_NW_026528650v1 11
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 13
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 15
chrUn_NW_026528708v1 8
chrUn_NW_026528719v1 394
chrUn_NW_026528737v1 63
chrUn_NW_026528739v1 46
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 13
chrUn_NW_026528748v1 4
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 91
chrUn_NW_026528772v1 15
chrUn_NW_026528775v1 24
chrUn_NW_026528777v1 9
chrUn_NW_026528784v1 11
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 28
chrUn_NW_026528788v1 6
chrUn_NW_026528791v1 2
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 106
chrUn_NW_026528795v1 54
chrUn_NW_026528796v1 103
chrUn_NW_026528797v1 1857
chrUn_NW_026528798v1 1216
chrUn_NW_026528799v1 352
chrUn_NW_026528880v1 31
chrUn_NW_026528882v1 10
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 106
chrUn_NW_026528888v1 19
chrUn_NW_026528889v1 22
chrUn_NW_026528891v1 55
chrUn_NW_026528893v1 8
chrUn_NW_026528894v1 707
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 18
chrUn_NW_026528900v1 225
chrUn_NW_026528902v1 215
chrUn_NW_026528903v1 777
chrUn_NW_026528917v1 161
chrUn_NW_026528926v1 61
chrUn_NW_026528928v1 592
chrUn_NW_026528937v1 68
chrUn_NW_026528938v1 14
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 783
chrUn_NW_026528960v1 565
chrUn_NW_026528975v1 89
chrUn_NW_026528984v1 52
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 17
chrUn_NW_026528988v1 113
chrUn_NW_026528989v1 9
chrUn_NW_026528992v1 16
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 27
chrUn_NW_026529007v1 360
chrUn_NW_026529008v1 3245
chrUn_NW_026529013v1 42
chrUn_NW_026529015v1 95
chrUn_NW_026529016v1 771
chrUn_NW_026529060v1 1427
chrUn_NW_026529081v1 339
chrUn_NW_026529085v1 1107
chrX 2846169
chrX_NW_026527892v1_random 219
chrX_NW_026527894v1_random 487
chrX_NW_026527897v1_random 78
chrY 60169
chrY_NW_026527906v1_random 18
chrY_NW_026527909v1_random 52
chrY_NW_026527911v1_random 279
chrY_NW_026527913v1_random 327
chrY_NW_026527914v1_random 260
chrY_NW_026527915v1_random 15
chrY_NW_026527916v1_random 102
chrY_NW_026527918v1_random 64
chrY_NW_026527919v1_random 283
chrY_NW_026527927v1_random 35
chrY_NW_026527928v1_random 2
chrY_NW_026527932v1_random 78
chrY_NW_026527938v1_random 294
chrY_NW_026527939v1_random 8
chrY_NW_026527942v1_random 534
chrY_NW_026527945v1_random 18
chrY_NW_026527948v1_random 63
chrY_NW_026527949v1_random 128
chrY_NW_026527950v1_random 911
chrY_NW_026527951v1_random 140
chrY_NW_026527955v1_random 182
chrY_NW_026527956v1_random 1699
chrY_NW_026527958v1_random 912
chrY_NW_026527960v1_random 83
chrY_NW_026527961v1_random 314
chrY_NW_026527966v1_random 16522
chrY_NW_026527967v1_random 286
chrY_NW_026527968v1_random 1577
chrY_NW_026527969v1_random 110
chrY_NW_026527974v1_random 77
chrY_NW_026527980v1_random 61

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 148567610 1 5035 159.35 120
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0023_2.h5ad.gz 1.33 GB fdca8fe0bea11d830e9d6a2e9a274943
P0023_2.h5ad.gz.tbi 863.42 KB 3c87122bf74a72fc6b482a0ac4dad8d3
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 7740fcb13234396b318a17dfabfa30bb
statistics/